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2、反抗
从莱温霍姆出来的戈登，在码头帮助驻守的反抗军与正规部队展开了交火。在反抗军的帮助下，利用无线电与爱丽克斯通了话，得知伊莱已经被捕，关押在大型监狱——诺瓦矿场（NovaProspect）里。爱丽克斯建议戈登走海滨公路到达诺瓦矿场，爱丽克斯自己利用联合军的火车进入，两人约定在诺瓦矿场里碰面。
戈登驾驶着反抗军提供的侦察车穿过了沙滩，上了17号公路。联合军正规军在路上设置了许多关卡拦截戈登，但都失败了。
戈登最后到达了灯塔站，在这里参与了一场防御战，然后到达了诺瓦矿场外围的反抗军据点，一个弗地冈帮助戈登从蚁狮守卫（AntlionGuard）体内取得了信息素囊，教给了戈登使用信息素囊的方法。戈登利用信息素的保护，关闭了诺瓦矿场外围的蚁狮（Antlion）限制器，使得蚁狮通过地下进入了诺瓦矿场，造成了混乱，联合军则通过空中侦察确认了这次行动为弗里曼所为。联合军增派援军，甚至出动了超级部队（SuperArmy），都未能阻止蚁狮。戈登借着乱子，混入了监狱，与爱丽克斯回合。他们找到了伊莱，还发现了伊莱的“情人”莫斯曼（Mossman）是个叛徒，搜查黑山东区的行动就是莫斯曼为联合军提供的情报。爱丽克斯与戈登打算用联合军的时空传送仪逃脱，结果莫斯曼偷偷地利用传送仪把伊莱和自己传送走了。联合军的大军已经逼近，无奈，爱丽克斯与戈登只好重新开启传送仪，逃到了克莱纳的实验室。
等他们到了克莱纳那里，已经过去了一周，虽然他们自己感觉不出来。
在这一周里，反抗军为救出已经转移至城堡的伊莱，发动了起义，17号城已经陷入了战火之中，反抗军在竭力向城堡扑去。爱丽克斯与戈登也加入了战斗的行列。在巷战中，爱丽克斯不幸被捕。
戈登首先穿过了数个街区，与巴尼会合，然后帮助巴尼，关掉了联合军的装甲核心大楼的抑制设备，让更多的反抗军通过前往城堡的街区，最后，戈登在机器人阿狗（Dog）的帮助下，进入了城堡。
3、布林之死
戈登进入城堡不久，就被联合军发现，联合军的武器没收系统没收了戈登的所有武器，但重力枪却被改造成了威力更加强大的武器。戈登使用新的重力枪，横冲直撞，最后到达了一个吊舱中继站。弗里曼明白，在这个偌大的城堡里，想要徒步找到布林真是难上加难，如果想在布林处决伊莱和爱丽克斯之前解决布林，那就只有把自己变成囚犯，让布林主动把他带到自己的办公室，然后再想办法。尽管这样做很危险，而且变数很多，但目前只有这一种方法。于是他毅然选择进入吊舱，被联合军发现并带到了布林的办公室。
在这里，戈登见到了布林、莫斯曼以及被关在吊舱中的伊莱与爱丽克斯，布林要将爱丽克斯与伊莱通过传送门送到联合军的世界，就在这时，莫斯曼由于对伊莱的感情而背叛了布林，布林一慌，不小心用重力枪打下了关着戈登等人的吊舱，但他没想到重力枪竟有那么大的能量，竟破坏了吊舱，无可奈何他只能丢下重力枪逃跑了，他打算用传送门逃到联合军那边。
爱丽克斯与戈登去追布林，戈登用重力枪摧毁了城堡顶端的的暗能反应堆，城堡顶部发生了爆炸，布林的传送平台失去牵引力，从城堡顶部掉下去摔死了。就在大爆炸的瞬间，时间定格了，Gman再次出现，对戈登做了简短评价后消失了。
（七）EP1&；EP2
1、摧毁城堡（EP1）
在EP1的开头，城堡爆炸的时候，Gman正打算把戈登再次“冷冻”以便他以后使用时，弗地冈人意外的闯入了他们之间的空间，并“说服”戈登背离了Gman，然后，在定格的时间中，救出了大爆炸中的爱丽克斯与戈登。（由于开发公司在开发HL2时，并没有打算开发劫后余生也就是EP1，所以剧情衔接在这里有个小小的误差）当戈登苏醒时，他被阿狗从废墟中挖了出来，并获得了重力枪，与爱丽克斯再次相聚（爱丽克斯与戈登还来了个美好的拥抱~‘#=））〃/>；）〃/>；）〃/>；）〃/>；）。
在HL2与EP1之间，城堡的顶端已经发生了爆炸，整个城堡从上半部被拦腰炸断，伊莱与莫斯曼利用布林博士的救生舱逃离了城堡，随后莫斯曼搭乘直升机去了北极圈（此行目的游戏未揭晓），伊莱与克莱纳则逃到了远在C17外的白森林（WhiteForest）的马格奴森（Magnusson）的研究基地。他们发现城堡在不久之后，还会发生更加猛烈的爆炸，这将是一次核爆炸，整个C17市区都将在这次爆炸中摧毁，更棘手的问题则是，联合军在城堡底段的能源装置——核心正在向爆炸提供能量，以便加速爆炸的发生，同时，联合军开始拷贝大量数据，准备在城堡爆炸时将其传送给联合军的高层世界，并将城堡中的联合军探员（bineAdvisor）发射出去。克莱纳因此开始向C17市民发布通告，通知市民迅速撤离。不过，由于城堡的受损，联合军的生殖抑制力场及某些未知的其他抑制力场和联合军的传送门技术以及依赖这种技术的通讯设备均被消除及基本破坏。这就意味着，在近二十年的暴政之后，人类终于有机会繁殖自己，以更强大的力量反抗联合军！
爱丽克斯与戈登与克莱纳等人取得了联系，获得了相关信息后，再次潜入了城堡，关闭了核心，以便取得更多时间来疏散市民。并将联合军准备传送的数据全都拷贝了出来，这导致联合军派出大量部队追捕爱丽克斯与戈登。
爱丽克斯与戈登本想利用城堡中的地下火车，直接逃出城市，不用像其他平民那样徒步逃离。但中途铁轨遭到破坏，火车报废，也就是说，两人不仅要徒步逃离，还要从不知多深的地下先返回地面（偷鸡不成蚀把米‘＋_－）。于是，两人逃入了C17的地下停车场，这里已经被僵尸所控制，而且，由于戈登在HL2时期的破坏，联合军在C17周围的防线已经崩溃，大量蚁狮进入了C17以及C17的地下停车场，为爱丽克斯与戈登的逃跑增添了困难。
不过，他们两个还是逃出了停车场，到达了地面，并与巴尼等人回合。他们希望能够将更多的市民疏散出去。联合军则在医院、火车站周围的街区部署了大量军队，阻止反抗军的计划。联合军中残余的国民护卫队成员也加入了阻截弗里曼的行动。
联合军的计划失败了，爱丽克斯与戈登不仅自己逃出了C17，而且还帮助其他许多反抗军成员与市民逃出了C17，巴尼也逃走了。不过，C17内还是有许多不听信克莱纳的人留了下来。
正当爱丽克斯与戈登乘火车逃出C17时，城堡爆炸了。城堡上空形成了一个巨大的传送门，数据都被传送了出去，联合军探员也利用飞船朝着四面八方发射了出去。
2、阻止入侵（EP2）
城堡爆炸后，C17被完全摧毁，可以说地球上的联合军已经孤立无援，然而，城堡爆炸前发射出去的数据致使地球上的联合军与联合军高层世界取得了联系，城堡废墟上再次形成了一个巨大的超级传送门的雏形，传送门一旦形成，联合军便可再发动一次入侵战争。
爱丽克斯与戈登所乘坐的火车在爆炸中翻车，不过两个人都活了下来。他们俩利用废弃的电台同白森林方面取得联系，然后决定去白森林把拷贝出来的数据交给克莱纳等人，然后利用数据关闭联合军的传送门。联合军方面则一刻也没有放弃搜索他们，联合军在C17周边的剩余部队已经开始集结，准备夺回他们的数据。
在去白森林的路上，爱丽克斯被一只联合军的捕食者（Hunter）击伤，并被弗地冈救起，送到了在地下坑洞的反抗军据点。戈登与一名弗地冈潜入了蚁狮洞的深处，得到了蚁狮卵的萃取物，然后救了爱丽克斯一命。这时，Gman再次闯入了弗里曼的世界，以命令的口吻逼迫戈登要把爱丽克斯安全的护送到白森林，然后让爱丽克斯向伊莱传话：“准备接受出乎意料的结果”。
爱丽克斯醒来后，与戈登、一名弗地冈一起在旧的化工厂里，找到了一辆车，随后爱丽克斯与戈登便利用这辆车踏上了前往白森林的路。
路上，他们破坏了一只联合军探员卵的维生系统，联合军探员逃跑了，不过却引来了联合军的重兵，他们击溃了联合军的围堵，来到了一个反抗军据点，反抗军的战友们帮助他们维修了刚刚在交战中破损的车。
之后，爱丽克斯与戈登