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一般的海德格尔传记都承认，是海德格尔的前任说服他为了大学的利益接任校长。但海德格尔本人对此事是怎样想的？纳粹垮台后不久，海德格尔就围绕着他的校长职务对他在纳粹统治时期的一些事情的想法写了一个回顾，题为《校长职务一九三三至一九三四年——事实与思想》，但当时并没有发表。在去世前不久，他把这篇文稿交给儿子赫尔曼，让他在一个适当的时间发表。一九八三年，此文与新版的《德国大学的自我主张》一起发表。
在这个回顾中，海德格尔说，他在被选举为校长的那天中午还很犹豫。真正使他下定决心去担任校长职务的，是他希望能对改变大学现状有所作为。海德格尔很早就对大学的现状不满，对大学的改造（改革）有异常的兴趣。他在一九一九年夏季学期甚至还开过“大学和学术研究的本质”的课。在一九一九年战时讨论班上，他公开表达了对当时各种大学改革设想的不满：“……它完全是误导的，完全错认了一切真正的精神革命。我们今天还未成熟到在大学领域进行真正的改革。在这方面成熟需要整整一代人。大学的更新意味着真正的科学意识和生命关系整体的重生。”在一九二九年的教授就职演讲中，他一上来就对听众说：“我们的此在——在研究者、教师和学生的共同体中——是由科学规定的。既然科学是我们的热情之所在，那么在此在的根基处发生了什么根本的情况呢？科学的各个领域隔行如隔山。它们处理对象的方式是根本不同的。今天这个各学科组成的大杂烩只是靠大学和系科的技术组织维系在一起，并且只靠各学科的实际应用目的才有一种意义。与此相反，各门科学在其本质基础上已经死了。”所以，对于海德格尔来说，大学改革不是在外部制度层面上做些调整变动，而是要重新找到大学的本质，也就是科学的本质。
海德格尔对此有长期深入的思考。对于他来说，本质意味着精神。大学的本质不是一个固定的理念，而是一种积极的意志：“德国大学的自我主张就是原初的、共同的大学本质意志。”具体而言，大学本质的意志就是作为德国民族历史的精神使命的科学的意志。“精神”也不是人的主见精神，而是一种立场，一种大学得以实现和捍卫自己任务的立场。海德格尔通过追溯德国大学的历史来阐发大学的本质。
德国在近代以前就有了大学，著名的海德堡大学建于一三八六年，属于最早的欧洲大学之列。但是到了十九世纪初，在德国大学里出现了一种新的精神。这种精神与现代性有极大的关系。在海德格尔看来，现代精神一言以蔽之，就是人在存在者全体中地位的改变，更确切地说就是人从种种束缚中解放出来。体现这种精神的，是洪堡建立的柏林大学。
海德格尔认为，这个大学建立之初，有四个事实值得注意：一、提出了已经建立的老大学以它们的种种设置和习惯无法承担的新任务。二、大学的重心不是放在外在的组织上，而是放在聘请和团结有天分的人、创造性的思想家和堪为表率的老师上。三、这个新大学主要和决定性的中心是哲学系。知识教育是由一个包罗万象的哲学倾向引导的，这个哲学倾向以知识的所有本质领域及其所属的工作方式的内在总体关联为目标。四、不能把这个大学的建立视为一个特殊的普鲁士的事情，洪堡明确想让它成为唤醒和创造性地提高德国精神的模范高校。因此，要尽可能限制国家的影响。大学在它伟大规定的基础框架上保有它的教学自由。
此外，这所新大学建立起来不是为了实用的技术培训，民族通过这所大学从它的历史精神中受到其自身本质的教育，学会遵守自己的法律，从而达到统一，国家的意志由此得到了表达。这种国家意志使大学成为一个自由教育之所在，给了它最高的使命。需要指出的是，德国古典哲学家对“国家”有自己独特的理解，海德格尔也秉承了这个传统。他们都认为国家并不是一个机械的法律机构，不是与经济、艺术、科学和宗教一样的一种人为设置，而是彻头彻尾以相互信任和相互负责的方式统治着的秩序，一个民族在这个秩序中并通过它实现自己的历史此在。正因为如此，国家不是通过干涉大学，而是通过让大学成其为大学，才能真正实现它的意志——让人民成为人民。
柏林大学建立起来之后，的确起到了示范的作用，那些老大学都以它为榜样来改变自己，从而在十九世纪三十年代到六七十年代，德国大学空前繁荣。一方面是历史的精神科学广泛地建立起来了，另一方面自然科学的各个领域也建立了很多机构，从这些机构中随即就出现了一些著名的研究者和教师。
但是，海德格尔指出，在这科学的繁荣中，已经隐藏着一个危险。科学的领域越来越宽，可知事物的材料也越来越多样，研究者越来越局限于一个单一的领域。与其他科学领域的总体关联被中断了；在单一科学的内部，整体越来越被忽视。生气勃勃的哲学天性从科学中退缩了。各门科学纷纷离开哲学的根基独立发展为一门门单独的科学。技术和技术思维的兴起加强了科学的单一化和去根化。程序和方法成了凌驾于一切之上的东西。另一方面，国家也越来越把大学视为其公职人员实用的、技术性的教育机构。到了一八七○年左右，德国大学就处于这么一种精神状态。从那时起到第一次世界大战爆发，这种已经存在于德国大学中的倾向一直处于上升状态，科学是在进步，一个发现又一个发现，直到无限；各门单一学科越来越国际化，为研究而研究成了原则；关于事物的文献比事物本身更重要，文献随即又成了出版商的生意经。
大学各个系科也不停地成为本身封闭的专业学院，每个专业学院都在自身展开了巨大的、富有成果的运作。各个系科只是通过共同的管理，和共同促进所谓文化的空洞意识，外在地凑合在一起。“我们可视大学为教师企业家的松散联盟”（詹姆斯•；杜德达斯：《二十一世纪的大学》，北京大学出版社二○○五年版），美国密歇根大学前校长在二十一世纪的话似乎印证了海德格尔在上个世纪对大学的观察。
在海德格尔看来，大学的危机虽然有种种体制和设置的表现，以及运作方式的转变，但其实质是大学失去了其本质。海德格尔后来说，《德国大学的自我主张》的核心就是要阐明知识、科学和科学形成的使命的本质，因为大学就建立在知识和科学的本质上。阐释知识与科学的本质就是从根本上拒绝纳粹所谓的“政治的科学”。
海德格尔一开始之所以对接掌校长一职犹豫不决，就是因为他考虑到会面临来自“新”“老”两方面的反对。“新人”一头扎进“政治的科学”，那完全是一个建立在伪造真理基础上的概念。“老人”则要坚持“专业”，促进专业发展，让课程变得有用（即实用），将每一种对科学本质基础的反思都视为抽象加以拒绝，或将它只是作为外部的点缀，并不真的认为它属于大学。为了对付这两方面的反对，海德格尔必须给知识、给科学正名，必须牢牢地奠定它作为大学本质的地位。
在校长就职演说一开始，海德格尔明确向他的听众指出：“德国大学是这样的高校，它从科学出发并通过科学，教育和培养德国民族的领袖和保卫者。”这是德国大学的本质。这其实就是在大学“从事精神活动的人”要“引导元首”的想法的一种冠冕堂皇而又隐晦的说法。这个想法显然有柏拉图“哲学王”思想的流风遗韵在。海德格尔坚持古希腊的道统，坚持以科学（哲学）作为德意志民族在危机中的指南，将精神与科学置于一切（包括政治）之上，也毫无疑问地证明了这一点。
海德格尔的这一做法，实际上是秉承了德国古典哲学以来德国哲学家的一个传统。这个传统从康德的《学科冲突》开始，中经谢林的《关于学术研究方法的演讲》，黑格尔的（（论在大学讲授哲学》，施莱尔马赫的《关于德国意义的大学的若干评论》，以尼采的《论我们教学机构的未来》作结，都以精神追求和民族未来与使命来规定和突出大学的本质。《德国大学的自我主张》同样如此。
在指出科学