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但在弗朗西斯的年轻岁月里，他对此种危险并不知晓。12岁时，他被认为可以上大学学习了。这么小的年龄就被准许入学，是非常罕见的。
1573年3月的一个早晨，伊丽莎白女王突然造访古汗堡的培根家。几个星期后，弗朗西斯就打点行李，进了剑桥大学。他没有去尼古拉爵士读过的基督圣体学院，而是去了亨利六世捐赠的剑桥大学三一学院。亨利六世是弗朗西斯的外祖父。剑桥还是伊丽莎白受人尊敬的家庭教师罗杰·阿什凯姆先生读过的大学。当时，哥哥安东尼跟他一起上大学，非常可能的是，弗朗西斯上大学，女王起了重要作用。
三一学院院长亲自出门迎接两个孩子的到来，以表热忱的欢迎。有个叫约翰·惠特吉夫特的人，他是女王的宠臣，是个新教教徒。培根家的这两个孩子就直接归这位先生监管。他把两个孩子安排到自己房间的隔壁。这种特殊待遇，没有逃过其他学生的眼睛，称他们是“老师的小
宠物”。他们可能说得很对。几年后，这位惠特吉夫特先生就被女王擢升到全国最高宗教领袖的位置，成了坎特伯雷大主教。
尽管受到了特殊待遇，弗朗西斯却很不喜欢剑桥大学的生活。同学们都倾向于一种“混乱不堪的生活”，酗酒，做很过分的事，却不热衷于获取智慧。甚至大学周围的环境，也让这位来自美丽而井然有序的古汗堡的学生失望至极。但他们很快适应了这种环境。他们与同学交往，也没出现什么问题，只是他们的身份有些特殊罢了。培根哥儿俩据说还很受同学们的欢迎，说他们俩很风趣，并能随机应变，拿出有趣的想法与建议。他们对于所学课程，都表现出非常认真的态度，弗朗西斯表现得尤其突出。他们对新学科表现出渴望，这些新学科都是那个世纪的后半叶才渐渐为人所知的。弗朗西斯感到，对这些问题的探究自己是责无旁贷的。此时，他已经决定要“倾其全部所学，投身于家乡的建设”，他要利用所学，为“整个世界的变革”铺平道路。《穿透时间的人》的作者洛伦·埃斯利相信，虽然培根年纪很小，但他已经将一个充满希望的未来设想好了。
这些野心与梦想是不是真的在培根年纪很小时就已经形成，我们不得而知，但他很快发现，鼓励他进行自由研究、自由判断的那些人，最终都被隔离了。在英国的大学里，几乎没有思想者的空间。后来他写道：“在当时的大学里，几乎没有人愿意自由地思考。”
实验科学开始在这个世界上露出端倪。培根与大海那边意大利的伽利略，都是这一科学的预言家。此时哥白尼已经发现了天体运行轨迹，牛顿也将很快研究那个著名的
苹果引发的经典力学定律，并证明亚里士多德的理论只不过是理论而已。教会的大人们如果再争论天使是不是能倒立在针尖上，就会受到讥笑。亚里士多德曾说过冰比水重，说过狮子崽出生时是死的（其实是在睡觉），过几天才能活过来，说过大的物体比小物体下落时的速度快。而此时的人们已经不再迷信他说的那些话了。观察与实验是弗朗西斯所追求的一切。如果实验没有任何结果，那么，他是不能相信其可靠性的。基于逻辑所进行的各种争论，那已经是古人玩的把戏了。只有“观察并看到”，才会对未来有用。他一定要成为推动这个车轮朝前走的关键人物。
当然，他是对的。现代科学正是这样发展起来的。“智慧之人都已经被关进大学问家的地窖里去了——所谓大学问家就是那位学术独裁者亚里士多德——就像很多人被关进修道院和大学的地窖里一样。”培根这样写道。剑桥大学太令他失望了。于是，他和哥哥安东尼提出申请，希望允许他们回到古汗堡的家里，不再继续读下去。另外，几次瘟疫大流行，也使得剑桥大学关门停学好几次。在那几次瘟疫中，光伦敦一个地方，就有几千人死去。安妮夫人感到非常高兴，因为可以把两个孩子接回家中，在自己眼皮底下照顾了。1575年圣诞节前夕，剑桥大学三一学院里关于培根家两个孩子的记录停止了。这样，他们的正式求学生涯也就到了尾声。
这时，培根的秘密日记，如盖洛普和欧文所解密的那样，开始登场了。
这两个“金童”回家后的生活看起来很滋润，他们盼望与家人一起在古汗堡过个快乐的圣诞节。安妮夫人坚持要砍伐一棵最大的木头，在圣诞节时好好烧上一把，祈求来年万事顺心。她还坚持亲自准备节日宴会，来庆贺全家的团圆。弗朗西斯和安东尼一定乐坏了，也一定感到自己长大成人了，头脑中充满了智慧。
传记作家们一直对弗朗西斯的
幽默感津津乐道，总说他有一种魅力超群的“嘲讽的智慧”。本·琼森后来评价道，培根简直是“不嘲讽就说不了话”。他总是嘴上不留情，讥讽的话随口而出。哥哥安东尼也被认为很有幽默感。而正是弗朗西斯超人的幽默感和深刻的精神世界，才使他没有在后来的艰难岁月中垮掉。苦难的影子已经在不远处出现了。
古汗堡的那个圣诞节，标志着弗朗西斯无忧无虑的日子的结束。转过年，过了15岁生日，他遇到了一件令人惊异的事情。这件事完全改变了他的人生，使他飞快地成熟起来。坚决信任他的安东尼，一直站在他的身边，与他一起卷入巨大而难以预测的旋涡中。这场大旋涡不仅改写了他们的人生轨迹，也将对整个西方历史进程产生影响。
撼动小培根人生信念的令人不安的事件，就记录在欧文所发现的密码故事中。最初是从女王身边的那些侍女开始的，她们在百无聊赖之际，要寻找一点刺激来打发时日。弗朗西斯有残疾的小表弟罗伯特·塞西尔被选中当了“牺牲品”。斯凯尔斯爵士的女儿，这个最轻佻的女人，开始在女王的怂恿下，请他跳舞并戏弄他，随后看着他的窘态，哈哈大笑。罗伯特感到非常丢脸，心中燃起怒火。他向女王告了一状，可女王只是笑笑，还进一步奚落他。
对于罗伯特而言，这太过分了。他很快想出一个报复的计策。弗朗西斯也很同情他，尽管对他那种狡猾而又诡诈的方式没有什么好感。弗朗西斯站在一旁，观看这出小戏在眼前一点点地展开。突然，他被圈入冲突的旋涡之中。罗伯特对女王说，刚才和他一起跳舞的女人羞辱了女王的名声。敏感的女王马上问他究竟听到了什么？他说：
“女王啊，这个天真纯洁的小女人，
告诉我说，您就是个彻头彻尾的婊子，
给尊贵的莱斯特生了孩子。”
几乎所有撰写伊丽莎白女王的传记作家，都不得不对她那恶劣的不能控制的脾气说上几句。有位叫博安的人，他是专门为女王写颂歌的，可以称为御用作家吧，他曾写过：“女王非常容易震怒，当她发火时，从她的声音、脸色和手上，都能看得出来。有时，她对家里的佣人大吼大叫，站在老远的人都能听到。据说，为一个非常小的过错，她都会动手打佣人。”
传记作家卡罗利·埃里克森说：“她骂人时声音太大，而且充满着激动情绪，自吹自擂时又过于张牙舞爪，这与她的名贵服饰和充满诱人气息的饰物，形成非常奇怪的对比。她的头上戴着花儿，怒骂却挂在嘴上。她总是飞也似的穿梭于各个房间，看到侍女不遂心意，就连戳带搡地打人，还命令别人恭维说她如何如何漂亮……每次惊天动地的哈哈大笑，每句尖酸刻薄的话语，狂躁不安又坚硬的身躯的每次扭动，都严重损伤了作为女人美丽的形象，在别人眼睛里，女王更被看低了。”
另一位现代传记作家杰肯斯写道：“伊丽莎白易怒，人人知晓：有时候为了一个耳针，她也会大动干戈……女王有一次把一个侍女的手指掰断了，却说是一个倒了的烛台所致。”
听到这些乱发脾气的故事，我们更能想像欧文密码中的真实故事，那是目击者所看到的斯凯尔斯女士被罗伯特·塞西尔故意陷害而受诅咒的第一手资料啊。愤怒的女王手持利刃刺中了倒在地上的小女人。这时，弗朗西斯来到女王面前，双腿跪下，请求允许将小女人从房间里抬走。正在恼怒中的女王突然把所有的怨恨一骨脑都发泄在弗朗西斯的身上。
在《双密码》故事中，这件事被鲜活地描述出来：“她看着我，因为我的不合时宜的干预，脸部表情，变得更加恶毒。她气愤地说道：‘你是我亲生的儿子，可你虽然出自皇家，浑身流淌着皇室的血统，有着傲人的灵魂，却