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同异云何？不由别物体故不＇12＇异；如此和合，虽难分别而非不异。阿黎耶识如此而生，熏习生时有功能胜异，说名一切种子”＇13＇。
关于熏习与种子之间的关系，无著在《摄论》中通过偈颂的形式提出了种子所具有的六种特征：刹那灭、果俱有、恒随转、性决定、待众缘、引自果。“胜义诸种子，当知有六种：刹那灭俱有，恒随转应知，决定待众缘，唯能引自果”＇14＇。
无著用以表述这六种特征的文字后来首先得到了世亲的诠解。世亲还根据此颂的文义，明确使用“种子六义”的范畴来概括它们＇15＇。随着无著、世亲唯识思想在中国初唐时代的大量传入，由无著首先提出的种子六义这一思想得到了中国佛教华严宗二祖智俨、三祖法藏的高度重视和极大发挥，从而成为华严宗阐述宇宙缘起的“因门六义”的主要思想基础。
（六）阿赖耶识与染污事象
无著指出，能够熏习阿赖耶识的一切染污事象与阿赖耶识之间，也互为产生的原因。真谛译《摄论》说：
“云何阿黎耶识与染污一时更互为因。譬如灯光与灯炷，生及燃烧一时更互为因；又如芦束一时相依持故得住立。应知本识与能熏习更互为因，其义亦尔，如识为染污法因，染污法为识因。何以故？离此二法，异因不可得故。”＇16＇
阿赖耶识和染污事象，在具体的时间关系中还互为存在的原因，这就象灯光和灯芯一样。在特定的时间范畴中，灯光的出现和灯芯的燃烧就是互为原因。芦苇被捆束在一起同时互为依托才能得以站立，也是这个道理。由此可知，阿赖耶识和能够熏习阿赖耶识的染污事象之间也互为存在的根据。没有阿赖耶识就没有染污事象，同样，没有染污事象也就没有阿赖耶识。
阿赖耶识与一切染污事象间的互为因果关系表现为二个方面：其一，一切染污事象对于阿赖耶识的熏习作用是一致的，不可说不同的染污事象对于阿赖耶识的熏习表现出了不同的作用；这就好比衣服由同一颜色的很多条线织成，而衣服并没有呈现出多种颜色一样。其二，当阿赖耶识中熏习而成的种子引生果报时，因阿赖耶识种子而新生的事象则会呈现出森罗万象的分别来；这就如同经过印染的衣服会呈现出各种颜色和形式一样。真谛译《摄论》卷上云：
“云何熏习不异不多种，而能为有异多种诸法作生因？譬如多缕结衣，衣无多色；若入染器后，于衣上种种相貌方得显现。如此，阿黎耶识种种诸法所熏，熏时一性，无有多种；若生果，染器现前，则有不可数种类相貌于阿黎耶识显现。”＇17＇
（七）阿赖耶识的存在证明
在前述阿赖耶识的三相中，无著就因相说明阿赖耶识是一切染污事象不断得以产生的根源。不惟如此，无著还进一步指出，如果离开阿赖耶识，一切清净的事物也和一切染污事象一样都不能产生。玄奘译《摄论》卷上云：
“由若远离如是安立阿赖耶识，杂染清净缘不得成，谓烦恼杂染、若业杂染、若生杂染皆不得成，世间清净、出世清净也不成故。”＇18＇
一切染污或清净的东西都以阿赖耶识为存在的先决条件，那么，何以得知阿赖耶识自身是存在的呢？在《显扬圣教论》中无著首先通过引用先前出现的唯识经典作了概要地回答，他说：
“云何知有此识？如薄伽梵说：无明所覆，爱结所系，愚夫感得有识之身；此言显有异熟阿赖耶识。又说：如五种子，此则名为有取之识，此言显有一切种子阿赖耶识。又说：阿陀那识甚深细，一切种子如暴流，我于凡愚不开演，恐彼分别执为我……”。＇19＇
在《显扬圣教论》十七卷中，无著又直接利用《瑜伽师地论》的论述，说有“八相”可证明阿赖耶识的存在。＇20＇
在《摄论》中，无著还从五个方面对阿赖耶识的存在问题进行了具体论证。首先，如果离开了阿赖耶识，烦恼等染污心理也无从成立。因为我见、我慢、我爱、无明四根本烦恼及随烦恼无一不是由世间的染污事象对阿赖耶识的熏习而成：世间一切染污事象的熏习，在阿赖耶识中留下了习气，这些习气被阿赖耶识积集成种子，在时机成熟时，阿赖耶识中的种子现行出了四根本烦恼与随烦恼；除了阿赖耶识之外，其他六识都不具有积集存储染污种子的功能。
“云何烦恼杂染不成，以诸烦恼及随烦恼熏习所作，彼种子体于六识身不应理故。”＇21＇
其次，从导致果报的染业来说，阿赖耶识也是存在的；否则，如果没有阿赖耶识，生命主体各种行为所发起的熏习就没有受熏的对象，如此，就十二缘起的因果链条而言，主体行为缘生识，及主体对外物的追求缘生染业，就没有理由成立。
“云何为业杂染不成？行为缘识不相应故；此若无者，取为缘有亦不相应。”＇22＇
再次，从生命的轮回来说，只有阿赖耶识，才能使生命形态的前后延续及每次生命执持的各种感官、执持生命的“识食”＇23＇得以成立；同样，如果没有阿赖耶识，一次生命终结时体温是由上而下还是由下而上逐渐降低的现象就无从出现。
“云何为生杂染不成？结相续时不相应故。若有于此非等引地没，已生时，依中有位意起，染污意识结生相续，此染污意识于中有中灭，于母胎中识羯罗蓝更相和合……此和合识非是意识，但是异熟识，是一切种子识。……复次，结生相续已，若离异熟识，执受色根亦不可得……已生有情识食不成。”＇24＇
在这里，我们可以看出，《摄论》在论证阿赖耶识是轮回的主体时，把部派佛教所说的轮回主体即中有和羯罗蓝纳入了阿赖耶识的范畴之中。
第四，如果离开阿赖耶识，世间清净也不能够成立。因为欲界的离惑心与色界的烦恼心是非共时存在或者坏灭的，没有离开欲界的烦恼之心，就不能得到色界的烦恼心；为了离开欲界的烦恼心而修持带有欲界烦恼的善心加行，必须有阿赖耶识作中介才能得到色界的有惑心；这种加行如果没有阿赖耶识作为受熏的对象，不通过阿赖耶识受熏而形成的种子，是不可能得到色界的有惑心的。
“云何世间清净不成？谓未离欲缠贪，未得色缠心者，即以欲缠善心为离欲缠贪故，勤修加行；此欲缠加行心与色缠心不俱生灭故，非彼所熏，为彼种子不应道理。”＇25＇
第五，出世清净也依赖阿赖耶识而成立。这是因为正见来源于通过自己的各种认识器官依照所听佛理控制作意的心理现象：如果没有阿赖耶识，听闻佛理的熏习及所熏的意识就没有赖以成立的根本，这样就不能形成出世清净的种子；没有种子，相应也就不可能产生出世清净的果报。
“云何出世清净不成？谓世尊说，依他言音及内各别如理作意，由此为因，正见得生。此他言音、如理作意，为熏耳识，为熏意识，为两俱熏。若于彼法如理作意思维，尔时耳识且不得起，意识亦为种种散动余识所间；若与如理作意相应生时，此闻所熏意识与彼熏习久远过去，定无有体，云何复为种子能生后时世间心？”＇26＇
二、六识与意
（一）六识
关于六识，无著在《摄论》中只是简单地交待了它们与阿赖耶识及意根的关系。至于它们的各自特征，无著是在其他的论著中加以介绍的。《大乘阿毗达磨集论》卷一云：
“何等为识？谓六识身：眼识、耳识、鼻识、舌识、身识、意识。何等眼识？谓依眼缘色，了别为性……何等意识？谓依意缘法，了别为性。”＇27＇
《显扬圣教论》卷一云：
“眼识者，谓从阿赖耶识种子所生，依于眼根，与彼俱转；缘色为境，了别为性……乃至身识。此中差别者，谓各依自根、各缘自境、各别了别一切……意识者，谓从阿赖耶识种子所生，依于意根，与彼俱转，缘一切共、不共法为境，了别为性。”＇28＇
根据《大乘阿毗达磨集论》和《显扬圣教论》中所述说，六识就是主体依据眼、耳、鼻、舌、身、意六种认识器官分别缘取色、声、香、味、触、法六种认识对象所产生的六种分别意识。
（二）意及染污意、意根
无著在他的论著里没有使用末那识的概念，却反复论及了“意”的存在及其作用问题。在《摄论》中，无著指出，在阿赖耶识与前六识之外，还有“意”这一精神要素存在着，其存在性质是刹