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作做进一步的加工、订证、诠释的工作，出版了各种文本的版本，如《托布奈丛书》（ TeubnerSeries ， 1868 —— 1961 ），《牛津古典本文》（ Oxford Classi… cal Texts ， 1894… 1968 ），希法对照的《布德丛书》（ Bude Series ， 1926… 1968 ），希英对照的《洛布从书》（ Leob Series ， 1926… 1966 ），不过这些版本都是在贝克尔版的基础上进行的。此外，学者们还收集了亚里士多德已散夫的著作的残篇，并加以出版。
在《全集》中，贝克尔对亚里士多德各篇著作的编排从《工具论》的《范畴篇》开始到《论诗》为止，大体是依照亚里士多德关于科学的分类来进行的。在这里，以《工具论》六篇为方法学上的预备，接着就安排了思辨或理论科学的《物理学》或广义的自然学（ PhusLka ），以及与此相关的天文、气象、生理、心理、动物、植物诸篇章，然后就是总名为《形而上学》的物理学后的诸篇章。亚里士多德把数学也和物理学、形而上学并列为思辨科学的一个组成部分，但没有专门的著作保存下来。其次是实践科学，在这里，伦理学、政治学、家政学（或经济学）三部分是完整的。最后是创制科学，其中三个组成部分诗学、修辞学、辩证法三部分也是完整的。不过辩证法被看作是依据公认的意见立论和反驳的方法，把与此有关的著作《论题篇》和《辩谬篇》（ Sophistikoi elenkoi ）提到《工具论》中去了。由于亚里士多德的著作中缺乏显明的客观标志，使人可以确定其写作时代的顺序，所以，在这里所用的方法，也许是能从亚里士多德著作中找得到某种依据的、唯一可行的方法。在我们的译本里，也别无可选择，无可创新，只能依照标准本的办法，按贝克尔的顺序和页码来编排。贝克尔版的第三卷收集了在 15 和 16 世纪译成的、优秀的亚里士多德著作的拉丁文译本。其他各卷是从古代的亚里士多德注释中，选其重要的编辑整理而成，一部分包含了亚里士多德已散失了的著作的残篇，此外还附加了有关亚里士多德著作的目录。
贝克尔版问世 90 年之后，在奥托·吉冈（ OttoGigon ）的主持下出版了《亚里士多德全集》新版 1 、 2 、 4 、 5 卷（ 1960…1961 ）。在新版的《亚里士多德全集》里，贝克尔版的前两卷，也就是亚里士多德著作的本文“完全按照原样重新交付印行”，因为吉冈认为，虽然在更完善的版本中，肯定会出现某种特点和优点，但和这些新的版本相比较越发显得贝克尔以其惊人的机敏选择了这些手稿，并且在大多数情况下审慎地规划并编排了这些手稿。此外，贝克尔版在当时是唯一用两卷或三卷就把亚里士多德全部著作包容在内的版本。而在新的版本中所表现的一个或少数特点或优点，在学术上可能是足够的，但在实用上却显得不够。所以，按照贝克尔原文重新印行第 1 、 2 两卷。无论对文献研究，还是对亚里士多德哲学，都将受到欢迎。在新版中，吉冈删去了第三卷亚里士多德著作的拉丁文译本，而代之以一个更完整的残篇汇编。因为这种拉丁文译本对于亚里士多德著作研究的发展虽然是很有价值的，但是谁要想解释亚里士多德的词句，就没有什么太大的帮助了。而且，亚里士多德著作的残篇，自贝克尔之后，经过许多学者的大力搜求，已经大大地丰富起来。特别是《雅典政制》的纸草在 1890 年被意外地发现，更使这种残篇的搜集工作具有了重大的意义。此外，新版还从亚里士多德本文的注释中选印了最重要的文献，在第四卷中就刊行包尼茨（ Bonitz ）的著名的《亚里士多德著作索引》。编者指出，这个索引虽然在今日看来已有许多不足之处，但它是渊博的，综合了所有最有价值之点，即使在今日，这个索引也可以使所有那些想认识亚里士多德大量主题，以及其各种最重要用法的读者感到满足。新版的《亚里士多德全集》附有自贝克尔版之后所出版的各种版本的全部目录，最后加上称作“亚里士多德”的马尔西安传记。所以要出版这一传记，为的是让文献研究者们能够确有把握地区别，哪些词句是在今日纸草本中总可以读得到的，哪些词旬是我们时代学者们所补充的。在这最后两卷中汇集了新的研究成果。
现在我们所能见到的较为完整的亚里士多德的作品中，充满了课堂用语，以及复述、小结等显明的教学环节。这说明，人们对这些作品大多是讲授提纲和听讲摘要的推测是有根据的。而且《物理学》一书的原名，即明白标示出是一种讲义（ akroasis ）。作为希腊哲学爱智精神化身的亚里士多德，以 40 年的教学生涯，于今只有这样 30 来种著作传世，其本身就反映了一个愚昧与启蒙、野蛮与文明、暴力与理智的历史斗争过程。关于亚里士多德著作的坎坷命运，早在公元 11 世纪，就以传奇故事的形式记载于著名的地理和历史学家斯特拉波（ Strabo ）的《地理学》和阿加德米亚哲学家、传记作家普鲁塔克（ Ploutarkhos ）的《道德论集》中。根据传说，公元前 322 年亚里士多德殁后，吕克昂由亚里士多德的学生和朋友塞奥弗拉斯特（ Theophrastos） 主持。后者在公元前 288 年逝世前，把藏于吕克昂的亚里士多德和自己的稿本托付于同事斯开普斯（ Skepsis ）的纳留斯（ Neleus ），由纳留斯带回他小亚细亚的故乡，公开展览，任人抄传。后来珀加蒙王国的君主，为自己的图书馆向民间征集书籍，为了避免被征用，这批稿本就被藏于斯开普斯的地窖中，一直沉睡了百余年，直到公元前 1 世纪才发掘出来，卖给了台奥斯的哲学家阿柏里康（ Apellikon ）重新带回雅典。公元前 86 年苏拉攻占了雅典，把这批书稿劫到罗马，后来又转手到文法学家提兰尼奥（ Tyrannion ）手中，准备编辑抄传。但经两个世纪岁月的腐蚀，播迁散乱，这批稿子已经面目全非，又加上誊抄手文化不高、讹误百出，所以稿件的内容次序、写作先后完全不可辨认。直到罗马吕克昂第十一任主持、罗得斯岛的安德罗尼河（ Andronicus ）收藏了它，并重新加以编辑，这大概是公元前 60 年左右的事情。在当时，安德罗尼河已经无法查请这些著作的写作年代，只能用当时流行的分类归纳法，把它们按内容排比在一处。
这样一个传奇故事，说来虽也凄婉动听，但总难免启人疑窦。因为，吕克昂在当时已是古代西方文明世界国际性的学术机构，自亚里士多德后已存续了 250 余年，很难想象在各地的学院里连创建者的一份手稿也无保存，更难想象漫步派的门徒们让其开山祖的典籍受到如此恶劣的对待。不过无论如何，我们现在所见到的亚里士多德著作的形式次序和每篇的标题，都应归功于安德罗尼河，这已是人所公认的了。更令人遗憾的是，安德罗尼河所编定的《全集》后来也失散了，甚至连一份目录也不曾保存下来。至少也可以断言，第欧根尼·拉尔修没能够见到这份目录，若不然我们就会从保存下来的第氏目录中，更多见到我们今日所见的亚里士多德著作的标题。特别是那些主要著作的标题，如《物理学》、《形而上学》等等。实际上，公元后的几个世纪里，罗马帝国战乱频仍、社会腐败，希腊哲学的智慧火花已濒于熄灭。学者们纷纷带着他们的典籍移居较安定的东方，继续自己的事业。于是新兴的基督教就来填补这一精神空位。基督教是一个以信仰为基础的、排他性很强的宗教，它和把求知看作是人的本性的希腊哲学针锋相对。特别在公元 4 世纪基督教被宣布为罗马帝国国教，对世俗的希腊哲学加强限制，终于在公元 529 年查士丁尼下令封闭了全部非基督教的学校，希腊哲学在西方失去了最后的存身之所，亚里士多德的著作几乎不再为人所知。除了在公元 6 世纪初，罗马的一位学者和政治家波埃修（ Boethfus ）把《范畴篇》、《解释篇》等几个短篇译为拉丁语之外，直到 12 世纪初 600 年间，就没有迹象表明，拉丁语世界还接触过其他亚里士多德著作。 12 世纪之后，随着东西文化的交流，西方人士通过阿拉伯哲学家阿维洛依（ Averroes ）重新见到了亚里士多德著作，并从希伯来语转译为拉丁语。大约在 1255 到 1278 年，绝大部分的亚里士多德著作已有拉丁文本。不过，在这一时期由佛兰