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。金元时期的刘河间在《素问·玄机原病式》中提出“六气皆从火化”和“五志过极，皆为热甚”的观点；李东垣在《内外伤辨惑论》中，论述了“内伤脾胃，百病由生”和“火与元气不两立”的病机；张从正在《儒门事亲》中论述了“邪气”致病的病机；朱丹溪在《格致余论》中阐释了“阳有余而阴不足”和“湿热相火”等病机。
病机学说的具体内容可以概括为以下几个方面：
1。从整体上探讨疾病的发生、发展、变化和结局的基本规律。如、、、等。
2。从脏腑、经络等某一系统研究疾病的发生、发展、变化和结局的基本规律。如、经络病机等。
3。探讨某一类疾病的发生、发展、变化和结局的基本规律，如六经传变病机、卫气营血传变病机和三焦传变病机等。
4。研究某一种病证的发生、发展、变化和结局的基本规律，如感冒的病机、哮喘的病机、痰饮的病机、疟疾的病机等等。
5。研究某一种症状的发生、发展的病机。如疼痛的机理、恶寒发热的机理、失眠的机理等等。
6。研究由于气血津液、脏腑等生理功能失调所引起的综合性病机变化，如。
津液代谢失常
津液代谢，是肌体新陈代谢的重要组成部分。津液的正常代谢，不仅仅是维持着津液在生成、输布和排泄之间的协调平衡，而且也是机体各脏腑组织器官进行正常生理活动的必要条件。因此，津液代谢的失常，必然会导致机体一系列生理活动的障碍。
津液代谢失常原因有二：一是由于津液的生成不足或消耗过多而致；二是由于，而致体内的津液滞留，形成湿、痰、饮、水等病理产物。
一、津液不足，是指体内津液在数量上的减少，导致内则脏腑，外则皮肤，孔窍缺乏津液，失其濡润滋养，产生一系列干燥失润的病理现象。多由于燥热之邪，或脏腑之火、五志过极化火灼伤津液；或因久病、精血不足而致津液枯涸；或过用燥热之剂，耗伤阴液所致。
一般来说，如炎夏多汗，高热时的口渴引饮，气候干燥季节中常见的口、鼻、皮肤干燥等，均属于伤津的表现；如热病后期或久病精血不足等，可见舌质光红无苔，形体瘦削等，均属于液枯的临床表现。
二、津液的输布与排泄障碍
津液的输布障碍，是指液津得不到正常的向全身输布，因而形成津液在体内的环流缓慢，或是津液停滞于体内某一局部，以致湿从内生，或酿为痰，或成饮，或水泛为肿等。其成因甚多，除了外邪因素外，主要的有气、血和有关脏腑的功能失调。
津液的正常输布，有赖于肺、脾、肝、肾、三焦等脏腑的正常生理功能，一旦脏腑的功能失调，则津液不能外输于皮毛和下输于膀胱，而致痰壅于肺，甚则发为水肿；脾的运化功能减退，则可使津液在体内环流减弱，而痰湿内生；肝失疏泄，则气机不畅、气滞则津停；肾失蒸腾气化，则气不化津而致津液停滞；三焦的水道不利，影响了津液在体内的环流和气化功能。
津液的排泄障碍，主要是指津液转化为汗液和尿液的功能减退，而致水液潴留，溢于肌肤而为水肿。
水停气阻指水液停贮，导致气机阻滞的病理状态。如水饮阻肺，则可见胸满咳嗽、喘促不能平卧；水气凌心，则可见心悸、心慌，甚至胸闷心痛等症；水饮停滞中焦则可见头昏困倦，脘腹胀满，纳食呆滞，甚则恶心、呕吐、腹胀、腹泻等症；水饮阻滞于经脉则可见肢体困倦、沉重等症出现。
气随液脱主要指由于津液大量丢失，气失依附而随津液外泄，从而导致阳气暴脱的危候，多由高热、大汗，或严重吐泻所致的气随津脱。
津枯血燥主要指津液亏耗，血脉中的津液干涸，称为血燥。多因大热伤津，或烧伤灼液，或阴虚劳热等可导致津枯血燥，常见心烦，鼻咽干燥，或五心烦热，形体消瘦，小便短少，舌红少津，脉细数等症。
津亏血瘀主要指津液亏损，血液循行郁滞不畅的病理状态。
内生“五邪”病机
所谓内生“五邪”是指在疾病的发展过程中，气血、津液和脏腑等生理功能变化而产生类似于风、寒、湿、燥、火外邪致病的五种病理状态。由于病起于内，不是由外邪所引起，故称作为生“五邪”，属于病机的范围，具体包括、、、、。
风气内动
风气内动，即“内风”，是机体阳气亢逆变动而形成的一种病理状态。由于“内风”与肝的关系甚为密切，故又称其为“肝风内动”。形成原因甚多，一般可见热邪炽盛，燔灼肝经，热极生风；阴虚阳亢，风阳上扰肝阳化风；肝阳化风；阴亏或血少，筋脉失养，虚风内动等。
热极生风，多见于热性病的热盛期的极期。常见痉厥、抽搐、颈项强直、角弓反张、目睛上吊、并伴有高热、神昏、谵语等症。
肝阳化风，多由情志内伤，或操劳过度耗伤肝肾之阴，以致阴虚阳亢，为水不涵木，浮阳不潜，久之则阳愈浮而阴愈亏，终至阴不制阳，肝之阳气升动无制，阳化为风，形成风气内动。其症状轻则可见筋惕肌肉颤动，肢麻震颤，眩晕欲仆，或为口眼歪斜，或为半身不遂；甚则血随气逆而率然仆倒，或为闭厥，或为脱厥。
阴虚风动，多见于热病后期，阴液亏损，或由于久病耗伤阴液所致。临床可见筋挛肌肉颤动，手足蠕动等症，以及阴液不足虚热内生之症。
血虚生风，多由于生血不足或失血过多，或久病耗伤营血，因而肝血不足，筋脉失养，或血不荣络，则虚风内动，临床可见肢体麻木不仁，筋肉跳动，甚则手足拘挛，或屈伸不利。
寒从中生
寒从中生，又称：“内寒”，是指机体阳气虚衰，温煦气化功能减退，寒从内生，或阴寒之邪弥漫的病理状态。“内寒”的形成，多因阳气虚损，机体脏腑组织失于温煦，阴寒内盛所致。其产生多与脾肾阳气不足有关，尤以肾阳虚衰为关键。故《素问·至真要大论》说：“诸寒收引，皆属于肾”。
内寒病机，主要表现在两个方面：一是阳虚则阴盛，阴盛则内寒。常见畏寒肢冷，面色苍白，蜷卧喜暖，腹泻便溏，舌润不渴等温煦不足之症，以畏寒喜暖为基本特征。二是阳气虚衰，气化功能减退，而致阴寒内盛。临床多见尿频清长，涕、唾、痰、涎衡薄清冷，或大便泄泻，或发水肿等病症。此外，不同脏腑的内寒病变，其临床表现也各有特点：如心阳虚，则见心胸憋闷或绞痛，面唇青紫等；脾阳虚，则腹泻便溏；肾阳虚则腰膝冷前，下利清谷，小便清长，男子阳萎，女子宫寒不孕等。另外，阳虚内寒发展到一定的阶段，有时还会出现真寒假热的病理表现，如面色反见潮红，但头汗出，脉虚大或滑数等。主要是亢阳衰微，阴寒内盛，格阳于外，故见外热之假象。
湿浊内生
湿浊内生，又称“内湿”。是指由于脾的运化功能（运化水谷和运化水湿）及输布津液功能减退或障碍，从而导致水谷不能化为精微而化生水湿痰浊，故“内湿”多因脾虚。
内湿的形成，多因素体阳气不足，痰湿过盛；或因恣食生冷，过食肥甘，内伤脾胃，致使脾阳不振或脾气损，失其健运之职，不能为胃行其津液；津液的输布代谢发生障碍，而致水液不化，聚而成湿，停而成痰，留而为饮，或积而成水。因此，脾的运化失职可导致湿浊内困，故《素问·至真要大论》说：“诸湿肿满，皆属于脾”。
湿性重浊粘滞，易于阻遏气机，故在内湿形成之后，常随其湿邪阻滞部位的不同而各有其不同的病理现象。如湿邪留滞于经脉，则症见头重如裹，肢体重着，或关节屈伸不利。《素问·至真要大论》说：“诸项强直，皆属于湿”。即是指颈项部分之筋肉，因为湿阻而不柔和，以致颈项强急而运动障碍。若湿犯上焦则胸闷咳嗽；湿阳中焦，则脘腹痞满，食欲不振，口腻或口甜，舌苔厚腻；湿滞下焦则腹肿便溏，小便不利；若水湿泛滥，溢于皮肤肌腠之间，则发为水肿。故《素问·六元正纪大论》说：“湿胜则濡泄；甚则水闭浮肿”。
津伤化燥
津伤化燥，是指机体津液不足，机体各部组织器官和孔窍失其濡润，从而产生干燥枯涩的病理状态。又称为“内燥”。
多由于久病、久热，耗伤阴