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为了顺应新的发展，1991年国务院专门发出《关于加强农业社会化服务体系建设的通知》。1993年，中共中央、国务院《关于当前农业和农村经济发展的若干政策措施》进一步指出：要建立健全农业社会化服务体系，要逐步形成社区集体经济组织、国家经济技术部门、各种民办专业技术协会（研究会）等组织相结合的服务网络。文件强调，农村各类民办的专业技术协会（研究会），是农业社会化服务体系的一支新生力量，各级政府要加强指导和扶持，使其在服务过程中，逐步形成技术经济实体，走自我发展、自我服务的道路。
为引导农民专业协会真正成为“民办、民管、民受益”的新型经济组织，各相关部门增强了对其政策支持的力度，同时在加强调查研究的基础上，抓紧制定《农业专业协会示范章程》，陕西、山西、安徽、黑龙江、四川等省还开展了农民专业协会或农民合作组织的试点工作。
20世纪90年代中后期以后，按照建立社会主义市场经济体制的新要求，在农村改革不断深化的过程中，农业专业化合作组织得到稳步发展。1998年1月，中共中央、国务院在《关于1998年农业和农村工作意见》中指出：要发展多种形式的联合与合作。农民自主建立的各种专业合作社、专业协会以及其他形式的合作与联合组织，多数是以农民的劳动联合和资本联合为主的集体经济，有利于引导农民进入市场，完善农业社会化服务体系，要积极鼓励和大力支持。1998年10月，中共中央作出《关于农业和农村工作若干重大问题的决定》，明确规定：农民采用多种多样的股份合作制形式兴办经济实体，是改革中的新事物，要积极扶持，正确引导，逐步完善。以农民的劳动联合和农民的资本联合为主的集体经济，更应鼓励发展。
进入21世纪以来，随着社会主义市场经济体制的建立，农业和农村经济结构调整的步伐加快，对农村合作经济发展的需求也进一步彰显出来，党中央、国务院及相关部门也采取一系列政策措施，积极支持农村合作经济的发展。
2003年，中共中央、国务院发出《关于做好农业和农村工作的意见》，提出积极发展农产品行业协会和农民专业合作组织，建立健全农业社会化服务体系。《意见》阐释了发展农产品行业协会和各种专业合作组织的意义：是联结农户、企业和市场的纽带，对于提高农民的组织化程度，转变政府职能，增强农业竞争力，具有重要作用。
2004年之后，中共中央连续几年发出关于“三农”问题的1号文件，都对农村合作经济组织有明确阐述。2004年的1号文件《中共中央、国务院关于促进农民增加收入若干政策的意见》，具体提出鼓励发展各类农产品专业合作组织、购销大户和农民经纪人的各项政策，积极推进有关农民专业合作组织的立法工作。从2004年起，中央和地方要安排专门资金，支持农民专业合作组织开展信息、技术、培训、质量标准与认证、市场营销等服务。有关金融机构支持农民专业合作组织建设标准化生产基地、兴办仓储设施和加工企业、购置农产品运销设备，财政可适当给予贴息。
2005年的1号文件《中共中央、国务院关于进一步加强农村工作提高农业综合生产能力若干政策的意见》要求支持农民专业合作组织发展，对专业合作组织及其所办加工、流通实体适当减免有关税费。集体经济组织要增强实力，搞好服务，同其他专业合作组织一起发挥联结龙头企业和农户的桥梁和纽带作用。
2006年的1号文件《中共中央、国务院关于推进社会主义新农村建设的若干意见》指出，积极引导和支持农民发展各类专业合作经济组织，加快立法进程，加大扶持力度，建立有利于农民合作经济组织发展的信贷、财税和登记等制度。
我国农民专业合作经济组织目前还处于发展的初期阶段，合作经济组织的整体水平还不高。党和政府通过逐步制定法律法规的形式，不断巩固和发展完善农村合作经济。我国的根本大法《宪法》规定，农村生产、供销、信用、消费等各种形式的合作经济，都是社会主义劳动群众集体所有制经济。2003年修订的《中华人民共和国农业法》确认，农民合作经济组织是农业经营组织的一种形式，应当坚持为成员服务的宗旨，坚持加入自愿、退出自由、民主管理、盈余返还的原则。
但是，由于当时的法律并未界定这种经济组织的法人地位，农民合作经济组织一直游离在法律之外，其合作模式与融资渠道也因此受限，发展受到很大的制约。为此，全国人大将农民合作经济组织法列入人大的立法计划，并从2002年起就由全国人大农委着手起草。先于农民合作经济组织法问世的是《农业专业合作社法》，它于2006年10月十届全国人大常委会第二十四次会议通过，对农民专业合作社的成员、组织机构、财务管理、机构变动、扶持政策等进行了全面规定。农民专业合作社从此具备了法人地位。
二、农业合作经济组织的组织形式和发展成就
以市场为取向的农村合作经济组织，不改变土地承包关系，坚持家庭承包经营，采取多种形式将农户组织起来，是对农村原有经营体制的创新，是提高农民组织化程度、促进农村社会化分工和农业规模化经营的重要形式，是降低农业市场风险、提高农产品市场竞争力的重要举措，是让农民分享产加销各个环节利润、建立农民增收长效机制的重要途径，是转变政府职能、增强社会化服务功能、促进农业和农村经济又好又快发展的重要方法。
关于合作经济组织类型，有多种划分方法。如：有的学者将合作经济组织分为专业性合作组织和社区性合作经济组织；有的学者依据功能进行分类，将合作经济组织分为农产品销售型、农业生产资料供应型、产加销一体化经营型、技术服务型；有的学者依据合作经济组织的组建有无依托进行分类，分为存在依托的农民专业合作组织和不存在依托的农民专业合作组织；有的按是否缴纳会费入社获得社员的资格条件和合作经济组织是否为经济实体分类，将合作经济组织分为协会型和合作社型。
单个农户在市场经济中，虽然经营灵活，但力量弱小，单凭己力难以抵抗市场风险。农村合作经济组织将农户组织起来，形成合力，壮大了单个农户的实力，促进了农民增收。此外，农村合作经济组织还发挥着以下几个方面的重要作用：
1。有利于促进农业产业结构调整。农村合作经济组织比单个农民更有能力去直接、随时了解农产品动态信息，指导农民的生产销售；接受新品种、新技术，增强科技对农业增长的贡献，促进产业升级。通过农村合作经济组织的带动，许多地方的种养规模越来越大，逐步形成地方特色，使当地农产品的竞争力大大提高。
2。有利于有效抵御农业经营风险。农村合作经济组织改变了一家一户经营规模小、信息不对称的局面，由合作经济组织出面与市场联结，大大降低了盲目生产的可能性，降低了经营风险。
3。有利于提高农业产业化经营水平。“公司＋农户”是目前农业产业化经营的主要组织形式之一，公司和农户各自代表不同的利益主体，农村合作经济组织能有效协调企业与农户之间的利益关系，一方面使龙头企业通过合作组织的中介作用不再直接与分散的农户打交道，有利于龙头企业减少交易费用，提高效率；另一方面通过合作经济组织，可以有效提高农民的谈判地位，保证农民的利益。
党和国家将发展农村合作经济组织作为农村经营体制创新的重要内容，为其发展创造了日益良好的政策环境。以农民专业合作组织为例，各级政府部门也都相应出台了相关政策。如农业部2002年在全国开展了100个农民专业合作经济组织的试点，2003年又将浙江省作为试点省，试点工作为鼓励、引导和规范农民专业合作经济组织健康发展奠定了较好基础；2003年，财政部下拨2000万元，把支持农民专业合作社作为国家财政支农工作的一大尝试，并且安排专项资金用于农民专业合作社的培训；另外在税收、信贷、市场准入、人才培训等方面也都有优惠政策。在国家政策大力支持下，农民专业合作组织发展加快，效益提高。
农民专业合作经济组织的发育方式，目前主要有3种类型：一是由农民自己组织�