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政府保存好可能与战争犯罪有关系的官方机密文件。由于占领是通过日本政府间接实施的，直到1946年1月3日为止，IPS官员都未能调查政府各省的档案记录。
更为重要的是，基南了解到麦克阿瑟遵照9月12日来自华盛顿的政策文件和10月6日基于此文件而制定的联合参谋部的指令，为国际法庭起草了宪章，并设立了一个统一的检察机关（IPS）。政策文件（SWNCC 57／3）限定了IPS的权限范围，并将所有刑罚的“承认、减刑或……变更权力”交给麦克阿瑟一人。指令的最后一节，即第17项，指示他，没有华盛顿的明确指令，“不要采取反对将天皇作为战犯的措施”，从而为起诉裕仁留下了可能性。最高司令官一方面要在华盛顿的命令下行事，同时还要作为一个国际公务员、作为签署了投降文书，现在又被要求派出法官和检察官的同盟国的代表履行职责。麦克阿瑟的双重角色和他的行事方式增加了接踵而至的审判的复杂性。这使得法庭权威的本质变得模糊不清，不可避免地导致被告方断言东京审判事实上是美国的审判。
1946年初，宫内省的资产被冻结，人员被削减，情报来源也受到了限制。为了让裕仁及其顾问们对即将到来的战犯审判做有效的计划，需要开发新的情报来源。为此，松原康昌借助了战败后仍在复员省法务局继续活动的原陆军省秘密研究组的专门知识。研究组组长松谷诚大佐参与过战时的计划工作，曾任杉山和阿南两位陆军大臣以及铃木首相的秘书。松谷曾试图通过木户的秘书向天皇表达既然战败必至就应马上讲和的请求，但是没有成功。现在，面对即将到来的对战犯的严厉审判，松谷和他的小组正在研究减轻损害的方法。
1946年1月3日至5日，他们召开了一系列秘密会议，以此开始了他们的活动。会议的参加者是来自私立和国立大学、东京银行、外务省、大藏省、工商省的精英分子以及代表裕仁出席的松平。同时出席并对会议的客观性做出重大贡献的还有马克思主义历史学家平野义太郎和政治学者矢部贞治。平野义太郎，尽管是马克思主义者，却又是大东亚战争的坚定支持者；而矢部则长期以来一直推崇日本式的法西斯主义。与会者的结论是，在美国占领期间，大约用两年的时间，日本的政治、经济和思想就会稳步地向好的方向发展。随着苏联对思想混乱状态的利用，关于君主制的争论将会逐渐加剧。
会议的最终报告强调了在各个地区既要传播又要控制“协同民主主义”的必要性。如果将天皇作为“向心力”和“象征”保留下来——换言之，作为对日本社会非理性、传统的一面让步的话，则任何民众意识范畴的现实的革命都是可以避免的，这样的假定一点也不过分。战犯审判将成为“政治”展示，最好在幕后进行交易。与法官及控辩双方律师的友谊将得到培养。辩护的方针将强调军队对战争的独自责任，任何有触及裕仁的责任暗示都将不被允许。审判将被用来维护和保卫国家，为了实现这个目标，为被告个人的辩护都将被退居次位。
然而，裕仁及其助手无法确定裕仁能否逃过审问——或是作为证人或是作为被告，因此1946年3月，他的5个助手开始着手帮他进行辩护的准备。当时，日本媒体充斥着关于战争审判的猜测，认为起诉将主要集中于把战争扩展到美英方面的责任上。因此，裕仁和他的亲信们感到有必要主要针对英美开战问题，而不是他在中国战争中所起的作用问题，进行辩护。麦克阿瑟司令部希望得到天皇回答的问题由新任命的宫廷和GHQ之间的联络官寺崎英成传给了裕仁及其助手。寺崎的妻子是美国人，交战的几年间在日本生活，而她又是费勒斯准将的亲戚。助手们向天皇提出美国方面的问题，然后又把他的回答记录下来。
口授会议进行了5次，用了8个小时。然后，寺崎用铅笔记下了这份长长的速记誊本的某些部分，速记誊本主要是以宫内省内记部长稻田周一编集和遴选的记录为基础。寺崎的记录日期是6月1日，东京审判已经开庭了近1个月。更长的口述文本，最初题名为“昭和秘史回顾录”，稻田的记录就参照了这份文本，对这份文本的整理工作一直持续到6月末。之后，这份文本被更名为“天皇谈话录”（圣谈拜听录），不过寺崎没有再参与而且也许他连见也没见过它。
反人道的罪行
1946年2月至3月，当日本民众正在逐步了解新宪法的时候，IPS的活动也在继续进行着。IPS执行委员会主要由组成法庭的各国“参与检察官”构成，首席检察官基南担任主席。在职员中最富有经验的律师的协助下，IPS集中精力审问和挑选那些将以“反和平罪”被起诉的嫌疑犯。美国检察官汇编的A级嫌疑犯名单上有30个人的名字，而英国检察官的名单上只有11人，两份名单都没有提到天皇。但是，澳大利亚检察官提交的一份应被起诉的“百人临时名单”中包括裕仁，指控他犯下了“反和平和反人道罪”。澳大利亚人还提供了一份详细的备忘录，作为指控天皇的证据。备忘录强调，“在任何时候” 裕仁都不是“被胁迫签署同意文件”发动侵略性军事行动的。备忘录带有修辞色彩地问道：“正因为他批准了连自己都不认为是正确的事情，他的罪行不就更重大了吗？”
执行委员会将被告的范围集中在28个人身上。被排除者中有满洲事变的策划人石原莞尔。石原在起诉准备阶段就没有被约面谈。将他从被告名单上除去可能是因为他反对东条并试图推翻其统治； 基南为此对他持正面印象。但这同时也反映了美国检察官的错误认识，他们认为中间层幕僚，就同美国的情况一样，绝对不可能成为发动侵略的原动力。
最终，26名被告人被起诉。曾经鼓吹过军国主义和种族狂热主义的实业家、大学的知识分子、佛教徒、法官和记者都没有在内。4月13日，苏联代表团姗姗来迟后，曾试图将在战争经济活动中起过主导作用的3名企业家包括进去，但最后只是将梅津美治郎大将和外交官重光葵的名字加进了名单。前外务大臣松冈洋右和前海军军令部总长永野修身在审判结束之前死亡。另一位被告——大川周明——被诊断为精神失常。
由于美国在亚太地区巨大的军事和经济支配力量以及麦克阿瑟手中过度的权力，东京审判被告的选定以及后来的审判本身都给人一种严重的扭曲感。不过首先，这种扭曲来自于所有的同盟国政府实行的国际法从属于现实政治的政策。那些政府都将本国的国家利益放在首位，法律和道德居后。裕仁和他的顾问们也是如此，在展开的法律戏剧的幕后偷偷摸摸地活动着。
因此，在斯大林的指示下，苏联代表团选择了跟随主导国家的做法，只有在美国主张的时候才会要求控告裕仁。仅有的参与了法庭审判的亚洲三国代表——中国、菲律宾和印度——也试图尽量避免与美国政策的冲突，努力贯彻各自的调查方针。
没有哪个国家比中国遭受的日本侵略更严重；也没有哪个同盟国领袖比蒋介石更了解日本君主制与军国主义之间的密切关系。但是蒋也认为裕仁将成为阻止共产主义传播的屏障，所以他也选择了不起诉裕仁。尽管蒋介石自己的军事法庭在10个城市因战争罪行起诉并审判了883名日本人，但他没有将东京审判放在较高的优先考虑的位置上。蒋与共产党的战争即将重新开始。他需要美国的财政资助和军事援助，并希望劝说日本军事人员在投降后留下来，这样他就可以在与共产党的战争中利用他们。
蒋派遣到东京的规模很小的法律小组就反映了上述优先考虑：一名法官（梅汝璈）、一名检察官（向哲濬）外加两名秘书。后来，蒋派了更多的人员并让他们收集了与战争犯罪有关的资料，不过这些远远不足以使中国人取得审判的主导权。1946年夏天，检察方面进行与中国有关的立证时，对日本犯罪行为的指控调查中起主导作用的是美国检察官，中国的向检察官只起了协助作用。另一方面，向积极地调查了有关南京暴行和日本军在中国许多城市杀害平民及解除武装的士兵的行为。他也提出了关于强奸罪的证据，可是当时没有把这种罪行当做反人道的罪行处理。
蒋的“抗日战争公私损失调查委员会”1938年以来收集了大量关于中国战争伤亡人数的数据，可是中国国民政府�