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到西周，随着农业和天文学的发展，人们不仅认识到气候对农作物有影响，同时也认识到了气候对传染病的影响，如《礼记·月令》中，就有“孟春行秋令，则民大疫”，“季春行夏令，则民多疫疾”等记载。“疫”就是传染病。这是认识到传染病的发生与气候有关的最早文字记载。
在我国最早的医方书《五十二病方》中，将狂犬啮人与犬噬人分列，说明古人对狂犬病已有一定认识。再从《左传》“国人逐瘈狗”的记载来看，可见早在春秋时代，人们就已知道用消灭狂犬的办法来预防狂犬病。这是关于预防狂犬病的最早文字记载。以后《肘后方》中“疗狾犬咬人方，取脑敷之，后不复发”，这是狂犬病治法之发展，若就应用免疫反应原理防治疾病来说，这又是世界上最早的文字记载。可见我国人们在对传染病的认识及防治等许多方面，一直都遥遥处于世界领先地位。
至成书于约战国时代的《内经》中，《素问遗篇·剌法论》已有“黄帝问：余闻五疫之至，皆相染易，无问大小，病状相似，不施救疗，如何可得不相移易者？岐伯曰：不相染者，正气存内，邪不可干，避其毒气”的记载。根据这段文字，我们有理由认为：增强机体免疫机能，并避免接触病原，为防止罹患传染病的二大要点，这是中医自古就有之认识。
东汉初，常有疫病流行，但由于当时“天人感应论”泛滥，认为这是疫鬼所致，故形成了一种“岁终逐疫”的风俗。对此，王充（27—97）进行了严词驳斥。王充认为，所谓疫鬼，实是一种“中人多死”的毒烈之气。由于“气困为热”，“热极为毒〃（《论衡·言毒篇》），“毒象人之兵，则其中人，人辄死也”（《订鬼篇》）。这是用唯物主义观点解释病原并批驳谶讳迷信活动的最早文字记载。对后世影响极大。王充认为气有和与不和之分，不和之气统称为邪，邪气除了毒气能流行，还有疫疠之气和腐臭之气等等之分（这可以说是对传染病病原分类之萌芽），其中疫疠之气是一种很易传染，危害性很大的邪气，而其流行，则往往发生在饥馑之岁，如《命义篇》说：“饥馑之岁，饿者满道，温气疫疠，千户灭门。”这些认识，比笼统地称病原为毒气，可以说是前进了一步。王充还以“草木之中，有巴豆野葛，食之凑满，颇多杀人。〃“蜘蛛结网，蜚虫过之，或脱或获”等作比喻，认为“灾气加人，亦此类也。不幸遭触而死，幸者免脱而生”（《幸偶篇》）。从而对避免接触病原的重要性，起了强调作用。此外，王充还认识到传染病可以通过“气相污），而传播，他认为“死者累，属，葬棺至十，不曰气相污，而曰葬日凶”（《辨祟篇》），这是很愚蠢的。总之，从《论衡》来看，王充对传染病的认识很为深刻，其医学思想，对后世影响不小，但由于他不是医家，《论衡》又非医学著作，故尚为人们所忽视，实则此书很值得引起研究中医学者的重视。汉代刘熙之《释名》中：“注病，一人死，一人复得，气相灌注也。”其说与王充的“气相污”说相一致。这都说明，我国早在3—4世纪时，就已知道某些传染病是通过空气而传播的。
东汉末年，战乱频繁，而“大兵之后必有大疫，”，从《伤寒论·序》：“余宗属素多，建安纪元以来，犹未十稔，其死亡者，三分有二，伤寒十居其七，”这段文字来看，显然也是有传染病流行，但仲景（150—219）以六气归纳病原，故称之为伤寒。仲景“感往昔之沦丧，伤夭横之莫救，乃勤求古训，博采众方，”撰成《伤寒杂病论》16卷，创立了六经辨证之法，奠定了中医辨证论治的基础，从此对传染病的治疗，始有矩矱可寻。《伤寒论》从现在出眼光来看，虽然其中治疫之法很不全面，但它毕竟是我国治疗传染病的最早方书。
稍后，曹植（192—219）亦认疫原为疠气，《曹集诠评》中“建安二十二年，疠气流行，家家有僵尸之痛，室室有号泣之哀，或阖门而殪，或覆族而丧。〃这段文字，亦可佐证仲景所说之广义伤寒，是包括了传染病在内。
迄晋，葛洪（281一341）著《肘后方》，书中记载了多种急性传染病，其对症状的描述，亦较为详细。对病因的认识，基本上是继承了“毒疠之气”为病原的说法，但明确提出了“毒有差别，致病各异”，这可以说是吴又可提出鸡瘟病鸡，猪瘟病猪，—病自有一病之毒说的先声。此书不但有传染病大流行情况的记载（“永微四年此疮从西东流遍于海中”，“以死后复传至旁人乃至灭门”），而且有详细研究，观察沙虱毒传染媒介恙螨的形态，生活习性、传播疾病方式的记载（“已深者，针挑取虫子，正如疥虫，著爪上映光方见行动〃），而其中《治瘴气疫疠温毒诸方第十五》一篇，堪推我国最早的防疫专篇。在治疗上，则不独重视清热解毒法，而且大量运用了表里双解法，这对后人处理疫病，也很有影响。由于此书在汜述疫病的防治方面内容较为丰富，故近代医史学家陈邦贤认为；“葛洪在医学上的贡献，一种是对于传染病的认识；一种是炼丹，为制药化学的先驱。〃
至隋·巢元方等著《诸病源候论》（610），称疫病病原为“乖戾之气”，说“人感乖戾之气而生病，则病气转相染易，乃至灭门。”并认为“此皆因岁时不和，温凉不节。”这种认识，与《札记》，《论衡》中有关疫病的记载，是一脉相承的。以后吴又可的戾气说，就是在前人这些说法的基础上提出来的。
南宋时，战争连年，民不能耕，饥馑荏至，《儒门事亲·倜有所遇》篇说：“会兴定岁大饥，遂采百草而食”，当时饿孚遍野，常有传染病流行，张子和（约1156一1228）说当时的疫原是瘴疠，如《疟》篇说：“盖扰攘之时，政令颊乱，徭役纷冗，朝戈暮戟，略无少暇，内火与外火俱动，在侯百官吏尤甚，岂可与夷静之人，同法而治者。余亲见泰和六年丙寅，征南师旅大举，至明年军回，是岁瘴疠杀人，莫知其数。”这似是指恶性疟的大流行。
迄李东垣（1180—1251），又是一个兵荒马乱的年代，当时，患病者之多，死亡者之众，可谓前所未有，这是有大疫流行厂可以肯定，《内外伤辨惑论·辨阴证阳证篇》说；“向者壬辰改元，京师戒严，迨三月下旬，受乱者凡半月。解围之后，都人不受病者，万无一二，既病而死者，继踵而不绝。都门十有二所，每日各门所送，多者二千，少者不下一千，似此者几三月，此百万人，岂俱感风寒外伤者耶？大抵人在围城中，饮食不节；乃劳役所伤，不待言而知，由其朝饥暮饱，起居不时，寒温失所，动经三两月，胃气亏乏久矣。一旦饱食太过，感而伤人。”东垣对仲景以来，用六气归纳病原，认为病原是伤寒的说法提出了怀疑，但他忽视了王充以来的疫气相污说，他为了强调脾胃虚弱容易罹患疫疾，主张太过，竟把明明属于外感范畴的传染病，说成是内伤病，这在病原问题的认识上，实在是大错而特错。东汉末年及南宋时，战乱纷繁，民不聊生的历史条件和疫病流行情况，大体上差不多。如要说仲景、子和前后的疫病流行都是寒邪、疠气这一类外邪所致，唯东垣时的几百万人同时生病，都是内伤脾胃引起，这是无论如何也说不通的。何妨东垣自己也说“感而伤人”，既是“感而伤人”，病原当然仍是乖戾之气。饮食不节，胃气亏乏，劳役惊扰，起居不时，引起健康水平下降，免疫机制减弱，这不过是致病条件而已，所以，东垣对传染病病原的认识，实在不能与葛洪、王充等前人相比。但由于传染病病原繁多，针对病原寻找特效药，即使在现在，也不是易事。东垣在当时患者机体抗力普遍衰弱的情况下，采用补脾益气之法，以增强正气抗病能力，其治疗手段，却是十分可取的。这种治术，较之杀灭病原无专药而又轻施攻伐，反伤正气的治疗，合理得多，故就治法论，东垣的治疫病法，较之《伤寒论》的治法和刘河间，张子和等人的治法，显是又有了长足的进展。
明末天下大乱，又屡有传染病大流行，《温疫论》自序说：“崇祯辛巳（1641），疫气流行，山东、浙江、南北二直患者尤多，至五六月益甚，或至阖门传染。”吴又可否定疫病与六气及四时不正之气有关，他认为疫病病原既不是伤寒，也不同于一般之温热，而是一种杂气，又称戾气或异气，他说：“夫瘟疫之为�