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了他的学生、助手和病人的钦佩，弗洛伊德很尊重诺斯纳格。但是，弗洛伊德迫切地感到：他不能继续把大量的时间耗费在日常的看病活动中，而应该在看病之外有更多的时间来研究病人的病例。
所以，在诺斯纳格的诊疗所工作了六个半月以后，一八八三年五月，弗洛伊德转到梅纳特的精神病治疗所。在这里，他当上了副医师。从此，他搬到全科医院去住，只有在休假日时，才回到家里去。
西奥多·梅纳特同弗洛伊德以前的老师布吕克一样，是一个著名的神经病学专家，他在维也纳大学医学院兼任教职。弗洛伊德大学时代很喜欢听他的课，并且从听他的课开始对神经病学发生了兴趣。弗洛伊德曾说，他对梅纳特的崇拜达到“五体投地的程度”。
梅纳特是当时最著名的的脑解剖学专家，他对大脑神经错乱症颇有研究。所以，在医学上把这种病例命名为“梅纳特精神错乱症”。患有这种病的病人，有严重的幻觉出现，以致精神错乱、意识颠倒。这是以后数年弗洛伊德研究潜意识及各种变态心理现象的开始。
弗洛伊德在梅纳特诊疗所工作了五个月。其中，他研究了男神经病患者两个月，而研究女神经病患者三个月。这是弗洛伊德第一次亲自得来的精神病治疗经验。在工作期间，弗洛伊德深受他的老师梅纳特的高尚品质的感染。他写信说，梅纳特“比一大群朋友加在一起还有鼓舞力”。他每天工作七小时，并用剩余时间大量研读有关精神病的著作。在这时候，弗洛伊德已经显露出从事精神病研究工作的卓越才能。
工作期间，弗洛伊德还结识了不少朋友。他深深感到自己已经不是孤独的人。他与朋友之间的团结、合作，赢得了同事们的信任，以致当医院里的副医师们就他们受到的不合理的膳宿待遇而联合一致地向院方提出抗议交涉的时候，弗洛伊德被选为副医师的代言人去同院方谈判。由此可见，弗洛伊德不论在工作和研究方面都已经是引人注目的出类拔萃者。
一八八三年十月，弗洛伊德转向皮肤科。在当时的维也纳全科医院里，皮肤科分为两大部门：一个是专治普通皮肤病的，另一个是专治梅毒和传染性皮肤病的。弗洛伊德选择了后者，因为梅毒病症同其他各种神经系统疾病有密切的关系。但他感到遗憾的是，他只能为男性患者治疗，而不能接触到女病人。这项工作比较轻松，他每周只需要用两次会诊时间，所以，他有充分的时间到实验室里作研究工作。
他在三个月的皮肤科诊疗工作中，也同时担任了耳鼻喉科的诊疗工作。在耳鼻喉诊疗工作中，他感受到自己的实际操作医疗设备的能力较差，他第一次体会到自己有点笨手笨脚的。
从一八八四年一月起，弗洛伊德开始长时间地在全科医院的神经科工作。他每天在诊疗室工作两小时，其他时间到实验室工作。
七月，弗洛伊德被任命为神经科负责人。他要负责一百多名病人，要管理十个护土、两位副医师和一位实习医生。
弗洛伊德在维也纳全科医院的三年工作期间，始终都以饱满的热情进行临床医疗实践和研究工作。他虽然连续地从医院的一个部门转到另一个部门，但他的工作和研究重点，他的主要兴趣，始终都是神经系统的疾病。他在诊疗时间外的研究工作，重点也是神经系统方面的生理结构和机能。他先后跟随了象梅纳特和布洛伊尔那样的著名神经科专家，先后研究了神经纤维、神经细胞、神经错乱症以及麻醉神经的可卡因，取得重大的成就。他在《自传》中说：
以某种意义而言，我对于原先起跑的那项工作已经失去了信心。布吕克为我指定的题目是最低等的鱼类的脊椎研究。如今，我开始转向人类的神经中枢系统的研究……我所以选延髓作为我的唯一研究对象，其实也表明了我的发展的连贯性。和我初入大学时无所不学的情形相反，我如今却产生专注于一项工作和一个专题的倾向，而且这个倾向一直继续下去……
这时，我又恢复在生理研究室工作，起劲地在从事脑解剖研究工作。在这些年里，我发表了好些有关髓脑内神经核及神经通路的研究论文……
从实用的观点看来，脑解剖的研究绝不比生理学好。再加上我考虑到材料来源问题，所以，我就转而开始研究神经系统的疾病。在那时候的维也纳，还很少有这一医学分支的专家，所以可资研究的材料都散见于医院的各个科，而且也没有学习研究这方面学问的适当机会，只好靠无师自通的方法去学习。即使是不久前专门研究这方面的诺斯纳格，在其脑部位方面的著作中也还不能把脑神经病理从别的医学分支之中分离出来……
在第二年中，我还是继续担任住院医师的职务。我发表了不少有关神经病的临床观察报告。渐渐地，我对这方面的疾病已经能驾轻就熟，甚至我已能很准确地指出在延脑中的病灶位置。使得病理解剖的先生们，对我的临床分析毫无补充的余地。同时，我又是在维也纳第一个把诊断为急性多发性神经炎的病人送请病理解剖的人。（见弗洛伊德著《自传》）
从一八八二年到一八八五年，弗洛伊德在初期医学实践中，对人类神经系统的疾病有了特别深刻的认识，取得了初步的研究成果。他的这些研究成果总结在他在这一时期内所发表的几篇学术论文中——《喇蛄之神经纤维及神经细胞的构造》、《神经系统诸要素之构造》和《论可卡因》。
神经衰弱，如同其他神经系统疾病一样，可以使人的精神萎靡不振。而可卡因可以振奋人的精神，弗洛伊德曾经亲自服用可卡因，检验可卡因对人的神经系统所起的振奋作用。他在一封给玛莎的信中说：“在我最近患神经衰弱症时，我再次服用可柯（Coca，可卡因就是用可柯树叶提炼出来的有机盐基，一般在医学上用作局部麻醉用），而很少量的药剂就可以给我提神达到很兴奋的程度。我现在就是正在收集关于这个富有魔力的物质的资料。”与此同时，弗洛伊德向一位年轻眼科医生建议用可卡因作为眼科手术的麻醉药。不久，他得知他的另一位朋友、眼科医生卡尔·柯勒已经成功地把可卡因用作眼科手术的麻醉剂。
接着，弗洛伊德又发现可卡因可以使人上瘾，就象吗啡可以使人上瘾那样。当弗洛伊德发现他的朋友弗莱舍尔因右手手术而上了吗啡瘾的时候，他建议弗莱舍尔用可卡因治疗。果然，弗莱舍尔服用可卡因后，立即断了吗啡瘾。从那以后，弗洛伊德用可卡因治疗各种神经系统失调症，诸如海上晕船和三叉神经痛等等。弗洛伊德研究可卡因的成果，再次证明他是希望取得神经病学方面的学术研究成果的。
一八八五年四月，弗洛伊德的父亲的一只眼患病，几乎失明。弗洛伊德同他的同事、眼科医生柯勒一起去诊断，他们诊断的结果是青光眼。第二天，弗洛伊德请另一位更有经验的眼科医生柯尼斯坦给他爸爸的青光眼动手术，手术是很成功的。弗洛伊德、柯勒和柯尼斯坦三人都是应用可卡因的先驱。弗洛伊德为自己能与同事们一起使用可卡因给患病的父亲做成功的眼科手术而高兴。
由于弗洛伊德在神经系统疾病方面的研究和治疗已经取得了显著的成果，一八八五年春天，弗洛伊德被任命为维也纳大学医学院神经病理学讲师。根据德国和奥地利大学的规定，弗洛伊德所担任的只是无报酬的讲师职务，这种职务的讲师无权参加系里召集的会议，也不付给工资。他只能为一些医学系班级主持供学生选修的专题。任这一职务的教师虽然没有报酬，但往往很受尊敬。因为一般说来，只有在某些方面有所专长的学者才有资格任这种职务；而且，只要任这一职务，就意味着不久的将来有晋升为副教授或教授的希望。
这次弗洛伊德之所以能获得这项荣誉职务主要是由于他个人在神经系统病理学方面的卓越成果，同时，也由于布吕克教授、梅纳特教授及诺斯纳格教授的推荐。布吕克教授在写给医学院的推荐信中写道：“弗洛伊德医生写的关于显微镜解剖学论文已被公认为优秀的成果……我很了解他的工作，我准备签署任何一个关于推荐他的申请书。”布吕克教授还写道：“弗洛伊德医生是受过良好教育的人，他有严正和沉着的性格，他在神经解剖学方面是一位优秀工作者，他具