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太医院。院使一人，正五品院判二人。正六品其属，御医四人，正八品，后增至十八人，隆庆五年定设十人。生药库、惠民药局，各大使一人，副使一人。
太医院掌医疗之法。凡医术十三科，医官、医生、医士，专科肄业：曰大方脉，曰小方脉，曰妇人，曰疮疡，曰针灸，曰眼，曰口齿，曰接骨，曰伤寒，曰咽喉，曰金镞，曰按摩，曰祝由。凡医家子弟，择师而教之。三年、五年一试、再试、三试，乃黜陟之。凡药，辨其土宜，择其良楛，慎其条制而用之。四方解纳药品，院官收贮生药库，时其燥湿，礼部委官一员稽察之。诊视御脉，使、判、御医参看校同，会内臣就内局选药，连名封记药剂，具本开写药性、证治之法以奏。烹调御药，院官与内臣监视。每二剂合为一，候熟，分二器，一御医、内臣先尝，一进御。仍置历簿，用内印钤记，细载年月缘由，以凭考察。王府请医，本院奉旨遣官或医士往。文武大臣及外国君长有疾，亦奉旨往视。其治疗可否，皆具本覆奏。外府州县置惠民药局。边关卫所及人聚处，各设医生、医士或医官，俱由本院试遣。岁终，会察其功过而殿最之，以凭黜陟。
太祖初，置医学提举司，设提举，从五品同提举，从六品副提举，从七品医学教授，正九品学正、官医、提领。从九品寻改为太医监，设少监，正四品监丞。正六品吴元年，改监为院，设院使，秩正三品，同知，正四品，院判，正五品，典簿，正七品。洪武三年，置惠民药局，府设提领，州县设官医。凡军民之贫病者，给之医药。六年，置御药局于内府，始设御医。御医局，秩正六品，设尚药、奉御二人，直长二人，药童十人，俱以内官、内使充之。设御医四人，以太医院医士充之。凡收受四方贡献名药及储蓄药品，奉御一人掌之。凡供御药饵，医官就内局修制；太医院官诊视。十四年， 改太医院为正五品，设令一人，丞一人，吏目一人。属官御医四人，俱如文职授散官。二十二年，复改令为院使，丞为院判。嘉靖十五年，改御药房为圣济殿，又设御药库，诏御医轮直供事。
上林苑监。左、右监正各一人，正五品左、右监副各一人，正六品，监正、监副后不常设，以监丞署职。左、右监丞各一人。正七品其属，典簿厅，典簿一人。正九品良牧、蕃育、林衡、嘉蔬四署，各典署一人，正七品署丞一人，正八品录事一人。正九品
监正掌苑囿、园池、牧畜、树种之事。凡禽兽、草木、蔬果，率其属督其养户、栽户，以时经理其养地、栽地而畜植之，以供祭祀、宾客、宫府之膳羞。凡苑地，东至白河，西至西山，南至武清，北至居庸关，西南至浑河，并禁围猎。良牧，牧牛羊豕，蕃育，育鹅鸭鸡，皆籍其牝牡之数，而课孳卵焉。林衡，典果实、花木，嘉蔬，典莳艺瓜菜，皆计其町畦、树植之数，而以时苞进焉。
洪武二十五年，议开上林院，度地城南。自牛首山接方山，西并河涯。比图上，太祖谓有妨民业，遂止。永乐五年，始置上林苑监，设良牧、蕃育、嘉蔬、林衡、川衡、冰鉴及典察左右前后十属署。洪熙中，并为蕃育、嘉蔬二署。以良牧、川衡并蕃育，冰鉴、林衡并嘉蔬，典察四署分并入。宣德十年，始定四署。正德间，增设监督内臣共九十九员。嘉靖元年，裁汰八十员，革蕃育、嘉蔬二署典署，林衡、嘉蔬二署录事。
中、东、西、南、北五城兵马指挥司。各指挥一人，正六品副指挥四人，正七品吏目一人。
指挥，巡捕盗贼，疏理街道沟渠及囚犯、火禁之事。凡京城内外，各画境而分领之。境内有游民、奸民则逮治。若车驾亲郊，则率夫里供事。凡亲、郡王妃父无官者，亲王授兵马指挥，郡王授副指挥，不管事。
明初，置兵马指挥司，设都指挥、副都指挥、知事。后改设指挥使、副指挥使，各城门设兵马。洪武元年，命在京兵马指挥司并管市司，每三日一次校勘街市斛斗、秤尺，稽考牙侩姓名，时其物价。五年，又设兵马指挥司分司于中都。十年，定京城及中都兵马指挥司秩俱正六品。先是秩正四品。改为指挥、副指挥，职专京城巡捕等事，革知事。二十三年，定设五城兵马指挥司，惟中城止称中兵马指挥司。俱增设吏目。建文中，改为兵马司，改指挥、副指挥为兵马、副兵马。永乐元年复旧。二年，设北京兵马指挥司。嘉靖四十一年，诏巡视五城御史，每年终，将各城兵马指挥会本举劾。隆庆间，御史赵可怀言：“五城兵马司官，宜取科贡正途，职检验死伤，理刑名盗贼，如两京知县。不职者，巡城御史纠劾之。”
顺天府。府尹一人，正三品府丞一人，正四品治中一人，正五品通判六人，正六品，嘉靖后革三人。推官一人，从六品儒学教授一人，从九品训导一人。其属，经历司，经历一人，从七品知事一人。从八品照磨所，照磨一人，从九品检校一人。所辖，宛平、大兴二县，各知县一人，正六品县丞二人，正七品主簿无定员，正八品典史一人。司狱司，司狱一人。从九品都税司，大使一人，从九品副使一人。宣课司，凡四，正阳门外、正阳门、张家湾、卢沟桥。税课司，凡二，安定门外、安定门。各大使一人。从九品税课分司，凡二，崇文门、德胜门。各副使一人。递军所、批验所，各大使一人。
府尹，掌京府之政令。宣化和人，劝农问俗，均贡赋；节征徭，谨祭祀， 阅实户口，纠治豪强，隐恤穷困，疏理狱讼，务知百姓之疾苦。岁立春，迎春、进春，祭先农之神。月朔望，早朝，奏老人坊厢听宣谕。孟春、孟冬，率其僚属行乡饮酒礼。凡勋戚家人文引，每三月一奏。市易平其物价。遇内官监征派物料，虽有印信、揭帖，必补牍面奏。若天子耕耤，行三推礼，则奉青箱播种于后。礼毕，率庶人终亩。府丞，贰京府，兼领学校。治中，参理府事，以佐尹丞。通判，分理粮储、马政、军匠、薪炭、河渠、堤涂之事。推官，理刑名，察属吏。二县，职掌如外县，以近莅辇下，故品秩特优。
顺天府即旧北平府。洪武二年置北平行省。九年改为北平布政司，皆以北平为会府。永乐初，改为顺天府。十年，升为府尹，秩正三品，设官如应天府。顺天府通判，旧六人，内一人管粮，一人管马，一人清军，一人管匠，一人管河，一人管柴炭。嘉靖八年革管河、管柴炭二人。万历九年革清军、管匠二人。十一年复设一人，兼管军匠。
武学。京卫武学，教授一人，从九品训导一人。卫武学，教授一人，训导二人或一人。掌教京卫各卫幼官及应袭舍人与武生，以待科举、武举、会举，而听于兵部。其无武学者，凡诸武生则隶儒学。
建文四年始置京卫武学，设教授一人。启忠等十斋，各训导二人。永乐中罢，正统六年复设。后渐置各卫武军，设官如儒学之制。
僧录司。左、右善世二人，正六品左、右阐教二人，从六品左右讲经二人，正八品左、右觉义二人。从八品
导录司。左、右正一二人，正六品左、右演法二人，从六品左、右至灵二人，正八品左、右玄义二人。从八品神乐观提点一人，正六品知观一人，从八品，嘉靖中革。龙虎山正一真人一人。正二品。洪武元年，张正常入朝，去其天师之号，封为真人，世袭。隆庆间革真人，止称提点。万历初复之。法官、赞教、掌书各二人。阁皁山、三茅山各灵官一人，正八品太和山提点一人。
僧、道录司掌天下僧道。在外府州县有僧纲、道纪等司，�