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决要求辞职。
如果舰长辞职，韦克姆就会得到晋升，可是韦克姆不管这一点，他还是劝说菲茨·罗伊撤回自己的辞职书。他劝说舰长，海军部的指示，本身就是命令他有多少剩余时间就做多少测量美洲西岸的工作，然后再横渡太平洋。韦克姆警告舰长说，即使他菲茨·罗伊担任了指挥，也不会有任何力量能使他重返火地岛。韦克姆问舰长，他的辞职会有什么好处呢？如果在一定时间许可的范围内他能完成测量工作的话，然后再往太平洋去（这是全体军官和船员所希望的），不是更好一些吗？
最后令大家高兴的是，舰长被说服了，并撤回了自己的辞职书。
从达尔文给亲属的信中可以看出，“贝格尔”号上的这次危机使他多么焦急不安。当然一方面他特别怀念故乡、家庭和朋友。旅行，特别是航海旅行愈来愈艰苦，使他疲惫不堪。如果菲茨·罗伊拒绝指挥，“贝格尔”号就要被迫抄近道由大西洋返回。达尔文自然也就应该结束在“贝格尔”号上博物学家的工作，考虑的只是回去的事了。然而他头脑中却有着另外的打算。
对收集来的材料进行研究，特别是对南美洲的地质考察情况已开始形成一定的构思，都向他提出了新的任务；首先就是要对西部各海岸进行地质考察，特别是科迪列拉山脉的地质学问题。仔细观察自然景象的旅行者的最初热情，对迷人的热带风景的兴奋心情，渐渐地为考察家所具有的那种特别平心静气的浓厚兴趣所代替，因为考察家竭力要做的不仅是要尽可能多收集收集物，不仅是要记录他所观察到的现象，而且还要更好地弄懂和解释这些现象。在途中，他在菲茨·罗伊舰长藏书丰富的图书馆里，熟悉了许多南美和环球旅行的情况后，给自己拟定了未来工作、未来旅行路线和参观一些新地区的计划。他已不能使自己的事业半途而废，不能放弃自觉制定的计划，特别是快要完成的计划。要是“贝格尔”号放弃环球航行的想法向英国驶去的话，达尔文就决定走他自己所拟定的航线，独自越过科迪列拉山脉，研究科迪列拉山脉的地质，走旱路横穿南美洲大陆，再返回东岸到布宜诺斯艾利斯去，然后从那里乘船回英国。
可是危机结束了，决定在完成能发现新地方的诱人的环球航行之后再回英国。同时达尔文决定要更加努力在南美洲西岸进行工作，乘“贝格尔”号到一些岛屿上去旅行，广泛利用在大陆上所用的老办法，即雇佣向导、马匹和骡子，走完所拟定的行程。他始终没放弃越过科迪列拉山脉的念头。
“贝格尔”号全体船员又开始进行测量奇洛埃岛的工作。有几个人在谢利万的指挥下，于十一月二十四日乘着舢板和高速艇前去考察该岛的东部。达尔文雇了几匹马，到岛北端的查卡奥，他要在那里与其他人汇合。另一部分船员则留在“贝格尔”号上，他们应该去考察岛的西部，以便与第一队人马在南部汇合。这时“埃德文切尔”纵帆船已卖掉。
达尔文骑马走的路都是用圆木横铺而成的。因为太阳光线穿不进常绿森林的叶丛下面，所以地面松软、泥泞。
查卡奥本是岛上的主要港口，因为在海峡里的急流和危险的岩礁中间船只经常失事，所以人们就把港口移到圣卡尔洛斯。达尔文在查卡奥遇到了第一队人马。在以后的日子里，这队人马就逐渐地往南推进。被河谷切割开来，分离成很多小岛的平坦的地方，完全被一片不能通行的深绿色的森林覆盖起来。有些地方可以经常看见茅屋。在这片大陆上，现出了三座正在喷出一团团浓烟的巨大的活火山。每座火山的高度都有两千米左右。安第斯山脉本身在这里要比在瓦尔帕来索附近的山脉矮得多。沿途所见的居民，就外貌来看，都是有着红铜面孔的典型的纯种印第安人。他们住得很分散，对沿海地带上的树木很少清除或者清除得很差。
十一月三十日，这队人马来到了卡斯特罗，它曾是奇洛埃岛的古都，但是当时已经变成了一个特别荒凉的地方，总共剩下几百个居民。
达尔文特别注意到植物当中的庞克，庞克这一植物的基干有一米多高，长着四五个齿状的圆叶子，直径超过两米，周长在十一米以上。
十二月六日，这队人马到达了南岛圣佩得罗，“贝格尔”号已停泊在那里。当这队人马中的两名军官，在这里用经纬仪进行测量工作时，据说是这个岛上特有的一只狐狸正在聚精会神地注视军官们的工作，因此达尔文偷偷地走到它的背后，用地质锤朝它头上重击一下，把它打死了。就这样，在这个岛上发现了独有的狐狸。
达尔文和菲茨·罗伊虽然努力要爬上岛巅，但是一切努力都白费了：由于森林中到处都堆积有大量倒下的腐朽的树，所以根本无法通过，他们只好时而一个跟一个从腐烂的树干底下爬过去，时而沿着离地二三米高的树干上走。最后只好放弃这一打算。
十二月十日，达尔文搬到要继续向南驶进的“贝格尔”号上。十三日，他到达了乔诺斯群岛，那里开始了可怕的“不亚于火地岛的”风暴。各个岛屿根本不能通行，所有海岸都无法接近。“必须在海岸上沿着尖角的云母页岩爬行，至于说到森林，那么脸、手和膝盖上的伤痕就明显地说明，要想穿过这些密林需要付出怎样的代价”。
后来，“贝格尔”号又调过船头向北驶去。十二月二十日，“贝格尔”号在靠近特烈斯蒙特斯角以北的地方发现了一处海港，海港附近有一座海拔五百米的形似塔糖的正圆锥体山丘，它比里约热内卢那座名叫塔糖山的山丘更加接近于正圆锥体的形状。尽管山坡非常险峻，达尔文在这里还是爬到了山顶。他在《考察日记》中写道：“在这荒凉的地方，能够爬上一座山的山顶，会使人感到某种不寻常的快乐。只要我不安地期待看到某种新东西，而且这种期待经常使我落空，然而每当我有新的打算时，这种期待总还是一定要出现的。任何一个人都知道，当我们从高山上眺望展现在我们面前的宏伟壮观的景色时，我们心头洋溢着一种胜利和骄傲的心情。而在这些处女般的圣洁、人迹罕到的地方，你会联想到你可能是第一个站在这座山顶上欣赏这一景色的人，在你的这一心情中还会添上某种荣誉感”。
但使他感到惊奇的是，他在荒野的海岸上发现了有人在这里住过的痕迹：悬崖凹处有草铺，草铺旁边有熄灭了的篝火残迹，斧子砍的斧痕。当时他就想到，这是遇难水兵所留下的痕迹。确实，过了几天，当“贝格尔”号发现另外一处海港，并在那里停泊的时候，海岸上出现了一个挥动衬衫的人；派去接他的小船带回两名水手。他们是美国捕鲸船上的流亡者，他们的小船被岸边的暗礁撞得粉碎。他们要沿着海岸走过去是非常困难的；他们当中有一个人就摔死了，其余的两个住在这里的芦草舍里，以海豹和软体动物充饥，一直住了十五个月。他们只有两把斧子和几把刀；他们用燧石取火，那里的燃料是不缺的。
十二月三十日，“贝格尔”号停泊在特烈斯蒙特斯半岛最北一端附近的小港里面。翌日，达尔文同几个旅伴一起爬上了海拔七百米的高山，从那里可以清楚地看见由花岗岩组成的科迪列拉山脉的主脉，花岗岩上面覆盖着一层云母页岩，而云母页岩则已形成宛如手指状的雉堞。
一八三五年一月初，达尔文同菲茨·罗伊乘小船围着这个深水的小海湾绕行一周，途中看到无数海豹，海豹盖满平坦的岩石和部分海岸。以食死尸为生的火鸡兀鹰在窥伺着它们。许多急流如瀑布似地从花岗岩的高山上飞泻入海。海燕、海鸥和鸬鹚在水上飞来飞去，在水中游来游去，捕捉鱼类。有一对美丽的黑颈天鹅和几只海獭也在那里游来游去。
“贝格尔”号在乔诺斯群岛的包港停泊一个星期。娇艳秀丽的植物一直生长到海岸边。大陆上隆起四座火山，科尔科瓦多火山匀称和高峰特别引人注目。
乔诺斯群岛上的树木，比奇洛埃岛上的树木更象火地岛上的树木，因为乔诺斯群岛上的山毛榉树很都平常，该岛更南一些的地区的森林都是山毛榉树。特别值得注意的是，苔藓植物，地衣植物和上型蕨类植物的种类繁多，数量很大。西海岸群岛就象火地岛一样，泥炭形成的过程都是急剧的。泥炭主要由龙血树亚科的一种属