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城市的地下迷宫里，军人们在四处搜寻怪物的踪迹。指挥部里，市长、军方高级将领都在费尽心思猜测，怪物下一步将干什么。
激动的尼克冲进了指挥部。怪物血样的化验结果证明了他的推想，大蜥蜴是到纽约的钢筋水泥丛林里产卵来了。尼克的想法受到了恐龙科学家的质疑：既然这是第一头变种生物，那它如何受孕，它是蜥蜴里的圣母玛利亚吗？尼克的回答很简单，这个对人类生存造成巨大威胁的新物种是单性繁殖。根据蜥蜴的习性，它已经或将要在纽约城里某处产下十二枚巨卵，但他的想法却受到了别人的讥嘲。这一切，通过市长身上的窃听器，都在保险公司那伙神秘人物的掌握之中。
就在这时，奥莉偷走的绝密材料在电视台播出了。
满以为自己会一炮走红的奥莉发现，自己的报道被查尔斯——那个无耻的名记者给剽窃了，同时，她还因此失去了刚刚重逢的恋人尼克。知道已经铸成大错的她，身不由己还是赶往指挥部，结果正碰见因泄露机密而被除名的尼克搭乘出租车离开。奥莉向尼克承认错误，并告诉他，这些年，自己远未取得成功，还没有当上记者，只不过是电视台里的勤杂人员罢了。尼克还是伤心地乘上出租车离她远去。
天正下着雨，奥莉眼前一片迷蒙，分不清是眼泪还是雨水。
维克多驾车跟踪尼克的出租车，以记者的职业敏感，他觉得自己可能会发现点什么。直觉很快就印证了。出租车没有去机场，却拐上了一条僻静的马路。
尼克也发现出租车没有走去机场的路，高叫停车。结果门锁落了下来，他想打开车门也不能够了。车一直开到一座仓库前才停下，司机打开前后座的隔离窗，回过头来。尼克认出，他就是保险公司那伙神秘人物的头头。
那人向他出示了法国情报局的证件，并自我介绍说是菲利普侦探。尼克遇上了一个间谍。他被带进了仓库，里面有一支精干的小部队。菲利普要他合作，一起去寻找怪物产卵的巢穴。菲利普还告诉尼克，他的任务就是为法国过去的错误做弥补工作，为了保全国家的形象，他只能偷偷地完成自己的任务。尼克答应合作，并在地图上标出了最可能接近怪物巢穴的地铁站口。
维克多趴在窗户上偷听到这一切，回去叫上懊悔不已的奥莉，带上摄像机一同去地铁站口跟踪菲利普与尼克一行人。
在地铁站里，他很快就发现了法国人与尼克的行踪。而在地面上，失去怪物踪迹的人们，又沿用尼克的老办法，在广场上堆起了鲜鱼。于是，正为即将孵化的卵储备食物的怪物又从地下出动了。这次，强大的火力跟踪追杀，怪物无路可逃，跃入了一个深深的湖泊。水下，有潜艇严阵以待，声纳锁定目标，鱼雷发射。怪物却出乎意料地径直游向潜艇，结果，潜艇用自己的鱼雷结果了自己。另一艘潜艇的两发鱼雷又奔袭而来，怪物巨大的身躯沉沉地翻倒在深深的湖底。
指挥部里一片欢呼，沮丧万分的里梅市长又振作起来。人们都忘记了尼克的警告。
在地下，一条条鱼给尼克与菲利普一行指出了方向。最后，他们从一座摩天大楼的地下室爬进大楼内部。踩着脚下成堆的死鱼，尼克的预言被证实了。但这些卵远远超出尼克所预言的数字，更糟糕的是，一颗颗巨卵已经开始孵化了，而他们没有带上足够摧毁两百枚巨卵的炸药，他们只能眼睁睁地看着巨蜥破壳而出。它们一出壳就有十来英尺长，而且都因为饥饿而特别富于攻击性。尼克一行人被困在了巨蜥阵中间，跟踪而至的记者维克多与奥莉也身陷绝境。巨蜥们纷纷破壳而出，令人恐怖的叫声在麦迪逊广场的圆形大楼中回荡。
在成群怪物的攻击下，菲利普的部下一个个丧身于巨蜥口中，最后，只有他与尼克在大楼里左冲右突。面临绝境的他，意识到必须把这里的消息通知给美国军方指挥部，但他却找不到联系的办法。正无计可施时，维克多与奥莉从上一层楼面跌落到他们面前。
尼克没有想到在这样一个情境下与旧日恋人再次相见，对她的怨气自然烟消云散。
聪明的奥莉想起了一个联系方法。他们来到麦迪逊广场的电脑控制中心，奥莉通过电脑与电视台的转播间取得了联系，但转播间的工作人员不敢按她的吩咐把消息发布出去。维克多灵机一动，把摄像机转向了咆哮着左冲右突的巨蜥群，工作人员这才同意由奥莉进行现场电视报道。
这时，里梅市长以为已经大功告成，要让市民尽快返回家园。作为一位新任市长，他太需要做点事情来证明自己了。原先怀疑尼克的恐龙科学家这时提醒希斯上校应该寻找恐龙的巢穴，军队这才再次行动起来。
奥莉的宿愿终于实现了，却是在几乎没有生还希望的情形之下。她从容地整理好发型，拿着话筒走到了镜头面前。她的形象取代了名记者的图像，出现在纽约城所有开着的电视机上。她从容镇定地把尼克博士请到了电视镜头前，现场采访。秘密终于对所有人公开了。尼克告诉公众，多年来，他都在从事受核污染而产生基因变异的生物编目工作，这所谓的哥斯拉不是日本渔民传说中的海怪，也不是史前恐龙的遗存，而是一个新的物种。目前，一头巨蜥产下的两百多枚卵已经孵化，如果不立即加以消灭，一年下来，它们将繁殖为四万头。要不了多久，它们就会代替人类成为地球新的主宰。尼克警告说，已经孵化出的这些怪物又饥饿又凶残，不能让它们冲出大楼，所以大楼必须摧毁。
结束特别报道时，奥莉镇定自若地强调即使他们没有撤出，大楼也应该毫不犹豫地加以摧毁。看来，奥莉是第一次当记者，也许是最后一次了。电脑上传来消息：战斗机已出动，六分钟内这幢大楼将不复存在。巨蜥们已经把电脑室四面包围，他们无路可逃了。菲利普挥枪一阵猛烈扫射，打碎了一面钢化玻璃墙，四个人顺着绳索滑到楼下。曲折的楼道中，他们眼看要被一群巨蜥追上，尼克急中生智，掀翻了一个个堆满足球网球的货架，巨蜥们纷纷摔倒在地，他们才幸而脱险，终于来到通向大楼出口的大厅里。但是，大厅里黑压压地挤满了准备冲出大楼的巨蜥，封住了他们的逃生之路。
而战斗机正呼啸而来，离开火的时间只剩最后三十秒钟了。
又是菲利普挥枪打下大厅顶上一盏盏吊灯。粉碎在地上的盏盏吊灯使巨蜥受惊，让出一条窄窄的通道。四个人这才逃出了大楼。
导弹从机翼下飞掠而出，这座巨大的圆形大楼在凶猛的爆炸中腾起了烈焰。四个死里逃生的人趴在地上，看着一群巨蜥都被埋葬在了废墟里，这才缓过一口气来。
可是，据悉已被潜艇炸死在湖底的大蜥蜴又出现了。它俯身在废墟上，发出了悲怆而又残忍的嗥叫，大街上立时弥漫开血腥的气息。四个人跳上一辆出租车开始拼命奔逃。绝望的大蜥蜴愤怒追赶，巨大的身躯所到之外，楼倒人亡。有时，他们觉得摆脱了怪物的追击，可它又赫然出现在面前的道路上，这让人相信，怪物是有智慧的。当四个人庆幸面前再没有出现它的身影时，它却设下埋伏，小汽车径直开进了它张开的血盆大口。这时，尼克抓到了一段断头的电缆，闪着火花的电缆刺向怪物的上颚，使它大张巨嘴，出租车才得以飞驰而出。在指挥部的命令下，出租车驰向布鲁克林大桥。大桥上，怪物终于陷入了圈套，整个身子都被大桥上像网一样密集的钢缆罩住了。
怪物愤怒而又绝望地咆哮，整个纽约之夜都在这咆哮声中颤抖。指挥部调遣的战斗机适时赶到，一排导弹击中怪物的半边身子，又一排导弹击中它另一半身子。垂死挣扎的怪物挣脱了钢索，跃上街头，但它已经筋疲力竭，心有不甘地倒在了地上。
尼克走到怪物身边，看着这个曾对人类生存构成毁灭性威胁的庞然大物在越来越微弱的呻吟声里闭上了眼睛。怪兽像非洲鼓一样的心跳声也消失了，世界平静得就像这种声音从未出现过一样。转眼之间，劫后的大街上拥满了欢呼的人群。
尼克被记者包围，但他深情地看着奥莉说，不，我的新闻只提供给一个记者。这回，奥莉扬眉吐气，炒了自己老板的鱿鱼。命运让一对有情人又走到了一起。
欢乐的人群里却没有了菲利普的身影。
维克多为自己摄制到的历史性场景而得意洋洋，不想，摄像机里却没