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在洛克的许多著作当中，值得我们关心的是《人类理智论》。1670年，他和一帮朋友在他的艾克斯特之家（莎夫茨伯里的家）非正式地聚会，讨论剑桥一些柏拉图主义者有关上帝及永生的思想是天生的这样一个观点。洛克在《人类理智论》的前言“至读者的信”中讲述了这次会见：
有五六个朋友聚在我家里，讨论一个（离人类的理解）
十分遥远的话题，发现他们自己绕过来自各方的一些困难很快达到一致观点。我们有一阵子不知所措，对自己深感困惑的一些问题束手无策，这时，我突然想到，我们的路线走错 了。在我们探索自然的本质时，我们必须理解我们自己的能力，设定我们的理解目标，或者不便处理的问题。我对大家说了这样的意见，他们都乐意地接受了。
洛克猜测，下次开会的时候，一张纸将足以包含他所要提供的单子，里面会有有关思维本身可以理解的一些精神过程。结果，他花了近20年的时间和数百页记满了各种观察和结论的纸张来解决这个问题。
他在英格兰和流亡期间，在和平年代和1688年的“光荣革命”期间写作的《人类理智论》最终于1690年出版了。这本书使他立即蜚声学术界。在14年时间内，这本书再版了4次，是客厅谈话的题材，而且确定了英国哲学和心理学的方向。它也使他臭名昭著。他反对天生思想，坚持认为灵魂是无法了解的思想引起了柏拉图主义者和牧师的愤怒，他们早就因为他倡导宽容而深感不快了，这次以因为他说些对无神论者有利的话而猛烈地攻击他。时间作出了公正的判决：他的《人类理智论》成为现代思想的主流之一，而反对者的东西已经淹没在历史的垃圾堆中了。
洛克的《人类理智论》之所以名垂青史，是因为它解释了我们如何获取知识，其余的部分不关我们的事。他采取跟他的先辈们不同的方式探索思维如何从知识中得来。首先，跟笛卡儿和斯宾诺莎不一样，尽管他学习过医学，他并没有去思考“我们精神的运动，或者我们肉体的变化”，通过这些东西，我们会得出感觉、感知、或者思想。他也没有去思考生理学是否还处在一个原始的状态，或者心理学过程是否可以在一个宏观的水平上加以考察而不管微观的情况，正如人们可以研究波浪的机械运动而不必注意构成波浪的分子的运动。
他也没有依靠正式的演绎推理，如笛卡儿和斯宾诺莎所进行的。反过来，他尽量利用当时能够得到的经验的方法来检查他自己的经验和别人的经验，包括不同年龄的孩子，问自己说出现了什么现象，以什么顺序发生，才得出了知识。他还进行了至少一次著名的实验。他先把一只手放在热水盆里，另一只放进冷水盆里，之后，再把两只手都放进一只温水盆里，这样，一只手感到热，另一只手感到冷。这说明，一种感觉起因的本质是一样客观的，可是，我们的感觉却是主观的，而不是客观实质的复制品。
洛克在《人类理智论》中做的第一件事就是攻击天生思想的教条。笛卡儿认为，关于上帝的思想一定是天生的，因为我们没有直接地体验过上帝，对此，洛克回答说，它不可能是天生的，因为有一些人没有这样的思想。他提供了一种虔诚——但是属于经验主义的——变通办法：我们从“在各种创造物中体现出来的超级智慧和力量……中得出上帝的概念”。也不可能有正确与错误的天生概念；历史为我们显示出来的道德判断范围是如此广泛，它们一定是通过社会的形式获取的。哪怕有些思想是万有的，如果能够找到其它一些解释，则它们也不是大生的。而且实际上，这样的解释是找得到的。他会显示出“理解在什么时候也许会具有它所有的思想”。作为证据，“我会希望每个人借重他自己的观察和体验”。
接着，他提出了经验主义心理学最原初的一个原理：“让我们假设思想（在出生的时候）是我们常说的一张白纸，上面没写任何字，没有任何思想。它是怎么载入内容的呢？……我回答，一句话，从经验而来。我们的知识都建立在经验之上，并从经验之中最终得出自身来。”
（有人常说，洛克把新生儿的思想比作一块白板，可是，他没有使用这个词，那是阿奎那从亚里士多德的著作中翻译得来的一个词。）
洛克说，人的“思想”有两个来源（“思想”这个词，他用来指从感觉到抽象概念之间的任何东西）。它们是感觉和回忆（思想对其所获得的无论什么东西的操作，按他的话说，是“我们自己的思想所有不同的行动”）。
我们的感官把感觉传递至思想，他把这些叫做“简单思想”。从这里开始，思想逐渐形成“回忆的概念”（它自己意识到其自身具有的感知、思想、意愿、在事物之间进行区分、比较等等的能力）。从这两类概念的相互影响之中，得出其它的一切东西，包括那些最为复杂和深奥的东西。
洛克然后花费大量篇幅来说明，要解释最为遥远和困难的一些概念，光有这些就够了。（他为自己冗长的说明道歉，可是，他说：“我现在太懒了，或者太忙了，不可能把它弄得更短。”）他解释了思想如何考虑一些简单的概念，如何把它们放在一起形成复杂的思想；如何在简单和复杂的思想之间进行分别。我们注意到一些不同的物体（一张帆，一块骨头，一杯牛奶）所共有的一些特质，并有意地排斥掉其不同的地方，从而形成比如白这样一些抽象的概念。同样，我们最终会形成象无限、同样与多样、真理与谬误这样一些抽象概念。
所有这些听起来都是有根有据，无懈可击的，可在这个系统当中有一个严重的漏洞。这涉及感官感觉这个古老的哲学问题：我们如何知道我们所感觉到的东西是存在于思想之外的事物的正确反映？洛克看不出有任何理由来怀疑我们具有对周围世界的正确知识。他跟随笛卡儿一样的确说过，上帝不会误导我们，可是，他的话音里面，虔诚的成分没有常识的成分多：
创造了我们大家的、无限睿智的上苍，以及我们周围的一切，已经调正了我们的感觉、才能和感官，使其适宜生活的便利和我们在此所做的营生。通过我们的感觉，我们可以了解并区分事物；检查它们，并使其适宜于我们的用途……这样的一种知识，它合适我们目前的状况，我们是不需要才能才可能以获取的。
但是，他就感觉问题的讨论在两个方面引起以后的心理学家们的麻烦。
（洛克没有对感觉和感知加以区分；这种区分直到近两个世纪以后才有了辨别。）
首先，他接受了我们所感知到的物体的“原初”素质和“次等”素质之间的差别，远至阿奎那，近到笛卡儿、伽利略和牛顿都接受过这种区别。原初素质都是些不可与其物体“区分”的素质，不管它们的变化有多么大；它们在我们身上产生最简单的固体感觉、延伸感觉、样式、运动或静止以及数量的思想。“拿起一粒谷子，”洛克说，“把它分成两半，每部分仍然有固体感觉、延伸感觉、样式和活动感。”而次等的感觉，如色彩、声音、味觉和气味，并不以我们感知它们的形式存在于物体之中，而是这个物体的原初素质在我们身上引起的一些感觉。一枝紫罗兰在黑暗当中不是紫罗兰，只有当它在我们身上引起那种颜色的感觉的时候，它才是一枝紫罗兰。洛克大概就是这个意思吧。
其次，如果我们的思想都是从感觉得来的，我们就知道我们感知到是东西，但不是其背后的真实——甚至真实都不一定存在。同样的，我们永远也不知道思维本身是什么，我们只知道自己的思想的经验。洛克有理智的这一面是勇敢无畏的：
感觉使我们相信，有固体的延伸的物质存在；还有思考，有会思考的物质存在；经验使我们确信这些东西的存在；人还有利用冲动来移动物体的能力，也有用思想去移动其它物体的能力；对这一点，我们不能怀疑。
仅凭这简单地重新确任一次是无法说服其它一些哲学家和心理学家的。他们愿意，或者不愿意找到一条证据，来证明我们有关世界的知识是否正确，或者在我们的感觉之外是否存在任何东西。
洛克在思维本质的问题上是很模糊的。可能是因为他自己的信仰的原因，也可能是为了避免异端邪说的罪名，他说，思维是存在的，但坚持认�