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加玛成为第十三独立舰队隆德贝尔，避免遭受泰坦斯的讨伐。
★第十五话 使徒、袭来（共通）
极东支部收到有不明生物往新东京去的消息，隆德贝尔舰队便前去查看。一开始的大段情节基本上与新世纪EVA相同，美里前去接真嗣到Nerv，正遇第三使徒来袭，碇司令先让凌波出击，但是发生排斥反应。此时BF团的阿尔贝特突然出现，并向使徒发出挑战。律子见到居然有人能赤手空拳与使徒战斗，一时无法接受。接着是隆德贝尔舰队出场，如果先前选择“命令があり次第，出击する”的话，虽然会迟些出战，但能提升熟练度。使徒的A。T。FIELD防御限界是4000，所以不难对付，只要让两个超级系的机器人用热血＋大技即可。
★第十六话 咆哮、EVA初号机（共通）
虽然击倒了使徒，但它又马上再生中，再加上碇司令那强硬态度，布拉度决定先行撤退，将此事交由Nerv负责。接着的战斗纯粹是走过场的剧情展示，真嗣被迫乘上EVA初号机与使徒战斗，结果被打至暴走，然后轻而易举地收拾了对方。
★第十七话 GR对GR2（共通）
泰坦斯的法克斯威胁冈长官，要他立刻解散隆德贝尔舰队，被冈长官顶了回去。此时，BF团又在东京湾附近捣乱，大作急忙与大铁人出击，结果撞上了他的父亲所做的GR的拷贝GR2。一开始是大作的孤军奋战，第三回合时又会有敌增援在左下方出现。如果要提升熟练度的话，就不要先击败GR2，而是先收拾增援的格冈。我方增援则在第四回合登场。
★第十八话 红い稻妻、空飞ぶマジンガ－/红色闪电，飞翔的铁甲万能侠（超级系）
随着接连的战斗，甲儿意识到不能飞翔的铁甲万能侠在战斗中太吃亏了，于是和主角暂时离开队伍返回光子力研究所。铁甲万能侠的飞行翼即将制造完成时，阿修罗男爵突袭研究所，于是甲儿出击迎战，主角则因机体调整未能马上出击（如果选择拒绝调整机体的话，能立刻出击，但无法提升熟练度）。结果甲儿被机械兽引离研究所，并遭到飞行怪兽的围攻，危急关头波士以自爆来解围。愤怒的甲儿装载上飞行翼，与主角、以及第5回合来增援的R1、R2一同击退了阿修罗男爵。
战斗结束后，当甲儿哀悼波士时，却发现他安然无恙地活着。主角找到隆圣，向他询问有关英格拉姆的事情（选“イングラムのことを闻く”），获悉对方乃是SRX的教官，以前亦是优秀的驾驶员。
★第十八话 ゼ－タの鼓动/Z的鼓动（真实系）
这次拦在隆德贝尔舰队前面的乃是泰坦斯，战斗之前，花园丽要求加入战斗，但卡缪就坚持反对（在此选不让她出击的话，可提升熟练度）。进入战斗，最初只有母舰与Z高达、超级高达、杰冈，第5回合时味方增援才能出场。因此，如果卡缪的实力够高的话，不妨让他独自杀敌，反之还是乖乖等援军的到来吧！第3回合时，特洛瓦驾驶着重装高达出现在左上方，随后一回合内，隆圣与R1前来增援。
★第十九话 激突！ゲッタ－ロボVSゲッタ－ロボG/激突！盖塔VS盖塔G（超级系）
镜头转移到早乙女研究所，普洛肯男爵偷了盖塔G与龙马他们交手，为了拯救大家，武藏独自一人开着旧盖塔与其同归于尽。牟庆便代替武藏驾驶盖塔G，第二回合时，主角他们就能来增援。但是，当敌人全倒后，普洛肯男爵把BF团从中国大陆蚩尤墓内偷的龙王机、虎王机派出来，主角从中感应到两机体的痛苦思念波，于是上前说得两机体离开。战斗结束后，众人发现武藏并没有死，只是受了重伤。
★第十九话 第二次直上会战（真实系）
这次希罗转学居然转到了真嗣他们的学校，并遇上使徒来袭。如果选“ロンド=ベルに救援を要请しない”，虽然不会马上获得增援，但能提升熟练度，而且希罗也会驾驶WING来帮忙。战斗一开始，首要做的事情就是让EVA初号机接上电源。其实这版中的敌人除了使徒外，其它人是很难打穿初号机的A。T。FIELD的，所以大可放心作战。第4回合开始，味方的铁甲万能侠、盖塔、R…GUN会陆续前来增援。
★第二十话 决战、第2新东京市（共通）
众人再度汇聚新东京市，并上街购物，还遇到了因受不了压力出走的真嗣。平静的时间没过多久，第5使徒来袭，并以远距离攻击打倒了EVA。美里想出了八之岛作战，英格拉姆帮助众人实行这一计划，不过先要在5回合内确保初号机的安全，但偏偏机械兽又在此时来袭。所以，隆德贝尔舰队要抢在5回合内将使徒以外的敌人消灭，方能提升熟练度。
战斗结束后，R…GUN正式加入（不要培养英格拉姆啊！），并出现第一次三分支，隆德贝尔舰队分为三小队，一队由SRX、阿姆罗等人组成去迎接EVA贰号机（“EVA贰号机输送舰队と合流する”分支2A）；一队由兽战机队、EVA为主力留在极东支部（“极东地区に残る”分支2B）；一队由高达为主力前往宇宙（“リガ·シリティア接触し、宇宙へ行く”分支2C）。
★第二十一话 圣战士たち/圣战士们（分支2A）
众人在前往汇合点的途中，突然传来一阵冲击波，接着就发现来到了一个陌生的地方，眼前还出现许多昆虫般的机器人，这便是海与地的狭缝、人类灵魂的归属地拜士渊洞了。最先出现在亚加玛面前的乃是多雷克的母舰威尔维布斯，更令人惊讶的是多雷克的参谋、将机器人提升性能并量产化的薛特，以前乃是英格拉姆的部下！多雷克想说得众人帮助他称霸整个拜士渊洞，结果自然是遭到拒绝啦！接着尼和翔攻击威尔维布斯，并逃向亚加玛，于是一场战斗就此展开。敌人中的托多按惯例是可以说得的，必须让翔先和他打一回合，这样不仅可提升熟练度，也会出现说得选项，当然现在他是无法立即仲间的。
★第二十一话 兽を超え、人を超え、いでよ神の战士/超越野兽、超越人类、成为神的战士（分支2B）
该版的主要战斗力就是兽战机队，先选择前往甲府市（第一个选项）。消灭最初的小兵后，发现此乃夏比罗的陷阱。目睹机长牺牲后，四人的怒值满点终于令超兽机神断空我合体成功。接着，主角和R2前来增援。至于维蕾达（SUPER HERO大作战的女主角）在HP低于50％时便会撤退。
★第二十一话 ホンコン·シティ/香港（分支2C）
众人来到香港，打算在此前往太空。不料泰坦斯前来袭击，为了减少伤亡，母舰会在8回合内离开，所以必须在此限制内大量杀敌。第3回合时，卡缪驾驶Z高达赶到，可让他去说得科。办法是先攻击一次，然后出现说得选项，两次说得后她就会撤退。另外在战斗前选择“发进用カタパルト附近を搜す”，可提升熟练度。
★第二十二话 エレの灵力/艾蕾的灵力（分支2A）
暂时击退多雷克后，尼将此地的情况向众人做了说明，大家便跟他一同去找寻回到原来世界的方法。没走多久就遇到多雷克派来的追兵，这一版的过关条件是只要全员跑到地图的右下方即可，不过我想大家都是执着于全灭的吧！当然若玩者在4、5回合内走完这版的话，熟练度是会增加的。在这关中最需注意的是不能攻击托多（也不能还手），否则日后就无法说得他。
逃脱敌人追击后，众人在湖畔休息并遇到了艾蕾，她感应到英格拉姆心中十分迷茫。
★第二十二话 战いの海へ/往战斗之海（分支2B）
V型电磁侠的基地遭受到敌人的攻击，先由豹马那一队的电磁侠出击，当然先将他们合体比较容易应付敌人。接着被敌人攻击其弱点而导致不能合体，此时V型电磁侠方出场援助。虽然敌人亦有不少援军，但在第4回合时，豹马他们就能正常合体，再加上第5回合主角、断空我及R2的援助，应该能够轻松过版。
★第二十二话 ガンダム、星の海へ/高达，前往星之海（分支2C）
来到宇宙后，主角他们开始适应宇宙战的训练（选择“训练を出る”），谁料在此遇到茜玛的袭击。最初只要死撑就可以，等援军依次出现后再进行反攻。但要注意的是当考的GP…01fb出现后，茜玛是会偷袭他的，为此GP…01fb会被扣去近半的HP，但是反之将她击倒后可获得熟练度的提升。
★第二十三话 ナの国の女王/纳国的女王（分支2A）
与艾蕾告别后，众人正撞�