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于是，在人的选择和自然界的选择之间就画了一条平行线。但是达尔文预见到，他在这方面将遇到两种主要的反对意见：一、差别的大小；二、家养的变种彼此杂交的生育力大的情况和自然界的物种杂交的不育情况。这迫使他花去很大篇幅来研究在物种相互杂交时不育的问题。他在《概要》中证明，不育的情况并非总是物种的特征；不育的情况在种族杂交时也会遇到，相反，在物种杂交时却往往有生育力，而且还存在各种程度的不育情况，换句话说，这里存在着各种过渡阶段。他还预见到理论上的其他难处；象眼睛或耳朵这样复杂而好看的器官怎么能发展呢？啄木鸟的各种适应性是怎样产生的呢？何处能找到从简单到复杂的过渡呢？
看来，达尔文对本能的发展这一问题特别感兴趣。《一八四二年概要》表明，关于这个问题他已经搜集了数量惊人的材料：在自然界中的大量观察以及猎人和畜牧学家实践中的大量实例。不过他在这里有意识地把自己的任务局限于：他不是过多地立意要弄清楚本能的起源（就象他不向自己提出生命的起源问题一样），只是想说明复杂的本能是从简单的本能逐渐发展而来的。他认为，复杂的本能第一能够由成为逐渐遗传下来的习惯形成，第二能够由本能的天生变化所形成，而不受任何习惯的影响。他接着对人工选择和自然选择的比较作了总结。
他在这里说道：“如果承认野生动物有时会发生变异的话，那么当我们看到人们为了不同的目的而得到的成千上万种的生物也在发生变异时，对此又怎能表示怀疑呢？如果承认，这样的变异有成为遗传的趋势，而我们只要想起容貌和神情的相似之处——继承下来的疾病：畸形和形成的无数种族（白菜有一千二百种之多），我们对此又怎能表示怀疑呢？我们假定，选择是不断进行的，而在注意到食物的用量是固定不变的平均数，注意到生殖力却是以几何级数在进行着时，有谁会怀疑呢？我们假定，外部条件是在变化着的，如同所有的生物学家所断言的那样，这些条件过去发生过变化，而且现在继续在发生变化，那么，如果自然界的任何规律都不加以阻碍，有时就可形成不同于亲体的种族………”。达尔文在这里又一次提醒人们注意到最近几年在培育品种方面所取得的成绩，并作出结论，人可以无止境地对品种加以改变。他继续说：“因此，在比人要聪明得多的这一自然界的选择力下，那些最有适应性的种族，根据它们对外界自然以及对周围其它生物的要求会成为另一些物种。”
根据拟定的提纲，下面他应该议论物种起源的各种证据。在《概要》中，他是从讨论地质上的证据开始的；一些人赞成他的学说，另一些人反对他的学说。在《概要》中，他是从谈这样的想法开始的：组成生物的地质学上的序列所根据的那一大纲，换句话说，即在一系列的地质时期里实现一些生物代替另一些生物所根据的那一大纲，与一切生物假如真的起源于共同的祖先才会有的那个大纲是异常相似的。因此，在这里坚持单独的始终如一的创造行动，也就等于坚持每个星球的运行都是事先单独规定好的，而不是应该遵循普遍的万有引力定律。
他后来也谈到一些困难。根据理论，新物种的出现在时间上应当是非常缓慢的。地质上的事实却说是突然的出现。但是产生这种现象的原因只是由于地质年鉴不完全。而绝灭的类型本身（如地质学家布克兰早已指出的那样）不是属于现代的某些纲，而是介乎纲与纲之间的东西，这是与理论完全一致的。
达尔文正是在这个时候孜孜不倦地撰写自己的地质论文，其中大陆的升降问题就具有这种作用。他把自己的考察和有关这些考察过程的想法，同地质年鉴不完全的思想作了比较。而且他在自己的《概要》中说明，这种不完全是由于虽然在海底升高的情况下，大陆空间的增加会加剧物种形成的过程，但是大量的侵蚀（水流、风等对沉积层的冲刷）不能使遗迹保留；而陆地的下沉虽然对保存沉积层有好处，但同时又会使陆地面积缩小和消失，使这些陆地上的生物绝灭。同理论的各种矛盾，例如化石之间没有过渡，突然表现出来的类型的出现和消失，缺乏志留纪前的化石（寒武纪化石尚未发现）等等，达尔文都用地质年鉴不完全作了满意的解释。他在这里采用了赖尔首先使用过的比喻法，赖尔曾把学者们所能得到的地质材料同记录的地球史相比较，但记录很不完全，它是用各种语言记录的，而且我们得到的这部历史仅仅是最后一卷，它只涉及两三个国家，而且其中只剩下零散的几章，每一页只保留几行文字。达尔文根据这一点在《概要》中得出了以下结论：“如果地质学（其目的就是研究历史）向我们提供的只是由撕下来的一叠叠书叶组成的几章中的几页，而每一页又只是用当时一小部分生物插图加以说明的话，那么事实同我的理论是完全一致的。”他接着证明，物种的绝灭不是秘密的过程，而是非常自然的，就象生物死亡一样；在任何一个物种消失以前，它总是越来越少，可以根据第三纪的类型看到这一点。
达尔文接着谈了有关进化的地理证据。他确定了在各动物地理区域的哺乳动物群中差别的程度，说明这些差别不是由于生存的条件，而是由于障碍物产生的。他提出了山顶上的植物群和动物群的起源和它们的变化取决于大陆的升降。他嘲笑地指出，为了说明同一个大区域的动物群的相似，创造论的拥护者不得不采取象创造的“美国人精神”这样的假说。于是，他在这一节里特别提出了自然选择和由于障碍物而隔绝的作用。他在这里简单地分析了岛上的动物群和它们的起源。但是一般说来，这一章在《一八四八年的概要》中很少修改；除了基本的正文外，在手稿的各页上还有草拟的大纲。显然，这一章太简单了，不能使他满意。
达尔文在专门谈分类的这一章中指出，所有的分类学家总是力求达到“自然的”体系。他们并未确定这个自然体系是什么，但很快就感觉到，他们是怎样表明他们所使用过的“种属关系”或“相近性”这些术语的。这里最值得注意的时，从创造活动的观点本当有的那样，不是用体系的标准来选择那种确定组织“目的”和适应生存条件的器官。相反，适应的特征认为是更容易发生变异的，而且不能利用这些特征来形成种属。达尔文认为，使人承认许多类型之间有“种属关系”的那些共同特征，可以用起源的理论来加以更好的说明。接着，他在《概要》中谈了一种类型同用起源理论能很好说明属于比较解剖学和胚胎学事实的那些范畴相似或一致的情况。他举了一个前肢构造的总平面图的经典例子（艾·若夫鲁亚·圣——伊勒尔），指出许多还是歌德提出的关于位变异构体的分化的事实（颅骨的脊椎理论，起源于一部分花的叶子，等等），把这些事实叫作歌德的术语——“形态学”。最后，某些胚胎的事实（高等脊椎动物的胚胎所具有的主动脉弧可以作为这些事实的例子，这些主动脉弧再现了它们在鱼身上的分布图）只能用继承共同的祖先来说明。而后，他又分析了这样一个问题：为什么年轻时期很少发生变异而更接近祖先，这是因为选择往往是在比较晚的时期才进行的。
最后，他举了“发育不全的（退化的）”器官作为自然界这种不合理的特别明显的例子，因为从创造物种的观点无论如何也不能解释这种不合理性。他还多次指出，这些器官很可能在祖先们那里起过作用，很可能由于不使用而衰退了。
达尔文在结尾的一章里首先试图用具体例子表明进化论观点比创造理论优越。他从这方面研究了地理分布的事实，研究了对其�