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“总统”是“国家元首及三军统帅”。“总统”对五院有协调争议权，五院包括了“行政院、立法院、监察院、考试院和司法院”。“总统”直接任命“行政院长”。“行政院”由“院长”和“各部部长”组成。
“立法院”是主要的立法机构，最早在 1947 年选举产生。第一届“立法院”共有 773个席位，但基本上是无实权的“橡皮图章”。与“国民大会”一样，“立法委员”在 1991 年前一直没有换届。第二届“立法院”在 1992 年选出。第三届“立法院”于 1995 年选出，共有 157名委员，任期 3年。1998年开始的第四届“立法院”，委员人数增加到 225席。“立法院”在政府机构中的职责随着政治体制的逐渐民主与开放而变得越来越重要。在 1992 及 1995 年的选举中，“民进党”取得了逐次增加，超过三分之一的议席，而国民党每次都只能维持仅仅超过半数的席位。不过在 1998 年国民党在议会所占的比例由 50％上升到 55％。在 2001 年的“立法院”选举中，国民党受到重创，民进党首次成为第一大党，但依然未过半数。
1994年“国民大会”通过“修宪”允许“总统”直选之后，“立法院”也在同一年通过“省县自治法与直辖市自治法”，允许“台湾省省长”以及“直辖市”市长直选（“福建省”主席仍然维持官派）。在 1994 年举行的台北、高雄两市市长直选中，国民党赢得了“高雄市长”选举，而民进党则在台北取得了重大胜利。1998年国民党新秀马英九在台北反挫民进党的重要人物陈水扁，带领国民党重返台北市，但是在高雄，民进党的谢长廷却也击败了国民党的前任市长，两党依然继续分庭抗礼。
民选的“台湾省长”在 1998 年年底被撤销，恢复官派的“省主席”。“总统府”宣布这个举措是为了提高行政效率，实际上是为了降低当时的“台湾省长”宋楚瑜的影响力。而在 1997 年 11 月举行的地方选举中，民进党取得了 23 个县市中 12 个县的县长职务，而国民党只取得了 8个县。这是民进党第一次在重要选举中力挫国民党。
“监察院”负责监察政府的效率以及稽查腐败案件。29名监察委员由“总统”任命，经“立法院”同意后任命，每名委员任期 6年。在近些年来，由于监委之产生完全以“总统”一人之意志为定夺，不复以往需由省市议会推选之公信力。致使“监察院”原本所剩无几的“民意基础”至今可谓名存实亡，在各方面发挥着越来越不重要的作用，虽然近年来奉当权者之命进行了若干重要调查，名义上是弹劾了多位政府高层人员，但实际上还是听命于最高统治者，使古之“御使大夫”沦为为当权者文过饰非、斗争政敌的工具。
“司法院”负责司法系统的运作，由 15 名大法官组成的“大法官会议”，负责对“宪法”进行解释。但在台湾当前的大环境下，几次“大法官会议”所做出的决议无不“希旨成风”本质上不脱“乡愿”两字，其原因都出自大法官全由“总统”所任命，形式上经“立法院”同意后任命而已，任期 8年。
“考试院”负责公务人员的甄选与考核，由考试委员组成，其任命手续与“司法院、监察院”一致。其下并设有两个部门：考选部负责甄选新的公务人员及办理律师等专门职业的证照。铨叙部负责公务人员的任命、考核、退休。“总统”负责任命“考试院院长”。
1987年蒋经国宣布解除从 1948 年就开始实施的戒严令，戒严令赋予“总统”无限的权力以与共产党对抗。戒严令也禁止任何个人或团体发布不同言论，当时发布与当权者不同的言论如支持台湾独立或支持共产党都会招至严重后果。 1988年 1月 13 日蒋经国去世后，“副总统”李登辉继任“总统”，并在 1990 年由“国民大会”选举连任六年，这也是“国民大会”所选出的最后一届“总统”。1996年，李登辉与连战直选成为“总统”和“副总统”。2000年，陈水扁与吕秀莲直选成为“总统”和“副总统”，并于 2004 年的大选中连任。
戒严令解除后，台湾在表面上进行了一系列人权与民主方面的改革，报禁也取消，党禁开放…但在法律上缺乏合理有效的配套措施，使台湾在“金权政治”挂帅与“派系利益”主导政府施政方面走上 80 年代以后日本走过的错误道路，致使台湾实际的情况则是愈来愈“第三世界”化，各部门在国际间的种种竞争力、廉能指数评价都处于倒退的状况。
泛蓝阵营与国民党2000年“总统”大选以及 2001 年“立委”选举后，台湾政坛分裂出了很多新的政党。这些政党可以被大致分为“泛蓝阵营”和“泛绿阵营”二大阵营，其中泛蓝主张统一，认同包含台湾地区在内的中国，而泛绿则主张依靠美、日反华势力使台湾永久脱离中国，并且否认历史上、事实上台湾地区与中国的任何关联。台湾的政治体系还由于其差额选举等制度而更加复杂化。
泛蓝联盟，也称“泛蓝阵营”、“泛蓝军”，是台湾共同利益或政治主张接近的政治集团，包括国民党、亲民党和新党及其支持者。泛蓝联盟的主要竞争对手为泛绿联盟。1994年赵少康、郁慕明等为首脱离国民党成立新党；2000年国民党“总统”选举惨败以后，宋楚瑜脱离国民党成立亲民党。“泛蓝阵营”中的“蓝色”来自国民党党旗的颜色，主要包括的政党有国民党、亲民党和新党。“泛绿阵营”中的“绿色”来自民进党的党旗，主要的政党包括了民进党和台湾团结联盟（台联）。
泛蓝阵营中的国民党我们非常熟悉。它是由孙中山先生创立的，其前身为中国同盟会。国民党于清光绪二十年（ 1894 年），正值中日甲午战争，孙中山先生赴檀香山号召华侨亲友，创立“兴中会”革命救国组织，标志着中国国民党之诞生。1905年，兴中会联合华兴会、光复会等几个重要革命团体，于日本东京组成中国同盟会；1912年 8月，同盟会又联合数个政党于北京组成国民党；1914年7 月，国民党于东京改组为中华革命党；次年，中华革命党改名为中国国民党，至 1924 年 1月举行第一次全国代表大会，正式改组完成，进入中国国民党阶段。迄今一共举行过十四届全国代表大会，中国国民党也从革命党，革命民主政党，演进为现代化的政党。
1949年，国民党政权在中国内战中败给中国共产党，流亡台湾，保留了对台湾地区的实质管理权。同年 12 月 11 日，国民党中央党部由大陆迁往台北，部份留在内地的党员继续中国国民党的运作，改称中国国民党革命委员会（简称民革），并成为大陆的民主党派之一。
2000年以前，中国国民党一直是“中华民国”唯一的执政党，她曾伴随中华民国历经革命开国、讨袁护法、北伐统一、训政建设、抗战建国、制宪行宪、以及保卫台湾、建设台湾等各个历史发展阶段。国民党追求的目标始终一贯，在两岸问题上，国民党坚持九二共识中的“一个中国，各自表述”。
国民党败逃后，蒋介石连任总裁至 1975 年 4月 5日去世。蒋介石去世后，废除“总裁”制，改称中央委员会主席，由蒋经国连任至 1988 年 1月 13 日去世。其后则由李登辉继任至 2000 年 3月，国民党在台湾大选中失败，李登辉被赶下台，由连战继任。
在台第九届“总统”选举后，国民党便刮起了“革新”之风。1996年 4月 8日，国民党中央展开“党务革新”规划、部署工作。李登辉推动“党务改革”，目的是想通过机构调整、人事革新、决策模式的改变来排除异已势力，培植自己的班底，建立以自己为核心的新权威。但由于国民党内长期陷入主流派与非主流派的派系纷争，李登辉主导的“党务革新”受到了党内的批评与掣肘，各种革新方案要么搁浅，要么走调，或者只有部分项目得到落实。
推动国民党进行改造的最大原因在于国民党面临新的形势，甚至濒临危机，迫使国民党不得不进行改革。一是国民党在“国会”中的优势地位逐步丧失，在“立法院”中已实质不过半，国民党执政党地位岌岌可危。二是党组织对党籍公职人员的约束力下降，中央的政策难以贯彻实施。三是选民对国民党的认同感减少，社会菁英不愿加入国民党，社会资源大量流失。四是面对政治多元化、反对党不断强大的现实