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这本小册子计有序文四篇，正文及附录十篇。第一篇题目本是‘佛法之科学的说明’。后有人说这个题目不妥。讨论结果改为‘佛法与科学’。至于这本小册子的本身，起初是把这一篇作主，第二至第七篇一概作为附录。所以蔡胡二先生序里有‘佛法与科学一书’，‘佛法与科学和几篇附录’等词句。然而‘佛法之科学的说明’原稿曾被海潮音杂志刊登。后来又被李圆净居士和佛学书局两次与其他文字合印小册流通很久，封面也都用‘佛法与科学’标题。现在因为要免得使人误认这本小册子，就是前两次所出版的，所以决定在书名后面加‘之比较研究’五字。并且除了附载别人的文字之外，一律把附录字样去掉。又因为前年和吕碧城居士往来三函性质相同，所以也加在后面。
王季同 廿一、二、十四
佛法与科学之比较研究
佛法与科学
近年著者屡作文字，赞佛法而讥科学；为执科学以疑佛法，与掇拾科学以附会佛法者说法。然佛法理事无碍，第一义谛不离世谛，况瑜伽师地论云：‘菩萨求正法时。。。。。。当求一切菩萨藏法，声闻藏法，一切外论，一切世间工业处论。‘一切外论者，谓：（一）因论，即今之逻辑（Logic）；（二）声论，即今之语言学，文学；（三）医方论，即今之医学，药物学。一切世间工业处论者，即今之种种纯正科学，应用科学等。然则科学固未始非学佛之方便也。故作此篇以为科学家起信之一助。
佛法要旨在破一般人之我法二执。我执者，一般人所认为主观的我。法执者，一般人所认为客观的宇宙，及支配此宇宙之种种客观的自然定律也。佛破二执，文如烟海；玆略述其与现今时代人类机缘相当者：——
一般人所认为我者，或即是身体，或即是感觉，感情，知觉，意志；或非身体，非感觉等。若谓我即是身体，或感觉，感情等。身体与感觉等皆有种种区别，试问何者是我？若眼是我，则耳，鼻等即应非我。若耳是我，则眼，鼻等又应非我。若痛苦是我，则快乐等即应非我。若快乐是我，则痛苦等又应非我。。。。。。。若云眼，耳，鼻等皆是我，则应有许多我。谓痛苦，快乐等皆是我，亦然。故言身体与感觉等是我，实不合理。若云，我非身体，非感觉等；则我与身体，感觉等不相干。应无作为及享用等。故亦不然。是为佛破我执之一斑。按基督等宗教所言灵魂，即非身体非感觉等之我。尝见基督教徒证明人有灵魂，大旨谓‘躯壳为物质所构成，故必需别有灵魂为其主宰，如机器之需司机人。’然自生理的心理学及比较心理学逐渐进步，发现一部分之心理作用皆可以生理变化说明之，且有身体上之多种动作，纯属于无意识的生理反应。故经验派之哲学家基于此类证据，创立唯物论：谓各种感官如电传形像之感光电池（Photo cell），电话机之送话器（Transmitter）等，神经中枢如自动电话之交换机，司运动神经端之鞘如电磁石，一切心理作甩，完全为极复杂之生理反应。各种动物无非自动机械（Automatic machines）之类；即由神经系统为之主宰，不必别有灵魂也。此唯物论自其执物质（说明详后）一端言之，与佛法背驰；然就其破灵魂一端而言，实与佛法吻合。试再引因明论（即逻辑）破神我一节，更可见其推论方法之若合符节也：——
因明论云，‘法差别相违因者，如说，眼等必为他用，积聚性故，如卧具等。此因如能成立眼等必为他用，如是亦能成立所立法差别相违积聚他用；诸卧具等为积聚他所受用故。’
此节指示三段论法（Syllogism）大名词（Major term）含意两歧之错误；所引‘眼等必为他用积聚性故如卧具等’为数论外道所立错误之三段论；与基督徒证有灵魂之推论同。‘此因如能成立眼等必为他用如是亦能成立所立法差别相违积聚他用诸卧具等为积聚他所受用故’为商羯罗主菩萨指出其错误之语；亦与经验派哲学证明不必别有灵魂之方法同。不过古今名词互异而已。玆列古今名词语句对照表于下；阅之可知。
法。
大名词（Major term）。
因。
大前题（注一）（Major premise）。
法差别相违因。
大名词含意两歧之大前题。
眼等。
躯壳。
他（暗指非积聚性之神我）。
灵魂（非物质的）。
积聚性。
物质的。
卧具等。
机器。
眼等必为他用。
躯壳必需别有灵魂为其主宰。
积聚性故。
为物质所构成故。
如卧具等。
如机器之需司机人。
成立。
证明。
此因如能成立眼等必为他用。
如以此大前提证明躯壳必为他物所主宰。
如是亦能成立所立法差别相违积聚他用。
乃证明为含意不同之大名词‘物质所构成的他物’（即神经系统）所主宰。
诸卧具等为积聚他所受用故。
因机器乃由物质所构成的司机人之‘躯壳’所主宰也。
细阅上列对照表，可见数论外道之推论与今之基督教徒一般无二；而商羯罗主菩萨之驳论亦与今经验派哲学之驳基督教灵魂一般无二。
一般人之信宇宙之客观的存在，其意无非谓宇宙为生我感觉之实物。然宇宙如何能生我感觉？且是实物乎？若云质子（Proton），电子（Electron），光子（Photon）是实物，且生我感觉；然我感觉上并无质子，电子，光子之形像；故质子，电子，光子纵是实物，决不生我感觉。若云方，圆，大，小，明，暗等生我感觉，且是实物；然方，圆，，大，小，明，暗等并非物质；故方，圆，大，小，明，暗等纵能生我感觉，决不是实物。故认宇宙为客观存在亦不合理。是为佛破法执之一斑。按根据自然科学亦可得相同之结论。例如面前有一山，照一般人之见解，此山乃我亲目所睹故其存在决无问题。但以光学及生理学说明之，则我之见此山，乃由日球表面原子分子剧烈震荡，击动以太，（或云击动磁力场与静电力场）传达地面。地面物体受之，因其自然频率（Natural frequency）之异，吸收其某部分而反射其余，遂分色彩及明暗。我之见山乃自山反射之波动向各方面进行，遇我目中凸镜（Lens），屈折而聚于网膜上（Focussing on retina）为倒影，其色彩，明暗，形状均与面前之山无异。此倒影使网膜上之紫色素起化学变化，刺激视神经端之圆锥体。视神经传此刺激力于神经中枢，始有见山之感觉。故无论此感觉为非物质的精神作用（如基督徒所信），抑仅为质子电子光子之一种组合（如经验派哲学所想像）；要之，我之见山实未见山，不过见网膜上之倒影；且亦并未见倒影，不过得视神经之一宗报告。耳听钟声，鼻闻花香，舌尝甘旨，身御轻暖，莫不如是。如人在中央政府，得各省各机关来电报告种种事务，不得谓亲见某省某机关之某某事也。且非特其原本之物体，音声等（Original figure，sounds etc。）为我所未尝直接经历，即被复制之迹像（Reproductions）如网膜上之倒影等，亦仅由人畜尸体解剖时见之。其非直接经历，依然与见山无异。然则物质之客观存在，征诸自然科学，恐世间一切问题其证据之不充分，更无过于此者矣。可见关于客观的宇宙，自然科学所得之结论，仍与佛说无殊。
或谓如上理论不过足以成立怀疑论而已，不过谓客观的宇宙不能为我人所感知而已，并未能决定否认宇宙之客观的存在也。且宇宙之客观的存在虽不能感知之；然能就我人所感知之种种现象而推想知之。是亦不然。凡我人对于一事之怀疑，必此事在此时此处虽未为我人所亲历，而在他时他处已曾为我人所亲历者。今我人决不能于何时何处可亲历有一客观的宇宙，何得有所怀疑？又我人对于一事而可以推知，必此事在此时此处虽未为我人所亲历其与某事并存或继起；而在他时他处已曾为我人所亲历其与某事并存或继起者。今我人更决不能于何时何处可亲历有一客观的宇宙与种种现象并存或继起，何得有所推知？
但自然科学虽足已证明物质之客观的存在之无征不信，然以为此玄学问题不切实用，故仍以通俗眼光假定此物质之客观的存在，而专致力于其规律系统之研究。久之竟忘其为一种假定，而辄欲据此‘物质之客观的存在’之武断大前提以