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《伤寒杂病论》原书共十六卷，内容包括伤寒和杂病两大部分，是论述外感疾病和内科杂病的专著，其中也包括有妇科和部分外科。此时正当三国时期，封建割据，战争频繁，以致原书散第三卷１６５失不全。后经西晋王叔和将原书伤寒部分整理成册，名为《伤寒论》。自此以后，又经东晋、南北朝分裂对立的局面，该书时隐时现。至唐·孙思邈撰《千金要方》时，对该书少数有所征引，似未窥全貌，故有“江南诸师秘仲景方而不传”之语。迨孙氏晚年撰《千金翼方》，则《伤寒论》全书，已大体载于卷九、卷十之中，可谓为《伤寒论》最早之版本，故清·王朴庄《伤寒论注》，即以此为蓝本。又唐·王焘著《外台秘要》四十卷，根据该书所载附引《伤寒论》条文，共为十八卷，前十卷与今本《伤寒论》略同，后八卷多为杂病部分，但与今之《金匮要略》又大不相同，故也称为唐旧本。到了宋代治平间，国家设立校正医书局，经高保衡、孙奇、林亿等加以校正。这时已发明印刷术，并重新刻板印行，称为宋版本。据林亿校定的序文说：“以为百病之急，无急于伤寒，今先校定张仲景《伤寒论》十卷，总二十二篇，证外合三百九十七法，除复重定有一百一十二方，今请颁行。”宋版本后已不见，仅存明·赵开美的复刻本，可能是治平本的真面目。全书共分十卷：第一卷，辨脉法第一，平脉法第二。第二卷，伤寒例，辨痉湿病脉证，辨太阳病脉证并治上。
第三卷，辨太阳病脉证并治中。第四卷，辨太阳病脉证并治下。第五卷，辨阳明病脉证并治，辨少阳病脉证并治。第六卷，辨太阴病脉证并治，辨少阴病脉证并治，辨厥阴病脉证并治。第七卷，辨霍乱病脉证并治，辨阴阳易差后劳复病脉证并治，辨不可发汗病脉证并治，辨可发汗病脉证并治。第八卷，辨发汗后病脉证并治，辨不可吐可吐。第九卷，辨不可下病脉证并治，辨可下病脉证并治。第十卷，辨发汗吐下后脉证并治。后经一些医家的考证，如明·洪武中，芗溪黄芪作《伤寒类证辨惑》曰：“仲景之书，六经到劳复而已，其间具三百九十七法，一百一十二方，纤悉具备，有条而不紊者也。辨脉法，伤寒例三篇，叔和采摭诸书，附以己意，虽间有仲景说，实三百九十七法之外者也。又痉湿三种一篇，出《金匮要略》，叔和虑与伤寒相似，故编入六经之右。
又有汗吐下、可不可并汗吐下后证，叔和重集于篇末，比主经中，仓卒易检易见也。今一以仲景书为正，其非仲景之书者，悉去之。庶使真伪必分，要理不繁，易于学者也”（转引自《伤寒论辑义》）。所以方、喻等注家均宗其说。现在通行版本均已去掉了辨脉、平脉、伤寒例、辨痉湿病脉证治等前四篇，以及辨不可发汗病脉证并治等后七篇，都是根据此说。
关于现在流传的宋金版本两种，一是上述的明赵开美复刻宋镌治平本（１０５６年）；一是金·成无己著《注解伤寒论》本（１１４４年），仍为十卷二十二篇，称为成注本。成本经明嘉靖间汪济川校刊。还有一种医统本，也是成无己的《注解伤寒论》，经明朝徐熔校刊，内容和汪刻本基本相同。以上是《伤寒论》的流传历史及版本形成的概况。至于《伤寒杂病论》杂病部分，后经整理成为《金匮要略》一书。
由于宋版本的刊行，使后世整理研究《伤寒论》，有了深入发展。如安常《伤寒总病论》，朱肱著《南阳活人书》，许叔微著《伤寒发微论》、《伤寒九十论》等。尤其金·成无己《注解伤寒论》，对《伤寒论》原文逐条加以注释，运用《内经》等理论进行阐述而发挥，对后学者启发很大，是重要的参考书籍。明清以来，《伤寒论》尊为医经之一，为医家必读之书。故继成氏之后，整理和注释《伤寒论》者，如王肯堂的《伤寒证治准绳》，方有执的《伤寒论条辨》，喻嘉言的《伤寒尚论篇》，张隐庵的《伤寒论集注》，程郊倩的《伤寒论后条辨》，周杨俊的《伤寒论三注》，张令韶的《伤寒论直解》，钱天来的《伤寒溯源集》，张路玉的《伤寒绪论》、《伤寒缵论》，柯韵伯的《伤寒来苏集》，尤在泾的《伤寒贯珠集》，徐灵胎的《伤寒类方》，陈修园的《伤寒论浅注》、《伤寒医诀串解》，唐容川的《伤寒论浅注补正》等，或循原书之旧而加以阐释，或阐发故说而间附后世类方，或以方类证，虽仁智之见各异，而醇中有疵，瑕不掩瑜，均对仲景学说有所昌明。特别值得提出第三卷１６６的是清代所纂的《医宗金鉴》，各科齐备，而编排次序以仲景全书为首，实昭示《伤寒论》在中医学中之重要地位。民元以后，恽铁樵著《伤寒论辑义按》，陆渊雷《伤寒论今释》，衷中参西，颇多发挥。（三）注重六经实质综合研究自宋以降，尤其是建国４０年来，诸家对六经病提出了各种看法，形成了百家争鸣的局面。
何谓六经：六经即太阳、阳明、少阳、太阴、少阴、厥阴。六经之中，又分为手足二经，因而总领十二及所属脏腑。李氏认为，“历代医家有从脏腑、经络、气化、部位、阶段等方面来探讨六经的，这些研究方法，虽各有发挥，但也各有其片面性”（《全国高等医药院校教学参考书·伤寒论》）。因为脏腑是人体机能活动的核心，脏腑机能活动必然会影响全身各部，而全身各部之机能活动，也必然从属或影响脏腑。以脏腑的病理反映而论，在疾病的发展过程中，各经病变常会累及所系的脏腑，而出现脏腑的证候。如膀胱为太阳之腑，太阳表邪不解，传入于腑，致膀胱功能失常，水气内停，可见小便不利，少腹里急，烦渴或渴欲饮水，水入即吐等证。胃与大肠为阳明之腑，邪入阳明，胃燥热盛，津液受伤，则见身大热，汗自出，不恶寒，反恶热，口干舌燥，烦渴不解，脉洪大等证；若肠胃燥热结实，腑气不通，就会出现潮热，谵语，手足然汗出，腹胀满疼痛，拒按，大便秘结等证。胆与三焦为少阳之腑，胆火上炎，则有口苦，咽干，目眩；三焦失于通调，或水停心下，则心下悸，小便不利；呈水寒犯肺，则为咳；或少阳枢机不利，寒饮留中不化，则可见往来寒热，心烦，胸胁满微结，小便不利，渴而不呕，但头汗出等证。脾为太阴之脏，病则脾阳不振，运化失常，脾虚脏寒，寒湿停滞，可出现腹满而吐，食不下，自利，时腹自痛等证。心肾为少阴之脏，病则心肾虚衰，气血不足，可出现脉微细，但欲寐，恶寒，卧，甚则手足厥冷，下利或呕逆等一系列阳气虚衰、阴寒内盛�