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中国的唯识家有两大系。以菩提流支与真谛为首的旧译家，本质上都是把诸识的最高本体归给为“自性清净心”，同当时遍及佛学界的“一切众生悉有佛性”的观念相通。玄奘新译所讲的阿赖耶识则有所不同：它是染与净的共同所依，无始俱生，而非纯净无染。旧译认为，“清净心”就是真如，即唯识理；新译认为，“清净心”属“佛智”范围，是契合了真如唯识理的结果，自身并非胜义谛。慈恩宗的这些有异于当时的主张，给宗教实践带来许多新的特点，这就是“种姓”和“转依”说。
所谓“种姓”，是借用印度种姓制度的概念，表示众生在成佛的可能性上的区别。慈恩宗立种姓为五，即声闻、独觉、菩萨三乘和无姓、不定。其中无姓有情完全没有佛性，二乘（小乘）人既入于无余涅槃，决定不会归转大乘。这种说法突出了佛教必须对社会和众生尽责的大乘菩萨行，更坚定地贬斥小乘个人解脱之路，但与当时流行的《法华》、《涅槃》思想和中国儒家的传统观念不符，受到以天台宗为首的多方责难。玄奘的弟子圆测、法宝等，也提倡此说。
“转依”的“依”，在唯识家那里通指作为染净根据的精神实体，慈恩宗即指阿赖耶识。他们认为通过宗教修持的“熏习”，藏识中的染污种子减弱，清净种子增强，最后转“识”成“智”，使杂染阿赖耶变成纯净阿赖耶，这就是成佛。因此，“转依”就是世界观的根本转变。这也是佛教大乘所有派别都可以接受的结论。但由于慈恩宗一系把佛智与真如分离开来，认为只有转变对“真如”之“迷”（识）为对“真如”之“悟”
（智），才能转变藏识中的染分为净分，因而“真如”就成了一种似乎可以独立于识外的东西，慧沼称之为“理佛性”。只有“理佛性”纳入阿赖耶的“事”识，才能促使“事识”转变，实现由染转净的解脱。这类说法，同当时普遍主张即心即佛的禅思潮和真如即是正智的旧译大相径庭，但对于视“理”为“事”
外另一客体的宋代理学家，则有明显的影响。
关于量论与因明的介绍，虽然不是始于玄奘，但只是经过玄奘和窥基的阐扬，才在中国传播开来，涌现出一批专门研究因明的学者和注疏。玄奘本人对于佛教因明三支作法的完善化，也有贡献，主要表现在他于印度针对小乘正量部反对“唯识无境”的命题而作的《真唯识量》中。“真唯识量”可能是《制恶见论》的核心思想，是在曲女城大会上精炼出来的。
据《宗镜录》和《因明大疏》记，“真唯识量”是这样的：“真故极成色，不离于眼识（宗）；自许初三摄，眼所不摄故（因）；犹如眼识（同喻）”。
关于这个比量，历来解释纷纭。
但含义十分简单：所缘（认识对象）与能缘（认识主体）不能相离，二者是同一识体上的“相分”与“见分”的关系。它的逻辑特点，是在“共比量”上加上了“简别”（即限制、有条件）的字眼：“真故”、“极成色”、“自许”等。这些简别词大大增强了因明立量的针对性和条件性，使其只有在同论敌论议的特殊情况下，才能判断正确与否。此量针对的是正量部破除“唯识无境”的论题，对于正量部的立论来说，它是正确的，不可指摘的，但对于非正量部来说，这些简别词就失去了一般意义。换言之，玄奘把因明的组织形式严密化了，使它更好地成为论战的工具。但因为失去了普遍性，因明在认识论上的价值反而相对降低了。
佛教史
第六章 佛教中心的转移（续）（公元7—10世纪）
华严宗以阐扬《华严经》而得名。对《华严经》的研究，自晋代至梁代，在南方的一些佛教学者中已经开始；南北朝后期，南北学者的有关研究转而兴盛。北魏宣武帝曾敕勒那摩提讲《华严经》；地论师律学大家慧光兼修《华严》；隋代寺地论师净影慧远作《华严疏》7卷。其时在长安南郊终南山至相聚居对《华严》有研究的佛教学者数十人，华严宗的先躯法顺、智正、智俨等，都长期活动在这里，使该地区成为华严宗的发祥地。
法顺（557—640），俗姓杜，世称杜顺，雍州万年（今陕西长安）人。
18岁出家，先习禅法，后学《华严》。在他所著的《华严五教止观》中，根据佛教各种经论的不同教义，把止观分为五类，并将《华严》放在大乘圆教的最高地位。这一分类，后经智俨、法藏的继承发挥，形成华严宗独特的判教说。在《华严法界观门》中，他把《华严经》的主要思想概括为真空观、理事无碍观、周遍含容观等三个方面，后经智俨、法藏补充发展，构成华严宗的“四法界”理论。
智俨（602—668），俗姓赵，天水人。12岁随法顺于终南山至相寺出家。
曾从智正学《华严》，并从慧光的《华严经疏》中得到启发，著《华严搜玄记》、《华严一乘十玄门》、《华严孔目章》等，阐述华严“六相义”、“十玄门”等思想，构画出了华严宗的主要理论框架。他的弟子很多，著名的有怀齐、义湘和法藏。其中义湘是新罗人，学成回国，大弘《华严》，号称“海东华严初祖”。将华严宗从宗教哲学方面系统起来，并组成一股强大宗派势力的乃是法藏。法藏（643—712），先世为康居人，故俗姓康，号康藏法师。
出生于长安。17岁出家，入终南山听智俨讲《华严经》。曾参加玄奘译场，传说因见识不同退出。他的创宗活动是在武则天执政时代完成的。年28，武则天命他在太原寺开讲《华严经》（晋译本），及至诏令实叉难陀重译《华严经》，法藏也受命参加译场。圣历二年（699），武氏诏令法藏在洛阳佛授记寺讲新译《华严》，据说当讲到“华藏世界品”时，堂宇震动，则天下敕祝贺，以为是“如来降迹”于武氏政权。法藏为武则天的讲授提纲，成《华严金师子章》。传说武则天赐法藏为“贤首”，所以华严宗又名贤首宗。
法藏前后讲新、旧译《华严》30余遍，并参与《华严》、《楞伽》、《宝积》等重要经典的译场证义，著述很多，除《金师子章》外，还有《华严探玄记》、《华严经旨归》、《华严策林》、《华严五教章》、《华严问答》、《华严义海百门》、《妄尽还源观》、《游心法界记》、《文义纲目》等。
与法藏同时研究新译《华严经》的学者有李通玄（635—730）。他用《易经》会通《华严经》，但不属华严宗。所撰《新华严经论》40卷，影响悠久，明代李贽、方泽等都从这部论著入门。
法藏弟子很多，其中高句丽僧审祥，传华严教义到日本，被视作日本华严宗的始祖。但上首是慧苑。慧苑著《续华严经略疏刊定记》，对师说有所修正，后被澄观指为异端。慧苑弟子有法诜，以《华严经》、《菩萨戒》、《起信论》为教旨，撰《华严仪记》。法诜弟子就是著名的澄观。
澄观（738—839），俗姓夏侯，越州山阴（今浙江绍兴）人。11岁从宝林寺需禅师出家，颂《法华经》。后遍游名山，从名僧学相部律、关河三论和《起信》、《涅槃》等，然后在法诜处研习《华严》。之后又就湛然习天台止观，并从慧忠等禅师咨决南宗禅法，谒见慧云禅师了北宗玄理，更翻习经传子史等俗书。39岁后长住五台山大华严寺，专行方等忏法，主讲《华严经》，以为“文殊主智，普贤主理，二圣合为毗卢遮那，万行兼通，即是《华严》之义”①，将佛菩萨崇拜同《华严》教义密切结合起来，强化了五台山与峨嵋山作为文殊、普贤圣地的地位。贞元十二年（796），应诏入长安，参与《华严后分》和《守护国界主经》的翻译，同时讲经、疏文，为朝廷和大臣所重。传说德宗曾赐号“清凉”，故亦称“清凉国师”。
由于澄观参学广泛，思想驳杂，与法藏体系已有差别。他把禅宗与天台思想引入华严教法，体现了中唐以后诸宗相互渗透的总趋向。他在《随疏演义钞》中明确表示，他的宗旨即在“会南北二宗之禅门，摄台、衡三观之玄趣”。
澄观撰著约400余卷，被称作“华严疏主”。其中《华严经疏》、《随疏演义钞》、《法界玄镜》、《华严经略策》、《三圣圆融观门》等，