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初，荷兰侵略者投降后退出，郑成功与子郑经在台湾和澎湖设置了三个安抚司和下属的府、州，建立了继续忠于明朝的地方政权，直到1683年（清康熙二十二年）。
3 击败噶尔丹，蒙古归一统
在公元17世纪初，漠北的喀尔喀蒙古（大致分布在今蒙古国境内）分为三部：土谢图汗、车臣汗和札萨克图汗。康熙二十七年（公元1688年）三部发生内乱，准噶尔王噶尔丹乘机入侵。三部联合抵抗，但领土仍被噶尔丹侵占，只得南迁漠南（今内蒙古），投入清朝求援。康熙二十九年噶尔丹进扰漠南，康熙帝下令亲征，开始了对噶尔丹的全面反击。清朝对噶尔丹的反击不仅是为了保卫漠南，收复漠北，而且关系到自己的生存。因为当时准噶尔的势力已经非常强大，成为清朝最大的威胁。
准噶尔是瓦剌的一部。瓦剌到清朝被称为卫拉特，亦作额鲁特、厄鲁特，在17世纪初分为杜尔伯特、准噶尔、土尔扈特、和硕特四部，先后并吞了亦力把里、吉利吉思、哈萨克、叶尔羌、土鲁番诸部。其中和硕特部的固始汗一支，自今新疆乌鲁木齐一带迁至今青海和套西（河套以西，今内蒙古蹬口以西地），于1642年（明崇祯十五年）率军进入西藏，灭了藏巴汗，与五世达赖喇嘛共治西藏。准噶尔部兴起后，强占了和硕特部原有的自今伊犁至乌鲁木齐的牧地，迫使土尔扈特部从塔尔巴哈台附近的雅尔（今哈萨克斯坦塔尔巴哈山以南、阿拉湖以北一带）西迁到额济勒河（今伏尔加河）下游，胁迫杜尔伯特部（原在额尔齐斯河上游）中的辉特部迁往塔尔巴哈台。到17世纪70年代以后，准噶尔部实际上控制了其他三部（土尔扈特部西迁后为辉特部），占有的地域包括今新疆、西藏、青海、四川西部、甘肃西部、内蒙古西部和北部以及境外西起巴尔喀什湖、帕米尔高原，东至蒙古高原的广大范围。
康熙二十九年（公元1690年），清军在乌兰布通（今内蒙古赤峰市西北）大败噶尔丹。次年，康熙帝到多伦抚慰喀尔喀各部，并正式任命各部首领，编审成旗，建立了与内蒙古一致的行政区划。康熙三十五年，康熙帝再次亲征，大破噶尔丹军，收复了蒙古高原，喀尔喀三部回到漠北。至此，内外蒙古完全统一于清朝。
当时，噶尔丹之侄策妄阿拉布坦占有阿尔泰山以西各地，受到噶尔丹压迫的和硕特部青海各部乘机脱离噶尔丹。康熙三十六年，清军继续深入，噶尔丹自杀。康熙三十七年，和硕特部固始汗第十子达什巴图尔降清，青海和套西归入清朝版图。
4 对西藏主权的确立
在清朝统一蒙古以前，蒙古和西藏的关系已经相当密切了，这是由于从公元16世纪后期开始喇嘛教已流行于今青海地区，所以在蒙古的阿勒坦汗（公元1507—1582年）占领青海以后，喇嘛教就传到蒙古人中间。阿勒坦汗迎来宗喀巴的三传弟子索南嘉措（锁南坚错），尊为达赖喇嘛（三世），又将他迎至归化传教。从此，喇嘛教格鲁派（黄教）就在东西蒙古广泛传播。三世达赖死后，阿勒坦汗的曾孙被认定为转世灵童，立为四世达赖。以后四世达赖派了一位大喇嘛去蒙古主持教务，成为蒙古活佛。1642年（明崇祯十五年，清崇德七年），蒙古和硕特部首领固始汗率军进入西藏，配合五世达赖灭藏巴汗，驱逐了后藏的红教。1645年（清顺治二年），固始汗尊黄教领袖罗桑却吉坚赞为四世班禅（前三世出于追认），驻后藏扎什伦布寺。至此在宗教上，黄教统一了蒙古和西藏；在政治上，蒙古统一了青藏地区。
由于漠南蒙古早已归属清朝，西藏与清朝的联系也开始于清朝入关之前。固始汗入藏后，就与达赖、班禅共同遣使朝清。顺治四年（公元1647年），清朝派官员到达西藏，册封班禅为金刚上师。顺治九年，达赖到北京朝见清世祖，次年受清朝册封为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”。康熙四十八年（公元1709年），清朝派侍郎赫寿入藏协助拉藏汗管理地方事务。康熙五十二年（公元1713年），五世班禅被封为“班禅额尔德尼”。西藏政教合一的统治体制得到了清朝的正式承认，清朝在西藏的统治也得到确立。
噶尔丹死后，清朝让策妄阿喇布坦领其余众，停止了军事行动。策妄阿喇布坦乘机扩张，据有杜尔伯特、和硕特和辉特部等各部的统治权，自立为准噶尔汗。康熙五十六年（公元1717年），准噶尔的策零敦多布率6000军队从伊犁经阿里偷袭拉萨，杀拉藏汗，囚禁了拉藏汗所立的达赖。康熙五十七年，清军自青海入藏，但在那曲遭准噶尔军围攻，全军覆没。康熙五十九年，清军从青海和四川分两路入藏，原拉藏汗政权的官员也起兵响应，同年八月消灭了准噶尔军，西藏平定。
雍正六年（公元1728年），清朝在西藏设置了驻藏办事大臣衙门，统率驻藏官兵，督导地方行政。乾隆十六年（公元1751年），设立西藏地方政府——噶厦，规定凡重大行政事务及藏官的任免、藏军的调动等均应由噶厦请示达赖和驻藏大臣办理。在乾隆五十七年击退入侵西藏的廓尔喀军后，又在次年制定了《藏内善后章程》，确定了驻藏大臣的地位及其全面督导藏内事务和统一处理涉外事宜的职权，规定达赖、班禅及各地格鲁派大活佛转世时用金瓶掣签（将最后的候选人名字放在一个金瓶中抽签决定）的办法，并必须受大臣监督，自噶伦（噶厦的最高长官）以下的僧俗官员必须由大臣任免。《藏内善后章程》对西藏的官制、军制、司法、财政、边防、差役及对外事宜等都作了明确的规定。
5 天山南北路归入版图，极盛疆域最终形成
雍正五年（公元1727年），策妄阿喇布坦死，子噶尔丹策零继位，又不断侵扰哈密、喀尔喀蒙古等地。清军虽多次取得胜利，但一直没有能彻底平定。乾隆十年（公元1745年）噶尔丹策零死后，准噶尔发生内乱，势力逐渐衰落。乾隆十八年，准噶尔的阿睦尔撒纳袭杀剌麻达尔札，推达瓦齐为汗，车凌乌巴什率部降清。乾隆十九年，乾隆帝决定趁机出兵，以结束数十年未了的战争。阿睦尔撒纳又与达瓦齐相攻，失败后率部降清。次年，清军分两路进兵，不久就进占伊犁，准噶尔部基本平定。但阿睦尔撒纳又发动叛乱，而清军因天寒撤退，阿睦尔撒纳重新控制了准噶尔。乾隆二十二年，清军再次进入伊犁，天山北路从此纳入清朝疆域。阿睦尔撒纳逃往俄国，不久病死。
原来在准噶尔统治下的回（维吾尔）部首领大小和卓木企图割据，清朝出兵，在乾隆二十四年攻入喀什噶尔（今新疆喀什市）和叶尔羌（今新疆莎车县），大小和卓木逃往巴达克山部被杀。天山南路也告平定，清朝统一中国的大业至此完成。
在这以前的康熙二十八年（公元1689年），清朝与俄国订立了《中俄尼布楚条约》，确定了中俄东段的边界是外兴安岭和额尔古纳河。因为当时清朝还没有平定外蒙古，所以中段的界线无法划定。雍正五年（公元1727年），清朝与俄国签订《中俄布连斯奇界约》和《恰克图条约》，规定了东起额尔古纳河及其支流开拉哩河（今海拉尔河）相交处的阿巴该图，经恰克图（今俄罗斯境内的恰克图及蒙古境内的阿尔丹布拉克），西至沙必乃达巴汉（一作沙宾达巴哈，今俄罗斯西萨彦岭）的边界走向。
从秦始皇灭六国，开疆拓土，建立秦帝国开始，经过了近2000年，中国终于形成了一个北起萨彦岭、额尔古纳河、外兴安岭，南至南海诸岛，西起巴尔喀什湖、帕米尔高原，东至库页岛，拥有1000多万平方公里国土的空前统一的国家。
清朝全盛时的疆域分为25个一级政区和内蒙古盟旗：内地十八省，下辖府、州、县、厅，西南几省还保留一些土司土官；盛京、吉林、黑龙江、伊犁、乌里雅苏台（外蒙古）五个将军辖区，或以驻防机构兼理民政，或同时设有民政机构，或保留一些类似土司的当地世袭首领；内蒙古六盟、西套蒙古和察哈尔，下设盟旗，与外蒙古相同，但由中央的理藩院直辖；西宁办事大臣，下辖厄鲁特二十九旗和玉树等四十族土司，前者用蒙古盟旗制，后者用西南土司制；西藏办事大臣，统辖卫、藏