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万物皆一气含三。得气之清轻者，天之道；得气之重浊者，地之道；得气之中和者，人之道。若无阴阳二气之交合，则五行之气不能行于天，五气之质不能具于地，五性之理不能存于人。有天便有地，有地便有人。天地人三才皆本于阴阳二气交合所生，故曰“二生三”。
以三才之理蕴之于心，纪纲造化，经理人物，精粗本末，以一贯之，由一生二，二再生三，则天地人万物才得以孕育而生成。修真者以此理逆返而修，归一返心，回复自然真境，既完整又科学。
《易经》包含了三大原则，即简易、变易、不易，合称为“三易”。
所谓“简易”，是说大道之理至简至易，既平凡，又简单，世间无论多么错综复杂的现象，都是由一至二，由二生三的变化过程。人常形容某事时有一句口头语：“简单得像个一样”，说的就是这个道理。
所谓“变易”，是说世间的人事物，都处在一定的时空中，随着时空的变化而变化，没有一个事物不随着时空的运转而变化。虽时间不同，环境不同，条件不同，但都是在其本因、内因的基础上，随着时空的运转，发生着千差万别的变化，这是大道的永恒规律。所以学道要知“变”，但万变不离其宗。有智慧的人，不但知变，而且能适应其变。
所谓“不易”，是说世间万物虽时刻都在运动变化，但生万物的大道本体，却是永恒存在的，这个主宰宇宙的本源，宗教家叫做“上帝”、“神仙”、“佛菩萨”。哲学家称它为“本体”。科学家称它为“物理功能”。无论怎么称呼，都是指大道本源之一。
“二”是太极两仪所生的阴阳，是大道生万物的应用，是道生万物的过渡阶段。比如人体这个小宇宙、小天地，是一个庞大而复杂的巨系统，它以“心机”为总枢、为核心，不停地运转变化着。在这个总枢纽的统领下，先分为阴阳、显隐两大系统，或称为太极。在太极之下，又生三才，或称为三宝，即精、炁、神。此三宝必需和太极阴阳这两个系统共论，用三源理论阐述。例如精、炁、神这三个质元系统，元神、玉神、圣神这三个体元系统等等不同性质的子系统。三才之下又生四象，四象之下又分五行。五行之下再分为八卦、九宫等许许多多子系统。人体内道场基本上由这九大系统组成，层层分系，你中有我，我中有你，互含互纳，围绕方寸这个中心，共同构成人体这个巨系统。
人体这个小宇宙，与自然大宇宙有着直接的对应关系，修真者的人天合一、天人合一，就是为了求证、打通这种联系的信道。完成九大系统的和合，攒簇五行，合和四象，由三返二，由二返一，就是五气朝元，步入更完美的天人合一，这就是“观心得道”的变化机理。也是顺变“二生三”，逆变“三返二”的辩证之理。
三生万物。
“三生万物”，大道就其名而言，谓之道。大道就其数而言，谓之一。有一即有二，有二即有三，有三即有万。“三”是三元、三才，万物皆是一气含三。“一元四素全息论”和“三元（源）化生万物学说”，是玄灵修真理法学认识宇宙万物的整体观和方法论。
“三元一炁”，在人则是元精、元炁、元神；在“河图”、“洛书”，则是内外三圆数图；在卦辞，则是上元、下元、中元。三元备，而万物之性成。其性之质量层次，再决定由三生四象，四象成而五气流行，六爻成象，而八卦演序万物。道家此学说已形成了完整的理论与实践体系，由内至外，由根到末，由隐至显，由核心到宇空万象，由三至万物，象数理气四大要素，包容于万物的任何一体。
“万物”者，天地日月，山川河流，动植飞潜，一切有形有色，有性有命者，皆谓之“万物”。由阴阳二气交合孕育，三才即生，三才立而万物之形体出。经纶天地，成就品类，皆是此三者之才也。故曰“三生万物”。天得此理，所以有天之才。地得此理，所以有地之才。人得此理，所以有人之才。但天地生万物所用之造化，人不可得见，惟圣人能蕴之于心，行之于事，修身齐家，治国平天下，无处不是运用“三”的生生之理，无处不是三才之道。
在中华传统文化中，特别重视“三”的应用，无处不用“三”，“三”在许多方面被广泛应用。例如大道一炁化“三清”，宇宙有“三界”，有“三千大千世界”，有“三十三重天”。古有“三皇”、“三王”无为之治的盛世。人常所说的“头顶三尺有神明”，这个“三尺”就是比喻三界。天地人被称为“三才”。万物皆是“一炁含三”。玄灵修真学研究探索宇宙万物，皆是从隐态“三元”与显态“三源”共观，隐显同论，从而揭示宇宙质元、物元、体元，合而称之为“三元（源）”学说，这是当今认识宇宙万物结构模式的最新理论。
人身有“三田”、“三宝”。人的先天心被称为“三（方）寸”。人之死亡被称为“三寸气断”。人的生死流转的过去世、现在世、未来世被称为“三世”。人有“三个我”，即阴我、阳我与真我。益卦有“三人行必有吾师”之理，损卦有“三人行必损一人”之理。修真者的“三花聚顶，五气朝元”，是一种神炁的升华，一旦结为一体，即可化为“三清”，跳出“三界”，返归无极本源。修道大成需要累积三千功德……等等，用三的范围十分广泛，“三”的含义极其深远。
道家以“三”作为研究万物的基数，三为阳数，又为生数。三为东方木气，在五常为仁德。在色为青绿。在人为肝胆。在四序为春，春暖气和，万物复苏，生机盎然，故万物由春生发。三生万物是河图的顺向运动。三五合一，金木交并，乃是洛书由三返一的逆向回归。三三得九，九九归一。道家以三为基数，以九为成系之数，以九重天、九宫数研究宇宙，以九或九的倍数研究宏观、宇观、微观的宇宙万物。例如天有九天之数，气有九气之别，色有九种之分，品有九阶之级，地有九幽之名。此皆是用三用九的自然之数。
人有“三心”。以阴阳分析人体全息心所含的体元系统，有主观意识之“识心”，又名为识神；有先天真意之“本心”，又名心阳神；有以阴性活动为主要特征的“人心”，又名为心阴神。传统上将此三心称之为三神，故有“三心二意”之说。人身中有三关九窍。其中阳窍七，阴窍二，合为九窍。修真中的髓道通时，也有三关九窍。例如尾闾关、夹脊关、玉枕关内，各有左中右三窍，合称为三关九窍。人体中轴之脉，分为左、中、右三支，并表现出三原色，具有“三”的结构特点，反映出人体“一炁含三”的道性特征。由三轴二脉共同组成一个完整的整体“心”状结构。围绕这个全息轴心修持，将人身躯体、器官、细胞以及各个组织系统中都能修证出来，才能实践逆向获能，与外宇宙空间同频共运，以外补内，完成复返先天的变化。此皆是用三用九之道。
九九之倍数合为八十一，乃是修真者必须经受考炼的天定自然之数。用九就是天道，用九就是元亨利贞，用九就是一种忘我的状态，所以用九也最高明，它是中华文化的最高哲学精神。由此可见“三”的内涵多么深邃（suì）而无穷！
【万物负阴而抱阳，冲气以为和。】
“万物负阴而抱阳”，道生一，一生二，为“天地无名之始”。二生三，三生万物，为“有名万物之母”。一为元气，二为阴阳，三为阴与阳会和之气。万物中皆有元气，故得以柔和。犹如人胸中有五脏六腑，骨道中有骨髓，草木中有空心，故能气通得久生。万物生于天地，皆是负阴而抱阳。天下人与万物皆是向阳而立，如此则前抱阳而后负阴。承天禀命，荷气而生谓之“负”；阴阳二气混和，真气内养，谓之“抱”。万物各有内外，内外各有阴阳，阴阳各有抱负，内外与阴阳相得，阴阳与抱负相合，如同天之有昼夜，人之有男女，叶之有正背，电之有正负等等。
“冲气以为和”，是说万物都是以阴阳相冲的和气而生长。孤阴不生，孤阳不长。阴阳相合者，合之于变，不合则不变。变者，变之于冲也，不变则不冲。“冲”者，冲之于和也，不冲则不和。
“和”有二义：一谓阴阳合和，平衡而为统一体；二谓阴阳二气摇荡混合而为“和气”。阴阳内外，若无冲气以和之，