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、“撞倒山”、“江海鳌”等一百多艘，战舸数百条，真可谓“投戈断江，舳舻千里”。面对强敌压境，在应天的文官武将中，曾引起了一度的骚动。有的人主张投降，有的人主张放弃应天，还有的人竟作逃跑的准备。在此危急的形势下，朱元璋与谋士刘基等就敌我形势作了深刻细致的分析，刘基说：张士诚目光短浅，胸无大志，只图自固，未必会出兵，暂时不必管他。主要的危险敌人是陈友谅，他拥有精兵利舰，而且居我上游，野心勃勃。只要集中兵力击败了陈友谅，张士诚便不敢出兵了，应天也就相安无忧了。朱、刘二人一起制定了战争策略，朱元璋立即实行战略转移，改取固守东南向东北和西线出击的战略。他先集中兵力击败陈友谅于鄱阳湖，然后再掉头东向，俘张士诚于平江（今苏州），打破了东西夹击的局面。
朱元璋在围攻张士诚的同时，派大将廖永忠迎接小明王到应天，在瓜步（今江苏六合东南）渡江时，小明王覆舟沉江死，这标志着小明王的龙凤政权灭亡。在擒杀张士诚以后，又制服了浙东的方国珍，平定了福建的陈友定，接着又乘胜南进，攻克广东、广西，实现了除四川、云南之外的整个南部中国的统一。至正二十七年（1367）十月，朱元璋又调集精锐部队，以徐达为征虏大将军、常遇春为副将军，发兵二十五万，不失时机地北伐中原。北伐军连连得胜，攻下山东诸郡，至正二十八年（1368）占领开封，八月攻克元朝的首都大都（今北京），元顺帝慌忙弃城出走，逃亡漠北，统治达九十九年的元皇朝灭亡。
在南征北伐取得节节胜利的情况下，至正二十八年（1368）正月，四十② 《明史》卷一《太祖纪一》。
岁的朱元璋在文武百官的欢呼声中，在应天府登上皇帝的宝座，建国号大明，年号洪武，以应天为南京。
十六年的戎马生涯，朱元璋终于由一个横笛牛背的牧童、小行僧，开天辟地，成为开国皇帝，实现了他青年时代的一个梦。
洪武十四年（1381）傅友德、沐英、蓝玉奉命进攻云南，次年攻破大理，至此基本上完成了南方的统一。洪武二十年（1387）朱元璋又命冯胜、傅友德、蓝玉进攻辽东，迫降元将纳哈出。辽东平定后，除漠北草原和新疆等地外，全国已基本上归于统一了。
第二节皇权的树立革旧鼎新洪武初年，官僚机构基本上沿袭元代。在实践中，朱元璋渐渐感到其中的弊端，于是毅然借鉴历史上成败治乱的经验教训，大刀阔斧地进行整顿、改革。
朱元璋对国家的机构改革首先是从地方上开始的。元朝行中书省，总管一方的军政、民政、财政和司法等大权，权力很大。洪武九年（1376），朱元璋宣布废除行中书省，分设承宣布政使司、都指挥使司和提刑按察使司，分别担负行中书省的职责，这三个机构既各自独立，又互相牵制，这就防止了地方势力过重而闹独立的可能。
朱元璋在废除行中书省的当年，设立了浙江、江西、福建、北平、广西、四川、山东、广东、河南、陕西、湖广、山西十二个布政使司。洪武十五年（1382），又增加了云南布政使司，一共十三个。布政使司之下设府（州）县。
接着，又进行朝廷机构的改革。明初中书省总揽天下政务，在朝廷各个机构中位置最高，其行政长官左、右丞相，负有统率百官之责，位崇权重，极易与皇帝产生矛盾。洪武初年，朱元璋以李善长、徐达为左、右丞相。李善长为人处事向来以小心谨慎著称，徐达则较多时间是带兵征战在外，他们都没有与朱元璋发生大的矛盾冲突。但胡惟庸任相之后，事情就发生了变化，君权与相权的矛盾与日俱增。
胡惟庸是凤阳定远人，淮西集团重要人物之一。洪武六年（1373），由于李善长的极力推荐，胡惟庸由右丞相升左丞相。胡惟庸专权用事，“生杀黜陟，或不奏径行。内外诸司上封事，必先取阅，害己者，辄匿不以闻。四方躁进之徒及功臣武夫失职者，争走其门，馈遗金帛、名马、玩好，不可胜数。”①皇权与相权的矛盾达到顶峰。朱元璋见大权旁落，自然不能容忍。洪武十三年（1380）朱元璋以“擅权植党”罪名诛杀了胡惟庸，趁机取消了中书省，废除丞相等官。朝廷政务由六部分理，提高六部的品秩，各部尚书直接听命于皇帝。丞相制的废除，宣布了中国一千多年宰相制度的终结，也使朱元璋成了历史上权力最大的皇帝。
同年，朱元璋也废除统管全国军事的大都督府，分中、左、右、前、后五军都督府，每府设左右都督二名，分别管理京师及各地卫所和都指挥使司。都督府的职权与兵部有明确的分工。兵部有颁发军令、铨选军官的权力，但不能直接统率军队。都督府负责军队的管理和训练，但无权调遣军队。每逢战事，由皇帝亲自任命军事统帅，兵部发布调遣令，都督府长官奉命出征。战事结束，军归卫所，主帅还印，这样二者互相制约，军权集于皇帝一身。在军队的编制和训练上，朱元璋和刘基研究了历代兵制，创立了明代所特有的卫所制度。这种制度特点是：军籍世代沿袭，实行耕战结合，平时既屯耕，也训练。卫所制分卫、所两级，在全国军事重地设卫，次要的地方设所。大体五千六百人为一卫，长官为指挥使。每卫下面分五个千户所，每千① 《明史》卷三○八《胡惟庸传》。
户所辖一千一百二十人，长官称千户。千户下分为十个百户所，百户所辖一百一十二人，长官称为百户。百户下有总旗二，小旗十，每总旗领五小旗，每小旗十个军士，大小相连，比比成军。洪武二十六年（1393）全国共设有十七个都指挥使，下辖三百二十九个卫，六十五个守御千户所，军队一百二十万人，其精锐留驻在京师南京一带。十七个都指挥使分别隶于朝廷的五个都督府，这样使权力分散，便于皇帝控制。
洪武十五年（1382），朱元璋又对朝廷监察机构进行了改革。将御史台改为都察院，设左、右都御史。“都御史职专纠劾百司，辨明冤枉，提督各道，为天子耳目风纪之司。”其下有十三道监察御史，以一布政司为一道，共设御史一百一十人。监察御史负责监视、纠劾百官。出使到地方，则巡按、清军、巡盐、巡漕、巡关、提督学校等，其中巡按御史代替皇帝巡视，“大事奏裁，小事立断”，权力很大。这些御史官秩只有七品，但却可以以小制大。与都察院职责相似的，还有监督六部的六科给事中，称谏官，与都察院互相配合。
经过一番整顿，朱元璋的权力大大加强了，但政务也随之繁多起来。过去有丞相协助，现在全国大小政务都要他亲自处理，即使他“昧爽临朝，日晏忘餐”①，整天批答奏章，也难以承担。洪武十三年（1380）九月，朱元璋设置四辅官，位列公侯、都督之次，协赞政事，但因不胜其职，不久相继致仕。洪武十五年（1382）朱元璋仿宋朝设殿阁大学士的办法，设置了华盖殿、文华殿、武英殿、文渊阁、东阁大学士，由品级比较低的编修、检讨、讲读等官来充任，帮助朱元璋阅读奏章，起草处理文书，这是明代内阁的肇端。整肃吏治朱元璋即位后，“惩元季吏治纵弛”，决心创立一个清正廉洁的朝廷。
为此，他详定了官员考课办法，凡内外官员，根据他们的品秩，分别规定考察时间和内容，由吏部“综其称职、平常、不称职而陟黜之”。约束官员很为严格。同时，朱元璋还用严刑峻法来整顿吏治。他常说：“纪纲法度，为治之本。”因此他十分重视法律的制定。
吴元年（1367），在朱元璋的授意下，左丞相李善长任总裁官，开始了法律的制定工作。是年底初步编成，“凡为令一百四十五条，律二百八十五条”。但朱元璋觉得所定律令还不够完善，又下令修改，直到洪武三十年（1397），几经修改，才正式颁布了《大明律》。《大明律》共三十卷，分吏、户、礼、兵、刑、工六部。它以唐律为蓝本，但简于唐律，严于宋律。律文包括各项法律章程，其中对各级官吏的职权、任务以及应遵守的事项，都作出了详细规定，对官吏违法乱纪行为，也定出了具体惩处办法。
对官吏的贪污，处罚特别重。朱元璋认为：“吏治之弊，莫过于贪墨”，“此弊不革，欲成善政，终不可得”。他下令“凡是官吏贪污蠹害百姓的，都要治罪，