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它以脏腑为基础。脏腑是内脏的总称，按照生理功能特点，分为五脏、六腑和奇恒之腑；以五脏为中心，一脏一腑，一阴一阳为表里，由经络相互络属。为五脏，即、、、、，其共同特点是能贮藏人体生命活动所必须的各种精微物质，如精、气、血、津液等；六腑，即、、、、、，其共同生理特点是主管饮食物的受纳、传导、变化和排泄糟粕；，即脑、髓、骨、脉、胆、女子胞（子宫），其共同特点是它们同是一类相对密闭的组织器官，却不与水谷直接接触，即似腑非腑；但具有类似于五脏贮藏精气的作用，即似脏非脏。
藏象学说的形成，主要有三个方面：一是来源于古代的解剖知识。如《灵枢·经水》中说：“夫八尺之士，皮肉在此，外可度量切循而得之，其死，可解剖而视之。其脏之坚脆，腑之大小，谷之多少，脉之长短，血之清浊……皆有大数。”二是长期对人体生理、病理现象的观察。例如因皮肤受凉而感冒，会出现鼻塞、流涕、咳嗽等症状，因而认识到皮毛、鼻窍和肺之间存在着密切联系。三是长期医疗经验的总结。如从一些补肾药能加速骨折愈合的认识中产生了“肾主骨”之说。
藏象学说是一种独特的生理病理学理论体系。其中脏腑不单纯是一个解剖学的概念，更重要的则是概括了人体某一系统的生理和病理学概念。心、肺、脾、肝、肾等脏腑名称，虽与现代人体解剖学的脏器名称相同，但在生理或病理的含义中，却不完全相同。一般来讲，中医藏象学说中一个脏腑的生理功能，可能包含着现代解剖生理学中的几个脏器的生理功能；而现代解剖生理学中的一个脏器的生理功能，亦可能分散在藏象学说的某几个脏腑的生理功能之中。
人体是一个有机的整体，，，之间密切联系，它们不仅在生理功能上相互制约，相互依存，相互为用，而且以经络为联系通道，相互传递各种信息，在气血津液环周于全身的情况下，形成一个非常协调和统一的整体。
胆
胆居六腑之首，又属于奇恒之腑。胆与肝相连，附于肝之短叶间。胆与肝又有经脉相互络属，而为表里。《素问·本输》称“胆者，中精之府”内藏清净之液，即胆汁，胆汁直接有助于饮食物的消化。
胆的生理功能是贮藏和排泄胆汁。胆汁的化生和排泄由肝的疏泄功能所控制和调节。其由肝之精气所化生，汇集于胆，泄于小肠，以助饮食物消化吸收。若肝失疏泄，则可导致胆汁生成和排泄异常，影响饮食消化吸收，则可出现多种消化不良症状，如厌食、腹胀、便溏等；胆汁外溢则发为黄疸，表现为目黄、身黄和尿黄等。
由于胆本身并无传化饮食物的生理功能，且贮藏精汁，故又属奇恒之腑。
心
心居于胸腔，横膈膜之上，有卫护于外。心为神之主，脉之宗，起着主宰生命活动的作用，故《素问·灵兰秘典论》称之为“君主之官”。心的生理功能主要有两方面：一是，二是，并与、。心与小肠互为表里。
心主血脉包括主血和主脉两个方面。全身的血液都在脉中运行，依赖于心脏的搏动而输送到全身，发挥其濡养的作用。心脏的正常搏动，在中医学理论中认为主要依赖于心气。心气旺盛，才能维持血液在脉内正常地运行，周流不息，营养全身。心气不足，可引起心血管系统的诸多病变。
心主神志。在中医学理论中，神有广义和狭义之分。广义之神，是指整个人体生命活动的外在表现。狭义之神，即是指心所主的神志，即人的精神、意识、思维活动。在中医学的藏象学说中，将人的精神、意识、思维活动不仅归属于五脏，而且主要归属于心的生理功能。《素问·灵兰秘典论》说：“心者，君主之官，神明出焉”，《素问·邪客》说：“心者，五脏六腑之大主也，精神之所舍也”。心主神明的生理功能正常，则神志清晰，思维敏捷，精神充沛；如心有病变，影响到神志活动，则可出现精神意识思维方面的异常表现，可见失眠、多梦、神志不宁、甚则谵狂；或见反应迟钝、健忘、精神萎靡，甚则昏迷等临床表现。
心在体合脉，其华在面。脉的生理功能可概括为两个方面：一是气血运行的通道，即血脉对血的运行有一定的约束力，使之循着一定方向、一定路径而循环贯注，流行不止。二是运载水谷精微，以布散周身，滋养脏腑组织器官。这些功能全赖于心主血脉的生理功能。其华在面，是指心的生理功能是否正常，以及气血的盛衰，可以从面部色泽的变化而显露出来。如心气旺盛，血脉充盈，则面部红润光泽；如心气不足，则可见面色发白、晦滞。
心开窍于舌。舌为心之苗窍。舌的功能是主司味觉，表达语言。而味觉的功能正常和语言的正确表达，则有赖于心主血脉和心主神志功能的正常。如心的功能正常，则舌质红润，舌体柔软，语言清晰，味觉灵敏。如心神志功能异常，则见舌强语謇，或失语等。
＇附＇心包络
心包络，简称心包，又可称“膻中”，是指包在心脏外面的组织，具有保护心脏的作用，代心受邪。如热病过程中如出现高热、神昏等病症，中医学称之为“热入心包”或“蒙蔽心包”。
肾
肾位于腰部，故《素问·脉要精微论》说：“腰者，肾之府”。由于肾藏有“先天之精”，为脏腑阴阳之本，生命之源，故称为“先天之本”。肾在五行属水，肾与膀胱互为表里，，肾，肾。
肾藏精，主生长发育和生殖：精有精华之意，指人体最重要的物质基础。肾所藏之精包括”先天之精”和”后天之精”。”先天之精”禀受于父母，与生俱来，有赖于后天之精的不断充实壮大，”后天之精”来源于水谷精微，由脾胃化生，转输五脏六腑，成为脏腑之精。脏腑之精充盛，除供应本身生理活动所需外，其剩余部分则贮藏于肾，以备不时之需。当五脏六腑需要时，肾再把所藏的精气重新供给五脏六腑。故肾精的盛衰，对各脏腑的功能都有影响。
肾精的主要生理效应有：
1、肾藏精，主生长发育。肾所藏的精气包括“先天之精”和“后天之精”。“先天之精”是禀受于父母的生死之精，是构成胚胎发育的原始物质，即《素问·本神》所说的“生之来，谓之精”，所以称“肾为先天之本”。“后天之精”是指出生以后，来源于摄入的饮食物，通过脾胃运化功能而生成的水谷之精气，以及脏腑生理活动中化生的精气通过代谢平衡后的剩余部分，藏之于肾，故《素问·上古天真论》说：“肾者主水，受五脏六腑之精而藏之”。
肾所藏之精化生为肾气，肾气的充盈与否与人体的生、长、壮、老、死的生命过程密切相关。例如，人在七、八岁时，由于肾气的逐渐充盛，所以有“齿更发长”的变化；发育到青春期，肾气充盛，产生了一种叫做“天癸”的物质，于是男子就能产生精子，女子开始排卵，出现月经，性机能也逐渐成熟而有生殖能力；待到老年，肾气渐衰，性机能和生殖能力随之逐渐减退而消失。
2、肾主水。肾主水是指肾具有主持全身水液代谢、维持体内水液平衡的作用。人体的水液代谢包括两个方面：一是将来自水谷精微、具有濡养、滋润脏腑组织作用的津液输布全身；二是将各脏腑组织代谢后的浊液排出体外。而水液代谢过程的实现，主要依赖肾的“气化”功能。
肾有司开阖的作用。开，则水液得以排出；阖，则机体需要的水液得以在体内潴留。如果肾的气化正常，则开阖有度，尿液排泄也就正常。如果肾主水的功能失调，开阖失度，就会引起水液代谢紊乱。如阖多开少，可见尿少、水肿；开多阖少，则尿多、尿频。
3、肾主纳气。纳即收纳、摄纳的意思。肾主纳气，是指肾有摄纳肺所吸入的清气，从而保证体内外气体正常交换的作用。只有这样才能保持一定的呼吸深度。故肾的纳气功能正常，则呼吸均匀和调。如肾虚不能纳气，可出现呼多吸少，吸气困难，动则喘甚等症，称为“肾不纳气”。
肾开窍于耳及二阴。耳的听觉功能依赖于肾精的充养