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当时陷入了困境。布鲁格曼先生病倒了，约翰·布鲁格曼正在服兵役，偏偏员工又忙中添乱，提出了不合理的加薪要求。担子全落到了杰特鲁德的肩上，她得维持着这个从一开始就摇摇欲坠的小企业。从阿西莫夫本人对当时情形的记载来看，杰特鲁德对丈夫的思念显然不像他对她那样深切。但这也是情有可原的，为了维持父亲的公司，她得一天忙到晚。显然，在与阿西莫夫共同生活的早期，杰特鲁德对生活的态度更为务实，更善于吃苦耐劳。她敢于面对现实，并总是努力把事情办好。
在利兵营里呆了几周后，1945年12月初，阿西莫夫首次获许回家度周末。他自然选择了纽约，搭便车先到华盛顿，而后踏上了开往纽约的列车。旅途花了将近一天的时间，直到后半夜，他才抵达纽约。杰特鲁德已从亨利公司抽空出来，夫妇俩在纽约的一个小旅馆里过了一夜。周日，阿西莫夫又不得不早早踏上了归途。他必须在天黑前返回驻地。
回到利兵营后不久，阿西莫夫在图书室里的一大发现扭转了他的军旅生涯。在那儿，他看到了一条关于允许从事研究的化学家退役的命令。在此后的几个月中，他想方设法企图使上司明白，他就是个从事研究的化学家，应该允许他返回哥伦比亚大学。不料，上司们对阿西莫夫企图退役的请求置若罔闻。在上司们眼中，他是个公认的胆小鬼，一个没有勇气面对自己职责的人。他们不能想象，这个智商高得可笑、傲慢无礼的家伙竟然不愿意呆在伟大的美国军队中，简直是军人的耻辱。数月过去了，阿西莫夫在闲余的时间里读遍了图书室里的书。尽管上司的意见明摆在那儿，他却奇怪地确信，自己的愿望最终一定能实现。因此，他改变了态度，决定充分利用自己的时间。他很快就发现图书馆里的打字机可供使用。每分钟90个单词的打字速度使他得到了驻地办公室的青睐。很快，他就被提升为驻地的打字员，并获得了重新开始写作的机会。
即将返家的信念激起了他的创作灵感，阿西莫夫写出了机器人短篇《证据》，后来被收人《我是机器人》专集中。
1946年初春，人伍后的第三个月，阿西莫夫差点干出一件对不起杰特鲁德的事。在一次为军人举办的舞会上，他结识了一位姑娘，并把她带回了住的地方，但事到临头，他又打了退堂鼓，找个借口逃回了军队驻地。他后来才知道，如果第二天搭头班车返回，他将因早点名迟到而被处以擅离职守的罪名，自己真是太走运了。
事后不久，他被调到了另一个驻地，早日还乡的希望被戏剧性地击得粉碎。起初，他并不知道要去哪儿，他胡乱猜想着，欧洲？远东？似乎哪儿都有可能。结果很快就宣布了，去夏威夷。没有比这更糟糕的地方了！
3月3日，他们起程，6日抵达加利福尼亚西海岸的斯通曼兵营。1946年3月6日，他们搭乘“海斯总统号”开赴夏威夷。这是阿西莫夫第一次离开美国本土。抛开他3岁时来美国的那次不算，这也是他初次乘船。他们最初驻扎在瓦胡岛。从后来来看，这是他军旅生涯中最愉快的一段时期。一天到晚，除了寻思为什么把他们派到夏威夷外，士兵们无事可干。阿西莫夫发现当地居民很友好，景色更是美得惊人。他在岛上四处游览，尽情享受。他最大的遗憾莫过于自己是被迫在此服役，而不是与杰特鲁德一起在此度假。
阿西莫夫很快弄清楚了他们来这儿的目的。因为受过专业的科学教育，他也算是“专家”了。他将与其他一些科学家一起被派往比基尼岛，参加一项代号为“跨越行动”的联合计划。该计划的目标是爆炸一枚原子弹并研究其效应。这是轰炸广岛与长崎后的首次原子弹试验。
5月13日，他收到杰特鲁德的一封信，说她这个月未能按期收到每月50美元的军属补贴，经查询，被告知她丈夫即将退役。阿西莫夫马上投入了对此事的调查。他不厌其烦地向一名又一名的军官询问此事，直至找到负责此项计划的指挥官。阿西莫夫给他看了妻子的信，并解释了情况。这名军官并不知晓阿西莫夫为离开军队所采取的种种举措，问他是否真的曾申请过退役。阿西莫夫说是的。军官略微想了一下，上下打量了阿西莫夫几眼，叹了口气说：“‘跨越行动’太重要了，我们不能让随时都有可能退役的人参加。”他从桌上拿起一张退役表格，马上开始填写。由于华盛顿方面的财务差错而使杰特鲁德的补贴被裁，从而使阿西莫夫轻易退伍，这是他绞尽脑汁都没能想到的，他简直不能相信自己的好运气。离军舰开赴比基尼岛仅有数天时，他接到了无条件退役的通知。同伴们尚未抵达试验基地，他就已登上了返回加利福尼亚的飞机。
这是阿西莫夫唯一的一次飞行经历。因为是上级命令，他无法违抗。6月5日，他回到纽约，结束了7个月的军旅生涯。据他的日记记载，他已有101天或2418个小时未见到杰特鲁德了。在纽约一下火车便见到她，是到那时为止他所经历过的最幸福时刻。
由于阿西莫夫随时都可以重返哥伦比亚大学继续他的研究工作，1946年秋，他又回到了那里。但在静下心来搞研究之前，他和杰特鲁德不得不花整个夏天的时间在纽约找了个合适的住处。当时，阿西莫夫对金钱尤为上心，虽然靠写作赚了一小笔钱，也有学校的助学金，但他们还是没有安全感，仍觉得不足。军队给了他一笔钱让他重新开始学业，但钱数是按服役期限定的，他只不过才服役半年多，当然得不到多少钱。
阿西莫夫一生之中都对钱患得患失，甚至在靠写作赚了数百万美元，生活得极为富裕后，他仍一如既往地为钱担心。他的这种忧患意识源于童年时代的艰辛及家人的价值观对他的影响。初到美国时是个穷光蛋，他害怕再过那种苦日子。这种根深蒂固的恐惧始终伴随着他——这是出身贫贱的许多成功人士共有的恐惧。如果他认为价钱还能讲下来，那么，多花一分钱都让他心疼不已。他几乎不允许自己或杰特鲁德稍稍挥霍一下，享受点小奢侈，让日子过得好些。在年轻而又贫困的岁月中，他对物质奢侈品没什么兴趣。
在退役后的6个月中，他与杰特鲁德搬了好几次家。1946年9月底，他返回了哥伦比亚继续从事研究工作。那时，他们住在布鲁克林的迪恩街，地方很小，仅比一间半的屋子稍大一些，房租为每月70美元，在阿西莫夫看来，贵得简直有点离谱。
初回学院时，他工作起来比较吃力。在他离开的日子里，课题研究有了大发展，为尽快赶上，他得看大量的新书与新资料。他喜欢这种挑战并很快赶了上去，再次展示了自己的学得快的天才。多森教授又成了他的导师，两人很快恢复了战前那种愉快而又富有创造性的合作。
此时重返哥伦比亚的阿西莫夫，已不再是11年前那个初入校园时害羞、孤僻的男孩了，那个既自大又内向，呆头呆脑，毫无灵气的少年已消失得无影无踪。重新于1946年9月迈入校门、又很快找回自信的阿西莫夫，已是个26岁的已婚博士研究生，去外地工作过，当过兵，还到过夏威夷。他的成熟使他与多森教授的关系更为融洽，与研究生班同学的关系也要比大学时代好得多。现在，他可以全身心地投入到了学业中，再也不用为了给店里帮忙而乘地铁匆忙往家赶了。
在多森教授指导下，阿西莫夫的博士研究进展顺利。有许多次他遇到了困难，但都在导师的指点下又走出了迷津。多森是个责任心强、乐于助人的教授。他一边从事自己的研究，一边尽心尽力地帮助学生。他发现阿西莫夫是个天才的理论型化学家，但动手能力差，于是尽力帮助他，督促他沿着正确的方向发展。在他的影响下，阿西莫夫克服了种种弱点。
按照博士生课程安排，阿西莫夫还得主持研讨会，偶尔也开办些讲座。多森与其他几位教授参加了他的首次讲座。阿西莫夫虽然紧张但仍表现得很出色。多森当时便意识到，艾萨克有种罕见而又可贵的天才，能将事物解释得清清楚楚，并使听众获得启迪。正是这些早期的讲座，使阿西莫夫真正产生了写小说的同时，尝试非小说类作品创作的念头。
尽管搬家与重新适应学院生活令阿西莫夫忙得不亦乐乎，他并未忘记写他的科幻小说。在写博士论文的同时，他首次开始认真地创作一部长篇小说，这就是