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——在真嗣三人进行自动驾驶实验的时候，NERV本部的另一边，危机已经悄然降临~“已经做过确认了吗？”冬月耕造语气严肃地问道…此时监测画面上有一片红色的斑点在闪烁着，让人情不自禁地产生警惕心理。“是的，已经确认过了！是三天前搬来的零件，异常就发生在那里~”隶属冬月副司令手下的青叶茂汇报了一声。
“是八十七蛋白壁么？”冬月耕造站到青叶茂身后仔细看了看…“是！放大后可以看到类似污点的东西，好像是腐蚀吧？”…“可能是吧，温度和导电率也产生了很大变化…最近无菌室也常发生劣化~”一旁的日向诚应和了一声。“工期被压缩掉了将近六十天，偶尔还有气泡渗入，B栋的工程做的太粗糙了~”青叶茂抱怨着说。
“那边是使徒出现后才开始建设的嘛~”冬木耕造微笑着解释道…“不要责怪他们了，大家都挺辛苦的~”日向诚又说了一句。“好了，抓紧时间在明天之前处理掉吧，否则碇司令又要开始啰嗦了~”冬木耕造拍板命令了一声。“了解！”
——啾啾啾~在进行实验的机库里的钢铁墙壁上，此时正有一片黑紫色的腐蚀物在逐渐显现并且迅速地扩散，同时还不断地发出诡异的声响…“Balthasar（MAGI之一）上的分析结果转到casper（MAGI之一）上进行验证作业……”实验室里正回响着汇报实验进程的声音，自动驾驶测试的实验还在继续着。
“又漏水了！？”律子听了摩耶的汇报后惊讶地说道…完成实验的初启动后，轻舒口气的律子正站在实验室的落地窗前看着里面的模拟机，跟美里闲聊着，结果在听到摩耶汇报说漏水的事情后，松懈的神经又紧绷了起来。“不是，是腐蚀造成的，就是那个蛋白壁…”摩耶否定了律子的说法。
“真是令人头疼，测试有没有受影响？”律子抱怨了一声。“到现在为止还没有~”…“那就继续~这个测试不能因为这点问题就中断，否则碇司令又要啰嗦了！”…“明白！同步位置正常~栓体深度无变化…”…“模拟插…入栓经过模拟体与EVA本体连接！”…“EVA零号机接触确认！”…“A。T。field产生2…Yocto（10的负二十四次方）的输出~”
首先进行自动驾驶接触的是丽的零号机，只听嘟的一声提示音之后，丽所在的EVA模拟体通过一系列接驳与零号机开始了启动接触…只是谁都没有发现，此时那处蛋白壁上出现的腐蚀位置，正因为模拟体与零号机的接触而开始变化，逐渐出现了星星点点的红色闪光，并且逐渐朝着丽所在的模拟体移动！
嘀！！突然之间，一声响彻NERV本部地下城市的警报响了起来…“怎么回事！？”律子转身严厉地问道，这声使徒来袭的红色警报在实验进行到最关键时刻的时候响起来，显然让她很气愤…眼下根本没有使徒来袭的迹象，警报怎么会自己自动响起来呢？
“A层发生污染情况！B层危险请注意~”…“第八十七蛋白壁发生劣化，有发热迹象！”…“第六管道也发生异化现象！”…“蛋白壁的腐蚀部分，正以爆发式的速度增长！”摩耶焦虑地汇报道。“实验终止！紧急关闭第六管道！”见状况有些严重，律子果断地下了命令…“是！”接到命令后摩耶按下了控制键，随即模拟体与零号机的接触被强行切断，并且中间被无数道铁闸给封锁！“60。38。39…已经关闭！”…“6…42发生腐蚀现象！”
“还是不行！腐蚀正沿着墙壁往四周扩散！”摩耶再次惊呼道。“多核糖体（在实验液体中工作的生物机器人）准备！”随着律子一声令下，另一边的墙壁被打开来，从里面冒出几个能够在实验液体中自由行动的防御机器人：“将激光强度调整到最大，在侵入的那一刻发射！”…“腐蚀部分已经到达了6…58区，来了！”
“……”律子和美里紧紧地盯着即将侵蚀进来的诡异病毒，沉默肃静的气氛在实验室中蔓延，此时整个实验室都是落针可闻！不过并没有像所有人想象的那样，诡异的侵蚀在过了好久之后还没有冲出蛋白壁，让几台正在等待的生物机器人停留在那里毫无作为…
“啊——”一声惊呼从丽所在的模拟体中传出，顿时让律子和美里惊惶地看了过去：“丽！？”…“丽的模拟体正在动！”摩耶惊讶地看着监测中的模拟体动了起来~咕噜噜！只见水中丽所在的模拟体正用手臂撑着蛋白壁，想要挣脱身上的束缚！“怎么会！？”律子说着跑到摩耶的身边准备观察一下，结果却听到了真嗣的警告~
“怎么不会！你脑子里只想着你的实验吗！？快点把我们从模拟体里面排出去，摩耶！已经有一股特别的精神污染想要侵入进来了，是使徒，看不见的使徒，快点！不然我们都得完蛋！”真嗣怒声说道。“嗨！”摩耶一听到真嗣说是使徒，立刻毫不迟疑地按下了键盘上的控制键，将三个模拟体中的三个插…入栓强行排了出去！
哧！三道插…入栓紧急射出，冲向模拟体上部的闸门，在穿过闸门之后，闸门迅速地关闭了起来！“使徒！？”律子没有阻止摩耶的举动，而是盯着监测屏幕上的模拟体惊骇着：“腐蚀部分还在不断扩大，并且同时还在侵蚀模拟体的下垂体系统…”
咕噜噜~美里惊骇地盯着落地窗外面正在挣扎着挣脱束缚的巨大模拟体，久久无法回过神来…模拟体的一只大手在挣脱束缚后伸向实验室的落地窗，看起来像是想要抓住并捏碎美里这个人类~不过这次律子果断多了，一下子敲碎了紧急爆炸装置的玻璃，拉动了里面的红色手闸！嘣~一声闷响后，原本伸向美里的巨大手臂立刻被炸断了一截，断掉的那截前臂重重地摔在美里身前的落地窗上，幸好实验室这里的窗户全部都是经过特殊处理的高强度玻璃制成，连EVA零号机的暴走都可以抵挡一阵，更不用说仅仅是这种程度的冲击了…
在模拟体的手臂被炸断后，律子再次下令生物机器人向被侵蚀控制的模拟体发射激光攻击！只见几台水中游动的机器人在接到命令后，立刻朝还在挣扎的模拟体和被侵蚀的蛋白壁发射了几道红色的光束！
咻！几道光束直接击中了目标，就在所有人以为有了结果的时候，被击中的蛋白壁上突然出现了让所有人全身冒冷汗的变化…呯！只听一阵令人牙酸的脆响之后，击中蛋白壁的红色光束竟是被许多道呈现红色的小型屏障给阻挡！“A。T。field！？”美里一眼就认出了蛋白壁上那片闪烁着红色光芒的屏障是什么东西！
“怎么可能？”律子看着蛋白壁上闪烁起来的屏障惊声说道…起先她还有些不相信真嗣说的话，以为他是害怕了，但是现在随着使徒和EVA的标志A。T。field的出现，由不得她不相信眼前出现的诡异侵蚀就是使徒造成的！
呜呜~呜呜！随着使徒扩散得越来越厉害，实验机库的液体里也是很快被侵蚀，原本就被侵蚀过的模拟体断臂和模拟体上面，都是出现了妖冶的红色，同时还不断发出摄人心神的尖叫~“这…这果然是…”美里目瞪口呆地看着落地窗外面的变化…“真嗣君说的没错，波长蓝色形式，毫无疑问就是使徒！”律子看着监测屏幕中的图形显示说道。
——嘟嘟嘟嘟！“发生紧急事态…发生紧急事态…”在确认是使徒后，NERV本部的警报响得更厉害了，而中央指挥室中的冬月耕造也是接到了美里的紧急报告：“使徒！？怎么会被使徒入侵的？”…“是第八十七蛋白壁…实在抱歉~”…“抱歉就免了~”冬月耕造责怪了一句，同时指示青叶茂道：“立刻物理封闭中央教条，并且隔离Σ（西格玛）单元！”
“嗨！物理封闭中央教条，隔离Σ单元！”接到命令后青叶茂立刻开始了操作…。。而另一边的实验室里，美里也是赶紧发布了紧急撤离命令：“现在放弃PribnowBox，全部人立刻撤离！”在得到命令后，所有人飞速地逃离了实验室，只有律子还站在那里若有所思地盯着窗户外散发着星星点点红色的使徒发呆…“你还站那里干什么？快走啊！”幸好美里有留意律子，见状立刻拉着出神的她撤离了实验室…
咯嚓！轰隆~随着一声声的脆响，实验室的高强度玻璃终于抵挡不住使徒的A。T。field的破坏力，以肉眼可见的速度崩坏碎裂着，而就在美里拉着律子撤离实验室的下一刻，实验室的玻璃被彻底地挤碎，大股的液体咆哮着冲入了实验室！哧的一声，美里和律子刚刚逃出实验室，密封性超强的复合式钢铁闸门终于在千钧一发之际关上了…
“Σ单元D层隔离…”…“所有